GgaINT0098822 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008654 | STAM
Description
signal transducing adaptor molecule (SH3 domain and ITAM motif) 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11357]
Coordinates
chr2:19535117-19541550:-
Coord C1 exon
chr2:19541466-19541550
Coord A exon
chr2:19535193-19541465
Coord C2 exon
chr2:19535117-19535192
Length
6273 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
GCTGTCTTGTCTTGCTTTAGGCC
3' ss Score
9.94
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAAAGCAACCAGTGAGATGAACACTGCAGAGGACTGGGGCCTCATCTTAGACATTTGTGATAAAGTTGGACAGTCACGCACAGG
Seq A exon
GTAAGTGATTTTAGAAACTGTCCCCCACAAACGTTGTTAATTTTGTTATTTCAATCTTATACTCAGATGAGAAGAATGAAAATTCTGACTTGTTTAGACTTTTGAAGCAGCTCGGTTTAATTTACTTTATGTACTTACTGGAGTAGATTTACTACAGTGAAAGGAAAGTATGGATTTTCTGCCCAAATATTTTACAGTTCTTTCCTTGTCTCTTAAAATCAGGAATTGCAAACAGCAATTTTTCATCAGTGTAATAGAATAAACAAGCTGATACGTTTTGTCAGTGTCACTGTAAATCCAGCAGACATCATCAGGGTTTTTTCTTGTACAATCATAATCTGGGTTTGAAGTGACCTCCAGAGGTCATCTAGTCCAACCCCCCTACTTGAAACAGATTTAATTAGATCAGGTTGCTCAGGACTGTGCCGAGTCTTGAATGCCTCCAAGGACAGAGTTTCTACAACCTCTGTGGGCAATCCATTTCAGTATTTAACTACCCTCACAGTAAGCAAGTAAATAAATGAATGATTCTACTGTATGATTACAATTTCCCTTGTACCAGCTTGTTTGTTGTGTCTTACCCCATGACTGCAGTTCTAACAAGAATCTGGTTTCATCAGCGTTCTCTGCTTAAGTAGATGTATAAAGCAGTAAGGTCTGCTTTTACCCTGCCTTTCTAAAAACTGAACCCATATGTTGGTGTCTTCTTGTATGTGACTCTCCTCTGGCCATCTTGATAGCCCTCTTGCCATCTTGATGACTTGCTGCGATGTGTCAGCATCCTTCTTGTATGGGAGAACACAAAATTGGGCAAAGTCCCAGCACAGTCTTACAAGTGCTGTACAGATAGGATGGAATACTCCCCTGGCCCTGCTGGCTGTGCTGTTATTACTATGGCCTGTGATTTGTTTGGTCGTCTTTGCTGTCGAGCTACACTCCTATCACCCATTGGGTCCTGCCAAGCCTTCCTGTGGAGCTGCTCTTTGGGCAGTCAGCTCCTGGCTTGTGCTGGTGCAGTCCACTCCAGATGCAATTCCTTGCCTTTCACTTGTTGAATTTAATGAAGTTCTGGTTTGCCCGTTCTCCTTACTGTCCATATCCCTCTAGTAGCCCCGGTCTCTGGTATATCGGCTGCTTCCTCCAGCATACCGTTGTCAGGAAAGATGCCTCCTGTCATCTAGGTCGTTACTGAAGACATTTAGCAGCACCAGTCCCAGGAATTCCCTGAGGGACACCACGAGTTACTGCCCACCAGCTGGGATTTGCACACTGCTGACAACTCTGTGAGCTCAGCAGCCCAGCCAGTTTTCCACCCACCTTATCATCCTTTTCTCCAGCCAGTATTTCACCTGTTGGTGATAAGGAGAACTGTATGGGACTGTGTCAACACTTGATTGAATCTGAAGTTTAAAGCATCCTCTGCCTCTCCTTATACTCACCACCAGTGTCTTTGTACAGTGAGCAGTGAGGATGTGTGTTTCTCCCCCTTGCTTTGAGAAACTATTTTCTGACATCAGGGCTTTAAGAAATGTTCATTTAAAAAAATGTGATTAAATGAAATGCACCTTTAATGCGGACTATTAATGCTTCCATTAGTGGTGCTTTAATGAACTTTCTCAGAGACTTTATGCAAGCTTTCATATTTTTTTAGTACACGAAGAGTTAAAGTATAATTTGAAATAGCAAGTGAAAAATATGTTTTAAAGTTCTGTATTTTGATATATCTGTAGTGTTTTTATTCAGTGATGTGTTAGACTTTGGACATTTTTAAAAGACATTTTCCTCAAGCATTCCCTGTAACGATTCAGGTAAGGAAGAGGTTCAAAAAGTGAGCTATGCCACTGGTGCTGTTTCAGAGGACAGGTCCACAAATTAACTTGTTCCTTGGGATTAAGGTGGTGTCTAGAGGAGTATTTATGAATAACATGGTATATTGAGACTTCTGTGCTGTTGTGTGGAACTCCGGTAAAAATTAAAACTGGTAAGTCATTAATGTTTTGTGCTATTCTTTGTATGTGAAATGTACTTCTATTCCATCTATGTTGATGCTGAGTCTGTAACAACAACAGTGCTATTGGAGGCCTCAGTATTCTATTTCCCCGCTTTTGCATAGGCAAGATTCAGCCTCACAGCGGCTTACCCGAAACAGTGCTTAAATGTATTTAGCTGCAAGAGGCAGCTGCTTGGAAATACAGATAAAGCCAGTGATCTCGCAATGTACAGCTGCGTTTCTCCGTGACAGCTGGAGTTTCTGTTATGATTTTAAAAACGGAACGAAACAAAACAAAAACCAACAGTGGTTTTATCCTGCTGTGACTTTAACCTTTCTGATACTTACCCTGCTTGTAATACGCTGCCAGCTGACTCATTGCTTTACAGCACATTCTGTTAAGAACTTGCTGATAGTGACTTTTCTTTGTATGGATTTTGTTATGGTATAGCAAGGTAAAGCAAGACAATGTTTCCCACTAAGTTTAAATCAGATATGCTACACTTAATAACTCTTCTGCAATTTAAGTTATTGTGGCAAGGATACTAATCATTGGAACTGGCTTCTGCTTTAGTTTTTTCACCAATTCTTGTCTAATGCAAACTGTTCTTAGGAGAAGCTTATACTGTATTGTCTCCACTTCATTGATTTTCTTTTGTACACTCTTTGGATAGCACACCTTTCAACATTTTAAACATAAATCACCATACACCCAAAGGGATTATTTTTCTTTATGAAGTGTAACGTTGTGTTGTATACTGTTACAGTGCACATTGTCTTGTTTATCTGTTTGTTTGCTTTCAGAGTTGTTGTTGAAAGCCTGTTGTGTTGCAAAGATTTATTTTCTCCTGAGATAAATTAACTGTAGTTTAGTAGTGGAATTGCTAGCTGGATATATACACTTGTGCTACTGTTAGTATTTATAATGCTATAGCTTGGTTACAGAAAGTCATCTTCTAATTGACTCTTCTTTGATCCAACCAACAAAAAGAGTTGGATCCAACCAACAAAAAGAGTTGGAATTTCACTAAATCTCCCTTTTTAATTGACTGCTCTTAGTGAACTAAAAGAAGACTGCAATTTTTAGTGAAGTTCAAAACTTATTGATTAGAGTTGATAGGATTTTCATAGAAAACAGCCTAAGGACAGTAAATGCAGTAATATTTTGAATAATGCACCTTTTTACATTAGCATATGTAAAGTATTACCACATGCAGTGTGGGATTGGGTGCCGTATTGCATATCAGCTTCTTAGAGTGATCTAAAATGTGTCTGAGTCAATAGAAAAAGCTTTATAATCTCTGAATGTTTTTTATTAAGTAATGCAGTTCTGCAGAGTTGCATTGTGTGTTTTTTGCATTGTGTGTTTTGGGAACATTGGCAGTATCTGAAACTGCTGAGCAGGTTGCCTTTTCAACATGAAAAGATGCATAAAACTAAGGTTGTTATCATTAGATGCAATGTGTTTTTCTGCCTGTTAGACTTGGTCAGCTGATTCTCCGTGGTAGTTTCCATGCCTGTTGTTCAAGAGCAGTCTTCCAAACTACTTCCCATCTTTTTTTACCCCTTAAGTTACCCAATGTAAGCAGCATTTTACGTAGTCATCACAGAGTGTCTCACAGAGTGATCAGGATGCTCTGCCTTACTGGTTTCTAATGGAGCAAGCAGAACAACTGAGTCACCGTGTTAGTCTTGAGCCTGACAGGTGATTGCCTTGGATAATAAACAGAGAATAAATTACTGACAATGTAAGAAATGTGTTGTGCACAGTAGTATTTTAGCTTCCAATTGCAGTTAATGTTGTATTTGTTAAGTAAGATATAGTGGATGTACCTACCATTCAGATGCATTATTTTACTGTAAAACCAAATTTTATTGCAAATGTTTTCTGAATATATTATGTAGTATGTAATATCAAAGCTTCTAGCTTACCCTGCCCAACCTCCCACCTACTGATTTGTTACCCCCCTCACTGTGCTGCCTTTGAAGCTTTGATTATAAAGTTGTTAGAGCAGAATTGCAGCCTAATGTTTGTGTAGCATGGGCTGGAGAAAGTGCTTAATAGGTAGAATTTTATTCTTGTGGAATGTACGCCTCACCTCTGATTTCTGCTTGGTACTTTTCATCATTTCTTAGCTAAATCGCACGACTAATTAATTTGAAATGAAAGTAAGGATATTCGTTCTGTCTACAGTAGGGATACTTGAAGTTTAATTGGTGAACTGAGCATTAGTAAGCGTGATTTCTTTGGTGTAGAATTACTCAAATGATCTTTTTAAAAACATTAAGAAAAAAACAACAATCTTCAAATATTGTTTCAGTTAAAACATCTATTTGCTCACATAATTGGAAGTTCTTATGAATTACTGCATTTTGGTGGGGTCTTTTTGGTGTGGGTTTTTTGTTCTTTTAACATTTTTCAAAATTGTACTTGACAAATACAGAAGATCGTTTGATTTCCAATCTTTATTGTCACTTTATTACTTTTTAGAAATAGCTTCCTTAATAAAATCATCTTAGATTAATGGTGCTGTGGTCCTATCCCTGGACTGCTAAGTTCTTGATTCCATAGCCTGCTTTTGTAAGTGCTGGCTTGGCAATTAATGTCTGTGGTTGTGCACACTGCTCGTAAGTTAATGCAGTTATTTATATATAAAGGCCTTCACTTAGGAAAAACAAACAAACATATTTTTGTAAGTTTTATCATGTGTTCTTTCTCAGGTATAGTGAACACAGGAGAAGTCTTGGTTAATTAGTAGCTAATGAACAGTGCTTGTCTTACAGCCTTCATTTGTAATAATAATTGGTTATATGAAGGTATACACTGAACAACATGTAGACTTGCTATGTGATAGCATTTTCTATAATTAGTACTACTAAACATGAGAGAGACATTTCTGTAAAATGTAGACACTGCCAAATATAGTATAGCCAAGCAGCACTGTAACTTATACCGAAGTTTCATATTAGTTTGTGGATATCAGTTCCATAGAAAACTGATTTTGCTTCC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Seq C2 exon
GCCTAAGGATTGTCTTCGTTCCATTATGAAGAGAGTGAACCATAAGGATCCCCATGTTGCTATGCAGGCTTTAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008654:ENSGALT00000014097:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079014=VHS=PU(18.3=95.7)
A:
NA
C2:
PF0079014=VHS=FE(20.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]