GgaINT0079360 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016289 | DST
Description
NA
Coordinates
chr3:89924956-89928135:+
Coord C1 exon
chr3:89924956-89924973
Coord A exon
chr3:89924974-89928017
Coord C2 exon
chr3:89928018-89928135
Length
3044 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATAA
5' ss Score
7.46
3' ss Seq
GTTGTTTGATTTTCTTGCAGTTT
3' ss Score
7.53
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCTTCCTGGGAAATCAG
Seq A exon
GTATAAACCAGTGGAATGTGTTATGAAGTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTCCTTCTTCTAACGCATACATAGTTGTTTAAGCTTTGCAATGGTCCATCTTACCATCCTTTCATCTTCAGCTACTTTCATTGCTGGTCAGCTGTGGTGCTTCCTTAAATACTATGGAGCATTCCTTGTCTCAGGATCTCTTCCCTTCAACCCCCCCACCTGCTTTCCCTGACCATCTTCCTCAATAAGGAGATTACTTTTAAAGGAACCAGATAATGGTCAGCAGGAATTTATGTATTCAAAATCTTGTGCTTTTAAATTTCAAGTTTAGAATAACATTATTTTACCAGTTACCAGTTTTATAGTGGAGTGATTCAAAAGTCTATATCTTGTTTTTTAGGCTATCAGACTAAAGACCAATCACAGTAACCATGTATCCAATGATGATATCATTTATTTATTGCAACTCAAGGTGAAAAATATTCTCATTTTTAATAAAACGCCTGTGCAATCAAGCAGACTGATTAAGAACCTAATTGGTGGTTGGACCTAATCGATGCTGTAAACTAACTGAGTGAATTATTCAATACATATTTTGGGCATTGGCTAAAAAAGCTTGCTGTTTCACCTTAGACTGTTCTCTTTTCCAGTGTGTTTTTGAAGAGCTGTGAGAAGTCTGTAATGTATTGGACCTCTGTCAGCTAGGTAATCAGTGAGTCAGGTTGCAGTGGTGCTGTACAGCACCACTAATTAGTGCTACTCCTGTGGCACATACTGATGTGCAGCTTCTTAAATTGTTAGATCATGACTGCCTGGTGAGAATGGAAATAGCTTAGGCAAACAGTAGCTGTTATCATAAGGATCTTATTCATGTACTTATAGAGACAATAATATATTAAATCCATTCTGGATATTCTAGTGTTAAATACATGAGCCACTTTAAATCTAGAGATGTACTTGCATTTTAATTTATTGACAAAGCTTGTTGAAGCGTGGAAGAAAGCACAAAGAGCAGTGGTAATCTTACCACATGCCTCAAGCAATGTATCTAAGTAGTTCTTTAAAATGTTTTCCACATATAGAACATGCCTTGATTTGAAAAGATCATTTGAAATTATGTTAATCCTCTTATCTGCCATCTGTACTCACAGAACTAAAAAAATACTTCTTTTTTTTTAATTATTATTATTTTTTTGAGAGCATCCAACTCCTACTGGTGCTAAACAGCATCACAGTGAAATCACCTACAGCTAGTTGGCCAAGTGGTACTGATGTTATATGGCTGCTATCTGGAGAAGACGACTTTGTAGATTAAACATTACTTCCTTGAAGTTTTTATCTTGATCATTTTTACCTCTGATTTCCAGTTGTTGGGAACATCTCTAAATATTAAAGGAATGTTGGTATCCAGGCTGTTTTGATAGGGAAGTCAGTTAAGTTACTGTTAGAAAAAATGCCTTGAGAGGCACCTCTGTTATTCTCCAGAAGTCCCAGTGTCTGAATTTACTATAGCCTAGGCAGTTTCTGAAGGATATGGTATCTGACCCTTGGTAGAGTTGCTTGATGGGGTCTAAATGAAGATATATGCTGAAAAGGGGGGAAAAGGTAAAGAAAAGAAGAAAGGTAGGATCTTTAGAACCACCTGAAAATACTCCCTTTAGAAATAAGCCAGTACAAATAAACAGCATCAATTTGGATGCCGTTTTAAACTTTGATCTACATTTGTAAAAAAAAAATCTTTTGTATCACATTTATTGAATGAAGAATTAAAAAGCCCTTACAGATAATAATCATTCGAATGTTCTTATTTATAACAAATTATTTTCTGTTATCAAATTAAGCAGCAAATTTTGCTTTGTTTGGTTCCTAAAAGTAATATTCCTTTAAACATACCTTCTCTCCGTGGGTTGAGTAGTATGAAACAGCTGAACTAGTAGGGAGAATATTTGTGTGATTTACATGTAAAGTATTTCAGTCCCCTTACTGTAGCAAGCAGGTACAGCTGAACTATGGATAGCTCTCTCCCAGGATCAGAGATTGTACCAAAAATGTGTAGTTGACGCCTATTGATTTCAGTAGGTGCTCTGCATTTTTTTGCATGAGAGCCCTTGGCCTGATTATCTGATGTCAAAATAAATATTTTAGTGACATTGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTGCTGAATTTCTGTAGTCAGTTTTCATGAGATTATGAGGTCAACGTTTTGATTGCTTTTTCTTTGATCTAGATTTGAAGTGAAATACTGCATGCAGATTTCGTTATACAGGCTTAAAGAGCAAGCATATTTTAGGCCTTAGACATCAGCTCTAAGGAAGAACTGGCCAGTAGAGGAGTTAGGGTAAAATAGGCCTTTTGTGCATCTCCGAGTTGTGAAGAACCTCAATGTGTAGAGAGAGGATTGACAGTTTCTAAGTGTTTATAAAAGGTAGTTATGATAGCTGAAGATGTTGCCTTGCTCCTTTAATGTTCCCTTCCTCACATGTACCTAGCTATAGGGGAGCAGTGTTGATGCTATACCTGAAAATATCTCTCTAATGAATCAATTCATGGAACAGTGCAGCGCACATAGTAAATTGAATTTCCAGCCCTTTTACTGATTGTTAAAAGCAATCCTGCCTTCCTTTCAGCTGGTATCATTAACAACTAAATTGTTGCAGAAGAGAGTTTGTGTAAGATTTCAACAATAAGATAATGCAAATAGGTCTTCATTAATTTGTCCATATGCAGACTGTAACCAATTAAATGGCGTGTTACTAATTTTGCATCCTAATTGACATCAGACATTTGAGAATCAACCATAAAATTAAATCTGGAATTCTTTCTTATCGTCTTGGCATCTCCTTTGGATTAATTCAGCAGCATCTGATTTGAAATCTTAACAGCTTTAATAATCTGCATTAATAATGAGTTTTAGCATTTACTAATAATCAAATATCAAAATAAACTTTTTAAAATGCCTAATTTTTAATCTGTCAGTTTGAACTGTATCTGAATGGCTGACAGCCTCAGACTGTTGTTTGATTTTCTTGCAG
Seq C2 exon
TTTGGTGACTCTCAACAACTACGCCTTGTTCGTATCCTAAGAAGTACGGTCATGGTTCGTGTTGGAGGTGGCTGGATGGCACTTGATGAGTTCTTAGTGAAAAATGATCCTTGCAGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016289:ENSGALT00000026264:97
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0218712=GAS2=FE(6.3=100)
A:
NA
C2:
PF0218712=GAS2=FE(49.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]