GgaINT0097894 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008591 | CACNB2
Description
NA
Coordinates
chr2:19057383-19066473:-
Coord C1 exon
chr2:19066364-19066473
Coord A exon
chr2:19057535-19066363
Coord C2 exon
chr2:19057383-19057534
Length
8829 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGT
5' ss Score
9.66
3' ss Seq
GATTTTCCCATTACCTGCAGCTG
3' ss Score
8.67
Exon sequences
Seq C1 exon
TATATCAATTACAAGAGTCACAGCAGACATCTCGCTTGCCAAACGCTCAGTATTAAACAACCCCAGTAAGCATGCGATAATAGAGCGATCCAACACAAGATCAAGCTTAG
Seq A exon
GTAAGTACCCAGAATGATGCTACCTACAAATTGACTGTAAAGTTCACTACTCCCAGTTCTTGTATGTAAGTTAAAAAATAACCTTATCTCTGCTGTGAGAAAATCATGATTCCTGTAGTTCAGAAATCCTGTCTCTGGAAGTCATTTTTAAATCATTACCACTTAAACTTTATGTAGTGCTGACATGGTTTTATCCTGCTTATGTACACTTCTCGTGTTTACTGTTAGCCTCAGTGGGAAGTAGCTGTCCATAAGGTAAATAAAATCTAAGTAGAATTCCTCTGTTTAAACAGAGGTAACATTGTCAGAATACATGATGTTGTTGATGTTATGAATCTTGATGACATTATCTTTGATAGGATTCTGAACAGTGGTATCTACTGGTATCTTAGACATGAAAAAAAGACGTTGAAGTACGCGTTTCAAGAATTTAAAACTGATACAGCTTGGGCTCTTCCTTTACAAGCTAGTATTTCTTTGAAGCCTTCAGAGAGTTTGATTTCTTCTGGACACAACCTCATATTTTGAAATATTATAAATTTGTGGGACAGGAAACAGAGTTCCTTATCCCCAGCTTTATAACAGAATTTCTGAGCATTGATGGTGTATTTAATATTTGCATAAAATAGCTGTCTTTGTAGAATGTTATTCTGACACACAAAGTTTGGCTTCTCTTTCTTGAAGATTTTTTTCTGAAAACTTTTTTTTTCGTCTATGTGGATAATGTAAATCTTCACACAGTATGATGGCTTTCAAGGTTGTCTCATCTTGAGTGTTTCCAAATATAGATATGTAATGTAGTACGTAACGAATATCTTCATACATAAGAATTTTCTTCCATGTGATTTTCAGTTTTATGGCCAAAATCTGTTTAATGATGTAGTGAAAGGATAGTGTTACTTATGAATAGAATTGAAAATTTGTAGTAAGAATGGATGTCACCTAGTCATGGAACATAAACCGAAATTGCTGTGATTGATTTCCCAGCCTGAACATCAAAGCATGGTTTTACTGTATTGTACAAATACATGCAGCAGTAAGAAGCATAACATCTACTCCCCGTGCTAAAATATGTTCATACTTGTTTAACAGCTATCACAAAAATACATAAAGGAAAAGAATCTATAAAATAAATACAGGTCAGTCTTGTTAAAAAAGAACGAAAGATTACATGTTTGCTCTGAATTGTTTACCATTATATCATGGAAAACCTTACCCTTAAGACTATCAACATTTTAGATTAATTTAAAATGGAAGTACTGACAGAACCTCAGTTGGAAACATCCAAAATATGTATCTGTATGTATAGAAATGTCTGTATTTTTTGTAACTTAGACCTATTATTACCTAAGATTTCCTAACATTTCATGTTATTGGTCTGGTTTTCAGTTGATTACAACTGCCCTAAAATGTATCTGATTTATAAAGTGATTTTGAATTATCTTGGGAAATGTTAGTTAGAGAAACTAGGTCACTTTTAACAATGAAGTTAAGGCAAAAAATAATTTTATCTCTGTTGAATTATTCTCAAAACCTTTACTCCAATACTCTTACATGCCTTGTTATCTAGCATGGTTTTGAAATTTAGAAGTGAGCTAAAGTGTATTTCAGTTATATGCTTCTGACATTTTTATGAAAATCATGAGAAAACATGATCAAATTACTATAAGCTTTAGTAGAAACAGCAGATAGCGCAAGCCAGGCTTTGCATCTAAATCACTTAAAGACTAGGCTTGACTGGTCAAGATCCAGTGATGATACTGAGCCCTGTGCAGATTTTATCAGTATAGTGAAACTCAACTAAAACAGGAAAATATTTCTGTTTGTTTTCATTTTCTACTTTGTTGGGAGAATTGAGTAAACAGATCTGAATTTTAATGTTCTCAACTGAAGAAGAAGGGAGAAAGGTAAGAGGTGTGAGACTCCACCATGGAAACGGCTGGATTTATGGAGCAGGAGCAGGGAAAGTTGGAGCTATTGGAGAAGGGGATTTGGTCCAGGCTTGGGGGAAAACATAAGATGAAGAAAACTGGTCAGAAAGGGAGTCGGGGGAAAATGATGTGGTGGCAGTGGGCTGGAAGAAAAACTGAGATAAGATAAAACAACTGCAGTCAGAAAATGGACCTGATTTATTAAGTCAGTGGGAAAGCCCTTGTGCAAGGGCAAAGAAAAGAGAATACAAGGAGTGTTACAGCCTGTTCCATAGCTTGCTGTAATGTAATTCAAAACAGAAATAGAGTCAATCAGAAAATGGCTTTGTAGCCATAGGTGTCCTCTTCTAGCAGTGGTTCACAAAGAAGATGACAGCATACCACTGCTGTGAGTACTTACTTGGCTCAAGTTGCAGACATGGGTGGCAACCTCATACCATACAATGGAATTTTTATTCTGTTTGTGTGATGAATTTGCTATATCTGTAAGTCACCAAATATTCCATTATGAGCATATTATTAGATTTACAAATGTGAGTTGTGCAAAATAAAGATTAGGAAGTAATAGTATAAAGGTTTACTGTTCAAATTGTTTGTACTGTAGTTTATGTAGGCTGCAGTTCGGTCTTTGGTCACAGGTTTACAGACTACTTTTCCACCAGTCTTCTGCCTTACTTTATTGTTGGTTTTTTTAAATGTACAGATTAATAATGGAGAAGTGGAATTGCTCAGTGACAGAGGTCAGCCACTGTTTCACTTTCTTGTATAATGTATGAAGCAAGAATCTTCAGGAAGGCAAAAGAAGTTCTGTAAATGTAAGATGGGGCATTTTCAATTTAAATCTGGAACAAGACAGAAAATATTGATTTGACTACAAATTTCTGTGGCAAGTAAATCTACCAGTTTTAACAGAGAAGATTTGTATGAAACAATATAGAATTCTGATCAGAAAGATCACCACTCATTTTCTACCCTCAAAGCACTTAACATACCAGTAATTAAAACACATTTGGGTTGTATGGTACCCAGAGTCAAGCTTCTGCTGCAATTGATGTGAAGGAGAGATCTATGTTTCAGCCTGAAGAATACTGAGTGCTGATATCTCTCTTTTGATTCAGCAGATATTATTTCTCTATTCAAAAATGGGATAGCCCCACTGGGAGAGGAAGGTCTACTGCCTACAGCCTGATACTCTATAAGCTGAAGCATGATATGCCATAATCTTCTATTCTGAATCTCAGCATCCAGCACACCTCTCCCAGACTTCTTACAGATGGCAGGTTTTTTCCCCACAGTGTTTTCTGTGGGGAATGCACTTCAGGCATAATTTGTAGAGGTATTCAGTATTGGGGCTACAAGTGAAATTTGAGCATTGAACTCATCAAAAAATAACACGTGTCATCAAAATCAGTGTGTTGTGTGGTAACACACATGATTTTCAAAATGCAGATGGAAACCAGGCAGTATTTTGTAGACCTGGAGCTACTGTTGGGGACCTTGCAAAATATCATGCTTATGGCTCTTAATTCCCCAGAAGTCATCTTATTTTAGACTCTTCTCTGACAGTCATTTAACTAGGGAGATATTCTCTTCATTCCCAGACTAGCATGAGGATTTTTTCTTTTCTCTTGACTCAGCACTGATGTCGTGTACATAGTAGCCTCAAGAATGTCCTGAGTCTTAGTAGTGACTTTTAAAAGAAGCAAGGTTATGTTTCATTTTGGAAGAAATAATCTCCAGACTCATGATTTCCTGTAGGATGGCTTCCAGCTTCCTGGCTGGCAAAGTAATTTTACTATGGTAATTATTCTGAATAATCAAGTACAATATTTCTGAAATTGATTCTACCCTCTTCTAGATGAGTGATAGCTTGTGATTAATCTCTGTCACTCCAATTTTTTAATCTGGAAAATAAAAACTATTCCAGCCTGTCACTGAAATGGGATGTTTCAATGTGAAAAATTATTTTATTGGAGCAGTCAAACACCACCACAGTAAATTCCATAAAATAACCTACAAATACTTTATTCATTTAGTTTTCAGAGAAGGATTAGCACAATATGCTCTGAGATATCTACCACACTTTTGTCAACAAAGGGAAAGTAATTGCTTCAATACTGCTGATCATTTGATAGTGTATGGAGTTATGCACTGATTGAGACAGCATTCTTACAGAAACAAAATTAGAGTGCTTTCCCAGAAACACTATCTTATAATAAAGAGCACATTAGGTTTGATTTAAAACAACTAGCTTAGCATTTCCTAATTTTTGAGTATTACCTTTGCAGTTGATATATGTGTAACATATATTTACATATTTTTGTAATATAAATATGTATTATTAAAAGTATCATTAAATATATTATTAAATATATCAGTCATAGATAAATCATTAAGTCAAGATTCAGGTTACCTTAGTTCTTTTCTAGTATCTGCTGCAAGTCTGGTGCAGGAAATAAGTTTTCTCAACCTATGTTTTCCCATACATAATGTAATAACAATAGAGCCTTTTCTCCCAGTTACCTCTAGAAAAAGACAGAATTTCTGTCCGCATCATCTACAGTGATTTTTTTCTTGTCCAGTTTTATAGAAATAGTATGTATTGCAATGAAATTTGATCTTCCTAATGAGGAAAAGTTGGAGTTGAGTTGCTTTGGGTTGGGATTGCTCTGAATGAGGGTTCCTGACTTCTTTGCTTTGGGACACGGGAGATGAGTTACTGTCTGTCTGTTGGTCTGTTTCCTCCCTGAACAGCCAGGAGAGCATCGTCTGAAACCTATATTCTTATTCCATGTCTTGTAATAATTTAAAAATAGCTTTCTGATGCAACAAATACATCTCCCCAGAACATCTCTGTATTAATCAAGATTACTTCTTAGTTCAGTGGAAGGCAATTGCTTTCTCACCCACCTTTGTGTATGGATACATCATGGAGCTAGGCAGTCAATTAACTAATGGTTATCACATTTGTGAGCAGCTGTTGTAACTGCAGCAGAGAAGGCTATTTCTTACAAATTTGAAAATATATTTTCATTTTTTATATAGGTATTATTTTAATATGTGGCACTT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Seq C2 exon
CTGAAGTTCAGAGTGAAATTGAACGGATTTTTGAATTAGCAAGGACACTGCAGTTGGTAGTGCTCGATGCTGACACCATAAATCACCCAGCGCAGCTGAGCAAAACCTCTCTGGCACCCATTATAGTATACGTAAAGATTTCTTCTCCTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008591:ENSGALT00000013988:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.149 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0062516=Guanylate_kin=FE(20.4=100)
A:
NA
C2:
PF0062516=Guanylate_kin=FE(27.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]