GgaINT0097887 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008591 | CACNB2
Description
calcium channel, voltage-dependent, beta 2 subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1402]
Coordinates
chr2:19034231-19072605:-
Coord C1 exon
chr2:19072486-19072605
Coord A exon
chr2:19034354-19072485
Coord C2 exon
chr2:19034231-19034353
Length
38132 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TTTTTATCTTTTCTTTGCAGACA
3' ss Score
11.76
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTCGGCGGACTCCTACACCAGCCGTCCATCCGACTCCGATGTATCTCTGGAAGAAGACAGGGAAGCAGTGCGGAGAGAGGCAGAGCGACAGGCCCAGGCACAGTTGGAAAAAGCAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]