MmuINT0015120 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000032826 | Ank2
Description
ankyrin 2, brain [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:88025]
Coordinates
chr3:126667856-126679072:-
Coord C1 exon
chr3:126678969-126679072
Coord A exon
chr3:126668081-126678968
Coord C2 exon
chr3:126667856-126668080
Length
10888 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
TATTTTATTTCACTTTTTAGTTT
3' ss Score
8.48
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTCTGCGCTAGCCAAGGAGGCAGAAAGGAATTCTTATCGTCTGAGCTGGGGCACTGAGAACTTAGACAACGTGGCTCTTTCTTCCAGTCCTATTCATTCAGG
Seq A exon
GTGAGTGAATCAATATTATGTATCCAGATCAAGAGGTAAAAAGAGATGTGAAAAGTCACAGCTTTGTCCAGTTGCTTTAGTGGATGCTTAGCTTACAGAGGAGGTGCCCTTTGTTTCAACTTGTGAATAACGTTGCTTTTTCCAACATGGTTCCAGCTACACCAATGAGACAGCAAAAAGGGGGTTGAATTCAGCATAGAAAACTACTGTTTTAAAATAACTAGCAGCAACAGTTTGCTGACGCATACAGTCTTTAGAGCCATCTTTTAAAAAGAGGCGTGGCCAGCAGCTTATTTGAAAGTTTCAATCTGCTAAGATGAACTGGCTGGCCTTTGAAATAAATGCCTTTCCTCACATATAAATGCACTTAAAGTGGTGGTTATGGAAGTCCAAGTCACACACATACACAGATGTGAACACTCAAGTAGTGACGTTACATAAAGAGAAGTTCACAGCTAGAGTTGTCCTCTCAGCTGTGCTTCCCATGCCCTTTGTAGAGTGGATCCAACACTGCCTGCTTATCACTACTTAAAAGTTAACACTTTCGGTGGCACAGGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGACAGAGGTGGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGTTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAAACAAAAAAAAACAAAAAACAAAAAACAAACAAACAAAAACCAAAAGTTAACACCAGACTTTGAACAGTTCTTTCAGCATAACTCTAGTCTTCCTTGTGATGTAAGAATTTAATATGTATACATTTCTTAAAGAATTTAAAATAGAATACTTTTTGAATTGTTTTTGCCCTCAGGTTTTAGTAATAGTATAGTAATATTATGGTCATATATAAATCTTCATGTATTTTCTTTTAAGTGAAATTTCTACCCATAATTTACCAAAAAATAGAGCACTTCGGTTTAAATTATTATCCCAAACTCCTTACATGTAATCTTCATAACTGTTTTGAACCGTGGGCCCTTTCTTCTTAGTGTTTTAAAATATCCTCCTTCCAGGGAAGTAGTCTAGGACATCAAAAACATTTTGAACTTTTTAGTGTAATAGTCTATGAAACACCATAAAATTAAACAGATATTGAAAATAAATACCCTGTTTTCCTTGTTAAATACTATATCTAGTTCTTGGTCTACCAAGAGTTCCTTAGAGGAATTAAAAAGATTAAACTCCATTCAAATTGAATTAAGAATTTTAAATGCAAAATGAAATGATTAAAATCTCTAAGTTGATCAAAAACCCTGGAATTGCCTCTGCTACTGAGGTCCTCCCATGTAAGTAAGAGAGAAGAGGTCTGGGCCTCAATGACTAAGGACAACAGATAAGAACCCAGACTCCATGCCACCAAATAAAATCATAATTTTAGATTACAATGTAATCAACTACCAATAGCAATTTTTTTAAAAGAGTGAATGTTATCATAATAGTTTGGTTTTCAAATTAATTATTACTCTTAAAAAGGAAATTCTTAAAGTTTAATGCACATCAATATCCTATTTATTTTTCCAATTTAAATAATATCTATGACCTATAATGAGTAGATAATGGTTACTTCATTGTGGTTGATTACTGGTAATGAAAGATCAGCATGTAACAGAGAAAGAAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAGGAAGGAAGGGAGGGAGAAAGGAAGGAAGGAAGAAGAAAGAGAGAGAAAGACGGGCAGAAAGAAAGAAAGGAAGGAAGGAAGAAAGGAAGGAAGAAGGAAGAGAGAGAAAGACAGGCAGAAAGAAAGAAAGAAAGGAAGAAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGAGAGAAAGAAGGAAAGAAAAAAAACTATAAAAAATTAGTCTGCAGCAAACCAGCTCTTCTGAATTTCAAATGTTTATTATACTGACTCTTAGTTATTCAAATCAGTGTGGGGTCTTTAAAGACATCAATGTCCCAGTCTGGAGAGATAGCTCAGCTGTCAAGAACACTGTCTTCTCTTCCAGAGGAGCCAGGTTCAATTTCTAGCACTCACATGCTAGTTCACAGTTGTCTGTAGCTCCAGTTCCAGGGGACCTGAGACCCTCATCCAGGAAAAACACCAATGCACATCAAATAAAAATAAATCATTAAAGACATTGATGTGCAATTCACATCTTACTCCCATTACACAAGAGCCTCTGTCCTCAGCTCCTGGCATTGGTATCTATGAGTTCAGGTTACTGAAACTGTTAGAAAGGGAAAAACCTTTGCCCAATCAATCGGGCAGAGCACACATCTGGCTCTCCAGAAGGTTCTTAGCCACTTTAATTCTTCAACATTTGCCAGCTCTGCAAAGCACTAGATTCAGCTCTTCAGGAAAGTAGGTAGTGTTCTTTGAAGTCAAAAGACCACATGACGAAGAGGAATCTGCTGGCTAAGACTGTCCTTTGACATCAGACTGATCTGAATTCAGACTCTGATACTGACTATATGTGGCAATGGGCATATCATAAAAAAAAAATTCTGACTTCCATTTACTTATTTCTAAAGTTAGTGTTAAAAATTTATTCCACTGGGGAGTTTTTAAACAGGAAATGCTTTTTAACACCATTAGATTTTACCTTGAAACAATAAGTTAGAATATAGCTTTTACTATTTCTACATTCTCCTTAGACGCAGTTCATACTTCTCACAAACTCCAAATTAGTTAAATAGAATGTGCCCCGAGTCTTCTGAATGGCAATAAGAATATATCCATTCCATGATGGCATGATGGGCTTATTTCTACCAGTTAGCATCATCTATTGATGTCTCTACCATGTCCAACAACCATGGTGCTATTCAATGATTTTAAGTAGAAGGGAAATTATCCTTGACACCTCAATGGTTCCAGGGGCTGCGAAGTTTGAAAGTGATATTCATAGCAATGGATATATAACATTCATCATATATGTTGTAACCTTGACTTTTTTATCATCACATTCTAGGTTCCTAAGTAGTAGCTATTAGATATTTTTCAAGGATCTGAGTTTTAATCTACCCAAAATGTAAGGGAAAGGTGATGATTTGGTAAGGGGATAACGTCGAGAACTTGTGATTATATGCAATGTGTCCGTGAGGATAATGCTAAATTAAATTCAATAGCCTATCTTACCTTCAAGCTGCAGCCTCTCCCTTGCACTGCTCAGTACTGGTAGTTTACTCTCCCTCTACTTCATGTCTTAAAGATGCTCCTGGCAGAGAGGGACTGGGTCAATGATTAAACTGGCCTTTCTCTGCAGATATATCCAGAATCTGACTAATGAAAGTCTTGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTTGCCTGACAGACTCATAATGAATCCAGGAAACAGCCACTCTTAGAAGCGCCTCATGAAGGGCTTACCAGCAGTCTGTACAAAAACCTTCTGTCAAGTGGTGGTGGCGTATGCCTTTAATCCCAGCATTTGGGAGGCAGAGGCATGCAGATCTTTGTAAGTCTGAGGCCAGCTTGGTCTATAGAGCAAGTTCCAGGGCAGACAGGACCATACACGGAAACCCTATGACAAAAAACCAAAACCAAGCAACTAACCAAAACCAAAAAAAAAAAAAACCACCAAATAAATAAATAAGATAAGAAAGAAAAGGAAAAAAGAAAAATTAACTTCACAATTCTTAATTGCATATATGCATAATGAATTGGCTGACGTGAGGCCATTTTTACCAATATCTAGTTCTTAACTCACTTTATATATTGTTATTCTGAAAGTCTCTGTAATGTTTTAATGATAGTCAAATACTGAGAATTAGTTATCAACTCATCAAGTGTTAGGATATGCCACAAGTAAAATATAGCCTCTAGACAGGAATCTTTTAAAACAAGCTGAAGACAGCTTTTGTTGTGACTTTTGAACTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAAACACAAAACACACACACACACTCGCGCGCGCAAAAGATGTATTTAGATGCAAATCACAGAATATTTGACGTGTAAGGCAGCCAAGTCTCTTCTGCATGGGACAACATAGCATAAATGCTTACAGAAGTACTTCCGGTGTTTAATTCAGTTGTTCCTATTTCTTAAAATATCCTGGGAGTTAGTTCTTTTAGATCCATGAAGGCTAATTTTTTCAGATGGAGAATTTTTTTTTTTTGTAAAGTAGCAAATCACTGTTCTAGAAGACTGTATTTCTGGTTCCTTGAAGAAATAAATGCACTTGCATATGTCAGCAAACACTGGAACGTTCTGAAACCCTGTGGGCTTAAGGATGCTCAGGCTTGTGGGTAAAAGAGTCGCGAAGAGTAGGCGTTAGATTCGGTTCAGGGACCACGATGCTCAAGGAAGTCGATGCAGTCTTGTGCAGAAGCACTAAGATTATGTGTGCAGAGATCTTCACTTCCCACTAGTAGGTGATTAATATTACCTACTCTGCTATAGACTTTATGCTGTATCCGCCACCGAAGGTATCCTTTGAGCTGTATCTTTCCTGTTTGTGTTTCTTCTGCTGTAGCCCAACAGGGAATTAATTGCCTTATCTAAAAAGTATTAAAGAATTTCCCAGTGGAGAGCAATGGAATCAAAACCATATCCATGTCTTTATAATGTCACTTGGTGCTTTTTAGCTTCTTGAACACTTAGCCTTTACTGAGTGTCCCCATGAGCCAATGCTAACTAAGGCTTCACTTCCCTATCCAGTGAATATGGAACTTCCCCAGCTTCCTAAACTGAGACGAGTCACAAAGGCTCCAAAGCCTTTTCTTCTCTAAGCGCGTGGAGAGTGACATCTCTATTATTGCATAGAGTGATATCTTACTTGTATCTCCATCTTTTTTTTTTTCAGTGACTACTATGTTGGTATATGAGTTAAATATTTCAATCAAAATCACATCTGATTTCATTCTTTATATTTCACTTATTACCTCTTTCTCTATGCTAAAGTATCT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Seq C2 exon
TTTCCTAGTCAGTTTTATGGTGGATGCCCGTGGTGGTGCCATGCGAGGATGCAGACACAATGGACTCAGAATCATTATCCCACCTCGGAAATGCACAGCCCCAACTCGCGTCACCTGCCGCCTTGTGAAACGCCATCGACTGGCAACAATGCCGCCCATGGTGGAAGGAGAAGGCCTGGCCAGCCGCCTGATTGAAGTCGGACCTTCGGGAGCTCAGTTTCTTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000032826-Ank2:NM_178655:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.067 A=NA C2=0.006
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079115=ZU5=PU(1.0=2.9)
A:
NA
C2:
PF0079115=ZU5=FE(89.3=100),PF0079115=ZU5=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: