GgaINT0076240 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012044 | chAnk2
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F1NG08]
Coordinates
chr4:56376234-56388301:-
Coord C1 exon
chr4:56388198-56388301
Coord A exon
chr4:56376459-56388197
Coord C2 exon
chr4:56376234-56376458
Length
11739 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
AATTTTTCCTGATTTTTCAGCTT
3' ss Score
8.51
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAACTACTCTGGCCAAAGAAGCAGAAAGGAATTCATATCGCTTAAGCTGGGGGCCTGAAAACTTGGACAATGTGGCTCTTTCTTCCAGCCCTATTCACTCAGG
Seq A exon
GTAAGTTAGCATTGTCTTAAAATTTAAATTAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGGGAGAAAGAAACAGAATACCTGTAACGGCAGTAGTTTTAACAGATTCTTAACTAAGAGTTGTTTTTTTTAAAATTCATCATCTCCTAGAGAAGTCAATAAATTGTTACAATCACTTAAGTTATGGCAACTCTGAATAGCAAGGCTACCTACCCACTGAAATCATTGAAATCCAGTGAAATGGTGTGAGTTAGCTTTCTGTCAAGTTCCAGAGCAATAAGATAATTGTCACATACACACTTGCATCTGTGTGAGTTTTATGGGTAAAAGTCATTTTCAAAGTTAGTAAGAACTGAAGCCACAGGGCTCATCAGTCTTGGTGGCAAAGTACTTCCTATGCTAATGAAGTATTTATGTAAACACAAACTCTAGTGCTTGTCAGAATTACTAATTAAAAACAAAATGAAACAACAACTAAAAAAGTAGAGACTTTAAATTACATGAGGTGTGTAATAAACAAGCACCATAAACATTACATGGTTTACACATATTTGGCCACTGTGTATATGTGTTCTCACACTTGACTTTCTCTAAGTATTTGCCTTTCAGGCATGACCATTGAAATTTAGTAAGACAGGTCAAAATTTTCGCCCAGTCAAACTCTTACTAATAAAGCTTATCATGGTTGGCCTCAAACTTTGTGCATGCATTTTAAGTGCTCTTGCTTACTGTGTTTGAAGCAATTTTATTCTTTACACTGAGTTTGACACTTGTGCCAAGAGATTTGATGAGACATGCAGATGAGATGTGCAGTAAGAAACATGCAATACAAAAACATTTCATTTCTGCGGAGCTATGTAGTATGCAGAATGGCTGGACATCACAAAATGAAAGAATTTTGTTAATCTCAAATTAGTTTGCAGTCTATATCTTTCAAAGATAATACTAGAGTCCCATCTGGAATGACAGGCAGATCTGGGCTAGAAAAGGAGCAATGTTGTCATTACTGAGAGTGCAAATTGACTGATCTATGGCAGATATGAGGAGTTTGTTTGCTGGTAGTAGGATATTTGGATGTGGCCAGTGTTGTTTGGATATGCTTTTTGAACTCTATAACTAACAAATGAAATGACTATGCTTGACTTGTACAGTATACATATGTTATTATCTATGTCAAAATATAAGCTTCAAAATTGGTTTTGTGTTTATTCTAACCCTAAATAGTTTACAGACTTTTTCCAAAGGATGTATTTCTTTTTAGTTACAGCAAGGTAGGTCTTGCTAGTGATTGCAGAGGATGAACTAAACACGTTCTAGAAGAGTAAAGTTTTTTCTTGTTAATTTTTTTATGTATATTAGTGGTTTAGATCTTTTTTAGTGACCAGGATGCTGTTGGTAGGGTAAGAATATCTGATTTTAAGAGCAACAACTTTCCCTGCATCCTTGTATGAAACAATGAAGTTCAACACCCCACAAATTATGTTTTTCTCATGCATCTTCTAAATACTGTACTAAAGAAATCTGTATTAACAATTACTCAGCCTTTGGAAAAGACTGTACAACAGTTCATTTTTATCTCACTTAGATTTATCAAAATTATCAAATTAGATTTATTCAAGTTATCAAAAACTGCTGGGGTGCTTTTTTTTTAATAAAAATAGATTGCCTACTAGAGTTAGGCTTGTAAGACCCCTTTTTAAAAGTGAAACTATTGTAGAAGGATGGTGTGCATGATTGTTGCATTCACTTAACTGGAAGAAAGCAGATGTATTTGTCATCTATATCCCTTCCATCACCTACACACTTCTTTAGATACACACCACTATTGCTAGGTTATTAGGAACAAGCAATGTTGCTGATGTTTCGGGTACAAGCACTGAAGTAGTGAATACCAGAAAAGAAACACTATATGGACATTGCTAATAGCTTTAAGCAAGAGTATGCCCTTGCTTTTGCCCAAGACACTGGAAATGTATTGAATGTAGACCACATTTTTTATGAAGTAACACATCGGTAAAGTATTGGACAGAGCTTTATTTGGCACAGATTATCTTTGTGTTCTCTGTAATCTGAGAGAAAATTTGATATATTCTCTCCTTGCACTACTTCAGTGATTAACTCCAAATTATTGAGTTCTTACCAACCTCCTATTATAGAGAAGTGTTTCTGTGGATCACAGTGTAATGTGTCCAATCAAAAAGATAAACTTAGAACTATTCTCTGGGTATGAAATTTCACAGGTATATGTTTCAATCTTTTCATGACTAACCCAAACTTCTCCTAGGTCAGACATTTCTGAAGGGGAAAAAGTTTCGACTATCCATTTAAAACTTAAATGTAACTGTTGTTTCAGTATGCTGATGAGTTCATCAGTATGACATCAAAGACAAAATCCTTGGTAGGAGTCTTTTGCAGCTGTCTCAAAAACAACAAAACAATTCCCTCATTAAATGTAAGACTCTTAGTGCCCACTGTCTCAACATAAACATCTCTTAGTCATTTTTACACAGTAACCATTTCTGAAAAGGAAAATGTGCAAATTTCCACATTAAAACTTCCTTTCAGCAAATCAAATTTACTTCTGATAAAACTATCTGATTTTACATATTCAGCAAAGGTAAGGATTTGTCTTTGGACCAGGAAATCTGGATGCTAAATGTTCGATATGGTAGTATTTTATCACTCTACTGGTAACAAAAGGGGTATTATGTATAATTTTCTGCTGAGGTGTTATGAGAGACAGAACTAACACCTACATAAATGCAAAGATGTTTCACAGTTTTAATCTGATACTTCACAATATTCTACTGTGCAAATACACATAATATTTTCAATAAGTTGAAAGGCAAAAAAAAATGCTGAACTGAATGGTTTCTTTTCACTTGCAGCATTTAGACATTTCTTGTCAGTATGATATTCTTAGGTCTCTATCACCCACAGTCGCTAAGTGTGAGTACTAAAGATAAGACCGAGTGTAAGATTTTCAGGTATAAGTAACGTGCAAAATTATGCTGTTTTCATTCTTCAATTCTGGTGATATGGTGAACAAAATCTCCCAGTTTAGTTCTGTAGATTATATTGTAAGAATTTTTCTGACTAATACATAAAGATATGGTAGATAAGATGAAAGGCAGATCTGTCATGCTGTCGGGAACGTGGCAGTGAGAGTGAGGAGCTTTGTGTTGATGTCATGTTGATGTTAGCTTGCTTCCATGTCCTGGAGCAAGATACATAGTAGCACTAAAGGTTTTCCAACTCTTAATTTGCTTGTAATAAAACTCCTATATAACAAAAAATACTCTTTTTATTTTCTTAATTTGATGAAGGATGATTAACATATTTGACTAATAGGTGTTTCAAGTATATCAGTATTTATATCTGACAAAATTCAATTGCTGGGCTATTATTAAATTTATCTTTCTGGAAGTTGTTTCTTCCATCAATGGAAAAGGGAGAAGGACAAGGGAGTTGGTAGCTGGTACTGTGACAAATAATATGAATTATCATTCTTAGCTGTCTGTCTGCAAAAAAGGAGACTGGATCCTTACTAACAAGGTAAACAAAATATATTTTGAGTGTTGTATTTTGAATCCATAATATTGTTTCCCCAGTGTGACATTCATTTCCCAGAAATAGCTACGGAAACAGGACCTGGCAGCTACCAGCTGATAGTCATTTCTAAAATATGAAAACCTAAATGATTTCAAATTGTATTTTAGCCTTACTCAGGAAGTCACAATAAGGTAAAACAGGGGGTGTATTTCATTAACTGAAAATCTCTGTTTCTGTCAATGGAAGAAAATACAGTGGAGATACATAACAAGCAACGTCAGAATACTAACTGACCATATGACACACTACTGAGAGCCTAAACCAGTCAAACTGAAAGTTTAAAATTTGTCATCCTGTAGTGGAGAACAAAAGGAGGACAAGAAACATGTTGAAAAGGAATAGAGTATATAGGTAGAGAATTTAAAGAATTGAAAATCAGGATTTCTTATATTATCAGAAACACTGTCTGGAATTACTCTAGACACATACTTTTGATATATTGTGGTCCAAATTTAAATGTGTTTACAAAAACCACTTGTAGTCTGTTTCTGAAAGATTTACTTAGTTTCTAACTTTACATTTTATGTATCTGACTTCCAGTTTGAGAACGTACATAGAGAAAGCAGAGCATTCTCGCTTTACTGCTGTTGTAGTAGTAATTGTTTGTAACCAAGGATGTTTATGTAGGCTTACTTTTCATACCTCCTTCTCACCTGTAATGAATATGCATATAGTGTATATATTCATGTGTTTAATTTAGAAATCTGTTTCATTTTTCCAATATTTCAGTATTTCATTTAACTCATTTATTTTTCCTTTTCTTTTCTTTACTTTCTTGATGTTAAATCATCTATTCTGTTGCAGATGCTCTTCTCCATGTCTTGATCATGACAACAGCAGGTGAACTTCTGCATAATTTCTTTCTTTAATATGTTGCACCTCTTTTGCCATATTTATCCTTCTCTCTTACCTCACTTCAGGCTGCTTTAGTGTTTTGATAGTGCACATTAGCCAAGAGGAAAAAAAAAAAACCCGCTCTGTCAATAACAGTTATGCACGGACCTATTTCTCTTCTTGTGAGTGAGCGTCCCCTTTCTCCCATCTGCTGTTATGTCCTAAATGAAAAAATGCTGGGAACATTATAGGTCTGCTGCAAACAGCCTTGCCAAACTTCCTATATATTTCTAATTTGTTTTAACCCTTGATTTAATTAACAGTAAATTTTCTCCATCAGTGATCTGGGCAAATATTGTTAAAAGGAAGGAAAAAAAACAATACCAAAAATGCAACACAAACCACTGTAAATAGGTTTAGTATCAAATTTCATTTCACGAAGTGGGCTTTTTCTCTTCATTGTCTGTATGAAGAATGTTGCAGAACCACTTCCTAGGCCATATCTTCCAAATTATGCCACCCTAATGGAACTAGTAGAATAACAGTGCTGCATTTGAA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Seq C2 exon
CTTCCTAGTTAGTTTCATGGTGGATGCTCGTGGGGGTGCCATGAGAGGCTGCAGACATAACGGACTGCGGATTATTATTCCTCCACGGAAATGCACTGCTCCAACACGAGTGACTTGCCGCTTGGTGAAACGTCACAGACTGGCCACCATGCCTCCCATGGTGGAAGGAGAAGGCCTGGCCAGCCGTCTGATCGAAGTGGGACCATCTGGGGCCCAGTTTCTTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012044:ENSGALT00000019661:27
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.131 A=NA C2=0.013
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079115=ZU5=PU(1.2=2.9)
A:
NA
C2:
PF0079115=ZU5=FE(89.3=100),PF0079115=ZU5=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]