GgaINT0097894 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008591 | CACNB2
Description
calcium channel, voltage-dependent, beta 2 subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1402]
Coordinates
chr2:19011401-19020491:-
Coord C1 exon
chr2:19020382-19020491
Coord A exon
chr2:19011553-19020381
Coord C2 exon
chr2:19011401-19011552
Length
8829 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGT
5' ss Score
9.66
3' ss Seq
GATTTTCCCATTACCTGCAGCTG
3' ss Score
8.67
Exon sequences
Seq C1 exon
TATATCAATTACAAGAGTCACAGCAGACATCTCGCTTGCCAAACGCTCAGTATTAAACAACCCCAGTAAGCATGCGATAATAGAGCGATCCAACACAAGATCAAGCTTAG
Seq A exon
GTAAGTACCCAGAATGATGCTACCTACAAATTGACTGTAAAGTTCACTACTCCCAGTTCTTGTATGTAAGTTAAAAAATAACCTTATCTCTGCTGTGAGAAAATCATGATTCCTGTAGTTCAGAAATCCTGTCTCTGGAAGTCATTTTTAAATCATTACCACTTAAACTTTATGTAGTGCTGACATGGTTTTATCCTGCTTATGTACACTTCTCGTGTTTACTGTTAGCCTCAGTGGGAAGTAGCTGTCCATAAGGTAAATAAAATCTAAGTAGAATTCCTCTGTTTAAACAGAGGTAACATTGTCAGAATACATGATGTTGTTGATGTTATGAATCTTGATGACATTATCTTTGATAGGATTCTGAACAGTGGTATCTACTGGTATCTTAGACATGAAAAAAAGACGTTGAAGTACGCGTTTCAAGAATTTAAAACTGATACAGCTTGGGCTCTTCCTTTACAAGCTAGTATTTCTTTGAAGCCTTCAGAGAGTTTGATTTCTTCTGGACACAACCTCATATTTTGAAATATTATAAATTTGTGGGACAGGAAACAGAGTTCCTTATCCCCAGCTTTATAACAGAATTTCTGAGCATTGATGGTGTATTTAATATTTGCATAAAATAGCTGTCTTTGTAGAATGTTATTCTGACACACAAAGTTTGGCTTCTCTTTCTTGAAGATTTTTTTCTGAAAACTTTTTTTTTCGTCTATGTGGATAATGTAAATCTTCACACAGTATGATGGCTTTCAAGGTTGTCTCATCTTGAGTGTTTCCAAATATAGATATGTAATGTAGTACGTAACGAATATCTTCATACATAAGAATTTTCTTCCATGTGATTTTCAGTTTTATGGCCAAAATCTGTTTAATGATGTAGTGAAAGGATAGTGTTACTTATGAATAGAATTGAAAATTTGTAGTAAGAATGGATGTCACCTAGTCATGGAACATAAACCGAAATTGCTGTGATTGATTTCCCAGCCTGAACATCAAAGCATGGTTTTACTGTATTGTACAAATACATGCAGCAGTAAGAAGCATAACATCTACTCCCCGTGCTAAAATATGTTCATACTTGTTTAACAGCTATCACAAAAATACATAAAGGAAAAGAATCTATAAAATAAATACAGGTCAGTCTTGTTAAAAAAGAACGAAAGATTACATGTTTGCTCTGAATTGTTTACCATTATATCATGGAAAACCTTACCCTTAAGACTATCAACATTTTAGATTAATTTAAAATGGAAGTACTGACAGAACCTCAGTTGGAAACATCCAAAATATGTATCTGTATGTATAGAAATGTCTGTATTTTTTGTAACTTAGACCTATTATTACCTAAGATTTCCTAACATTTCATGTTATTGGTCTGGTTTTCAGTTGATTACAACTGCCCTAAAATGTATCTGATTTATAAAGTGATTTTGAATTATCTTGGGAAATGTTAGTTAGAGAAACTAGGTCACTTTTAACAATGAAGTTAAGGCAAAAAATAATTTTATCTCTGTTGAATTATTCTCAAAACCTTTACTCCAATACTCTTACATGCCTTGTTATCTAGCATGGTTTTGAAATTTAGAAGTGAGCTAAAGTGTATTTCAGTTATATGCTTCTGACATTTTTATGAAAATCATGAGAAAACATGATCAAATTACTATAAGCTTTAGTAGAAACAGCAGATAGCGCAAGCCAGGCTTTGCATCTAAATCACTTAAAGACTAGGCTTGACTGGTCAAGATCCAGTGATGATACTGAGCCCTGTGCAGATTTTATCAGTATAGTGAAACTCAACTAAAACAGGAAAATATTTCTGTTTGTTTTCATTTTCTACTTTGTTGGGAGAATTGAGTAAACAGATCTGAATTTTAATGTTCTCAACTGAAGAAGAAGGGAGAAAGGTAAGAGGTGTGAGACTCCACCATGGAAACGGCTGGATTTATGGAGCAGGAGCAGGGAAAGTTGGAGCTATTGGAGAAGGGGATTTGGTCCAGGCTTGGGGGAAAACATAAGATGAAGAAAACTGGTCAGAAAGGGAGTCGGGGGAAAATGATGTGGTGGCAGTGGGCTGGAAGAAAAACTGAGATAAGATAAAACAACTGCAGTCAGAAAATGGACCTGATTTATTAAGTCAGTGGGAAAGCCCTTGTGCAAGGGCAAAGAAAAGAGAATACAAGGAGTGTTACAGCCTGTTCCATAGCTTGCTGTAATGTAATTCAAAACAGAAATAGAGTCAATCAGAAAATGGCTTTGTAGCCATAGGTGTCCTCTTCTAGCAGTGGTTCACAAAGAAGATGACAGCATACCACTGCTGTGAGTACTTACTTGGCTCAAGTTGCAGACATGGGTGGCAACCTCATACCATACAATGGAATTTTTATTCTGTTTGTGTGATGAATTTGCTATATCTGTAAGTCACCAAATATTCCATTATGAGCATATTATTAGATTTACAAATGTGAGTTGTGCAAAATAAAGATTAGGAAGTAATAGTATAAAGGTTTACTGTTCAAATTGTTTGTACTGTAGTTTATGTAGGCTGCAGTTCGGTCTTTGGTCACAGGTTTACAGACTACTTTTCCACCAGTCTTCTGCCTTACTTTATTGTTGGTTTTTTTAAATGTACAGATTAATAATGGAGAAGTGGAATTGCTCAGTGACAGAGGTCAGCCACTGTTTCACTTTCTTGTATAATGTATGAAGCAAGAATCTTCAGGAAGGCAAAAGAAGTTCTGTAAATGTAAGATGGGGCATTTTCAATTTAAATCTGGAACAAGACAGAAAATATTGATTTGACTACAAATTTCTGTGGCAAGTAAATCTACCAGTTTTAACAGAGAAGATTTGTATGAAACAATATAGAATTCTGATCAGAAAGATCACCACTCATTTTCTACCCTCAAAGCACTTAACATACCAGTAATTAAAACACATTTGGGTTGTATGGTACCCAGAGTCAAGCTTCTGCTGCAATTGATGTGAAGGAGAGATCTATGTTTCAGCCTGAAGAATACTGAGTGCTGATATCTCTCTTTTGATTCAGCAGATATTATTTCTCTATTCAAAAATGGGATAGCCCCACTGGGAGAGGAAGGTCTACTGCCTACAGCCTGATACTCTATAAGCTGAAGCATGATATGCCATAATCTTCTATTCTGAATCTCAGCATCCAGCACACCTCTCCCAGACTTCTTACAGATGGCAGGTTTTTTCCCCACAGTGTTTTCTGTGGGGAATGCACTTCAGGCATAATTTGTAGAGGTATTCAGTATTGGGGCTACAAGTGAAATTTGAGCATTGAACTCATCAAAAAATAACACGTGTCATCAAAATCAGTGTGTTGTGTGGTAACACACATGATTTTCAAAATGCAGATGGAAACCAGGCAGTATTTTGTAGACCTGGAGCTACTGTTGGGGACCTTGCAAAATATCATGCTTATGGCTCTTAATTCCCCAGAAGTCATCTTATTTTAGACTCTTCTCTGACAGTCATTTAACTAGGGAGATATTCTCTTCATTCCCAGACTAGCATGAGGATTTTTTCTTTTCTCTTGACTCAGCACTGATGTCGTGTACATAGTAGCCTCAAGAATGTCCTGAGTCTTAGTAGTGACTTTTAAAAGAAGCAAGGTTATGTTTCATTTTGGAAGAAATAATCTCCAGACTCATGATTTCCTGTAGGATGGCTTCCAGCTTCCTGGCTGGCAAAGTAATTTTACTATGGTAATTATTCTGAATAATCAAGTACAATATTTCTGAAATTGATTCTACCCTCTTCTAGATGAGTGATAGCTTGTGATTAATCTCTGTCACTCCAATTTTTTAATCTGGAAAATAAAAACTATTCCAGCCTGTCACTGAAATGGGATGTTTCAATGTGAAAAATTATTTTATTGGAGCAGTCAAACACCACCACAGTAAATTCCATAAAATAACCTACAAATACTTTATTCATTTAGTTTTCAGAGAAGGATTAGCACAATATGCTCTGAGATATCTACCACACTTTTGTCAACAAAGGGAAAGTAATTGCTTCAATACTGCTGATCATTTGATAGTGTATGGAGTTATGCACTGATTGAGACAGCATTCTTACAGAAACAAAATTAGAGTGCTTTCCCAGAAACACTATCTTATAATAAAGAGCACATTAGGTTTGATTTAAAACAACTAGCTTAGCATTTCCTAATTTTTGAGTATTACCTTTGCAGTTGATATATGTGTAACATATATTTACATATTTTTGTAATATAAATATGTATTATTAAAAGTATCATTAAATATATTATTAAATATATCAGTCATAGATAAATCATTAAGTCAAGATTCAGGTTACCTTAGTTCTTTTCTAGTATCTGCTGCAAGTCTGGTGCAGGAAATAAGTTTTCTCAACCTATGTTTTCCCATACATAATGTAATAACAATAGAGCCTTTTCTCCCAGTTACCTCTAGAAAAAGACAGAATTTCTGTCCGCATCATCTACAGTGATTTTTTTCTTGTCCAGTTTTATAGAAATAGTATGTATTGCAATGAAATTTGATCTTCCTAATGAGGAAAAGTTGGAGTTGAGTTGCTTTGGGTTGGGATTGCTCTGAATGAGGGTTCCTGACTTCTTTGCTTTGGGACACGGGAGATGAGTTACTGTCTGTCTGTTGGTCTGTTTCCTCCCTGAACAGCCAGGAGAGCATCGTCTGAAACCTATATTCTTATTCCATGTCTTGTAATAATTTAAAAATAGCTTTCTGATGCAACAAATACATCTCCCCAGAACATCTCTGTATTAATCAAGATTACTTCTTAGTTCAGTGGAAGGCAATTGCTTTCTCACCCACCTTTGTGTATGGATACATCATGGAGCTAGGCAGTCAATTAACTAATGGTTATCACATTTGTGAGCAGCTGTTGTAACTGCAGCAGAGAAGGCTATTTCTTACAAATTTGAAAATATATTTTCATTTTTTATATAGGTATTATTTTAATATGTGGCACTTGTTCTTTAAAAGAATGAATATAGTACAGAGGTAATGTACTTGCTATATCAATACCAAATACTGCTGCCTGGGCAATCAATACCTCTTACCTTATCATCCAATATAGGTTTGTAGTATGATGTGTATTGTTTAAAAATGTGCATAACGTAGTAAACAGTTGAGTAATCACTACTATTTGGAAGCATACACAAACAATGTGGTAATGAGGAGTAGGAATTAACTTGAGGAATTAGGTTCACAGGAATTATGGGGAGGTCTCAATGGGCTTAATGCTAGATGTCTATTGACTGAAAGTTTGCTTCCGTAAAGGAACGAGGTAAAAACAAACTTGGAGATTTGATTCATTGGAAACCAAGGCTACTGCTAATACTTATGATTCTTCGAGTATTCTGGTGTAAAATTAATCTATCTAAGGATCTTATAAAATAGTGACTAGCTCATAAAGATTTAGTAGAACAGTGCAGTTTCATTATTCTCCTATATGAAAACTTACTCTGTTCATTAAAGGGAAATATTTGCTTGTCAGTACTTCTATGTGTTTAACATGTGACATGCTAGAACTAAACTTAAGGAAAGGGCAATTGTTTCATTTCTCTAAAAGCCTTAAAGAAATCTGTAATTTCAAAAAAGACTTTTCAAGCAAGTACAGTACACAGTTAAATTTCATTCAGCTGAAAATCAGTCCGTCCCAATTGGCTTAGTTAAATTTCTGCATGTGCACATGTCATTTGCAGAAACTGCTGAACGAGCTTTGTGTTTTTGCTGCATTTCTTTGTCAATATGACCCAAACCATTTTCTTGTTGTTGCTGTGTATGTTACACTTGTTATAACCTTGCCTCATGCTGTATGCTTTGTACAAGAACCTGATTGTCTTGGCTTTTTCCATTCTTTGCTTCATTAATGCTCTCCCTTTCCAGATGTTTTGGGTATGTATAAAAGCTTGCAAATTACTTTTCCTGCTGTTTTGTGTTCAGTGCTTTGTTGTACCTCACAAAACCACTGTGTTTCTAGTAACTGACTCACTGATAGACAACAGTCAATGCTATACTATGTTGCTAATTTTTTACACACACATAATGTACGTATGACAATGTTACTTATTCTCCATGGTTGACAATTTAATGTCAATTGTTTTATATATGACATGTTTCTAGGAAGTGCAACCCCAGAAATTGGATTTAAGGGTAAAGCATAAAAGTTAGCTAAGTCTCAGAAGACTCCTTTCCTATACAGAGGCCATAGAACAGGAATGCATAATTGGGATTTGACCAAGAGTGTATTTCTGTTTCAAAGCCTCAAAGATCTAATGTAGATAAAAGAGAAGGAAAAATGTGTTCAATGTGTCATGATAAAACTAGTTGTCTCTTTATAATATACAGAAGTATCATTTGTAGGGATTACATTCTCAGATTTCAAAAAGTAACCTGCTAAACCTCAAGCAGTACACAGTGATCTGTCCAATACTGGCAGAAAAGTTATTCCAGTAGTGTAGCTTCCCCAGCCAAAATTAAGATATGCTGTCAAAAAGACAGATTTTTCTGATACAATCTGTCTTGAACAAAGGTTTTCAGCTATCTGAAATGGTATTAAAAATTATACATTAGCTGATATTGTTATATTGACTGAAGTGTTGAGCCTGGTTTGCAATTGCAAGAAAGCAGTTCAATCTCATCAGAGTAGTCAATATACAGAGACAAATAGTCTCTGATCTGTTTATTCTAGTTGCCACTTGGACTTAAGTTAGGGGTAGACTATTGATTATCTTCTAATAAATCACAGAGGTAATGACACTGAATCATTCCGGCAATATCTATACACATTGAAATTGCAGGATATGTAATCATAAATGTGCCAAGAACTATCAGAAGTACTGTTTTCAAAAACGTGGTCCTAATTCAGACAGCAGCTGGGCCATTGTGCTTTTATTGACAAGCAGGAAAGTACACAATGATGCTCTCTGTTTCAGAACACCACGCACATCTTACGGTCTTCTCTGTTGTAAAAGACTGACATGGACTCCACTAAAACAGGAGATAACTACAAATGGATGGAGGGGATCTTTAATTGATCCAAAACAATGAGACTCCTCCAGTAGAGAATATCACACATAGATTTTCTGCTGGCCACTTACAACGTTACTTAATTTATGAAGTGATTGTAGTGTTCGCTTATTAACTTGGAGCAAAAGACCTTAAGGTAAATGGAGATTTACAAAGGTGAAATTCACTCTCCTGGAAATTTTTTAGCCTTATTGCGCTGTCAAATTTTTATGCTGTTCTAGGAAGACAAAAATTTATCTCCTAACAGCTCTTGAAAAGAATATCCTTCTTTAGAGAGAGAGTTTCCTTGAGTGAATAGCTATTCAGGTAGCCAGACACCGTTGGTTGTATTTTTCAGTAAACATAATGATTGTGGCCAGCACAATAGATAAAATGCTGATAGTGTAATTTCAAGAAAATATTTAATAAGTGTTTAGTACCTCTTGTTGGCACTTAAGCATCTGCTGGATGTCTTCTAATATTTGCTTTGATTTGGCTAGGTATTTATTCTTGTTTTGTTTCATGGAGTGTGCACAATCCTAAAAAAGAAACTCATGTGGATTATGATCTTGCCTGGCTCTCAAGCTTCAGGGAAAGTCCCTCAACTTGTCTAATTTCATAAAATAGTTTTGGTTGGAAGAGACCTTTAAGATCATCTAGTTCCAACCCCCCTGCTACAGGCAGGGACACCTCCCACTAGACCAGACAGCTGACAGCCCCATCCAGCCTGGTCTTGAATGCTTCCAGGGAGAGGGCATCCACAACCTCACTGTATAACATGTTCCAGTGTCTCACCACCTTCACAGTAAAGAATTTCTTCCTAATATCTAGTCTAAATTGTCTCTCTTTTGGTTTAAAACCATTTCCCCTCATCCTGTCACTACACGCCTTTACAAAAAGTCCCTCCCAGCTTTCCTGTAGGCCCCCTTCAGGTACTGGAAGCCTGCTATAAGATCCTCCTAGAGCCTTCTCTTTTCCAGGCTGAAGAGCCCCCAGTCCCCTCAGCCTGTCCTCGTAGGGGAGATGTGCCAGTCCTCTGGTCACCTCTGTGGCCTTCCTCTGATCCTGCTCCAACAACTCCATGTCCTTCTTGTGTTGGGGTCCCCAGAACTGGACACAATACTCCACAGAAAGGCTCAAGAGAGCAAAGTAGGGCGACACTTCTCTGAAGTAAAGACATGGCAAGACTTGAACAGGAAAATGTCATTCCATTTCCAGGATGATTTTGCTTTTTCCTCATTCACTTCTGTTTCCTTTGGGAACTAAGACCAAATGTTTAATATGGCACCATAATGTACAAAGGAAATCCTGTTTTCTGATGCTTTGGTAAGTTGAAATAAGTGGAAAAACAGAAGCTTCTGCTGGTATAGACACCTCAGTACATCTTAATGCCTATTCTAGGTAGTCCAGTTTGAGTAAATTGATTGCCATATGGAATTAATGCCCAAGATGAAATTATTTACATGGAACGATGGCATAGGGACAGGTACGTGATGCAGCAGGTTTTTCTCTTATGTACATATGATAGGGTTGTATGGGAAAGTGAGAGCAGCGGAGGCAGAGAGGGGCAGGGAAGTCCCCCTGCAGGGAAAGTGAGCTGGGGCTCTCACCAATGCCTCCTTCATTTCCCAGCATCAGACATGAACAGTTAGTGGCTGCTCCTACCTGCATCGTCACTTGGTGAAGCAACACATCGGCATACTTCAGGTTTTATTTATTTTTTTTTACATTGCTCACAATTATTTACCTTTTAACATTTTCCTGACTATGATTTTCCCATTACCTGCAG
Seq C2 exon
CTGAAGTTCAGAGTGAAATTGAACGGATTTTTGAATTAGCAAGGACACTGCAGTTGGTAGTGCTCGATGCTGACACCATAAATCACCCAGCGCAGCTGAGCAAAACCTCTCTGGCACCCATTATAGTATACGTAAAGATTTCTTCTCCTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008591:ENSGALT00000013988:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.149 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0062516=Guanylate_kin=FE(20.4=100)
A:
NA
C2:
PF0062516=Guanylate_kin=FE(27.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]