RnoINT0028234 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000018378 | Cacnb2
Description
calcium voltage-gated channel auxiliary subunit beta 2 [Source:RGD Symbol;Acc:67385]
Coordinates
chr17:81923416-81990669:+
Coord C1 exon
chr17:81923416-81923535
Coord A exon
chr17:81923536-81990546
Coord C2 exon
chr17:81990547-81990669
Length
67011 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
TTCCTCCCATCTCTTTTCAGACA
3' ss Score
11.59
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000018378:ENSRNOT00000031542:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.769 A=NA C2=0.122
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120523=VGCC_beta4Aa_N=PU(92.9=97.5)
A:
NA
C2:
PF120523=VGCC_beta4Aa_N=PD(2.4=2.4),PF0001823=SH3_1=PU(51.0=61.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]