MmuINT0153592 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026718 | Stam
Description
signal transducing adaptor molecule (SH3 domain and ITAM motif) 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1329014]
Coordinates
chr2:14024028-14037519:+
Coord C1 exon
chr2:14024028-14024112
Coord A exon
chr2:14024113-14037443
Coord C2 exon
chr2:14037444-14037519
Length
13331 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
TTAAATTTCTCATTTTTTAGACC
3' ss Score
9
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAAAGCAACTAGTGAGTTGAATACTGCTGAGGACTGGGGCCTCATCTTGGATATTTGTGATAAGGTTGGCCAATCTCGCACAGG
Seq A exon
GTGAGTGTTCAGAGATTCAAGAGTTTTGTTCATCCTCCTTATAATTAAGAAAAATTAGCAAAGTAAAGCTGTTACAGTTCTAAATTAGTTTAGTTTAGAAAGAGAATGTTTATACTAGAAAGATTTGAAGAATTGTCCTGTTTAGATTACCCTCTCTTGTGGTTTGAATGTGAAATAACCCTCTTAGGTGCCAGTTGGTGGTGCTGTTTGGGGCTGTTGTTGAACCTATTGGAGGAATGGATCACTGGGAATGTCCCTTGAGGGATTGTCTCTGGCCCTGGGTCCTGTCCCCTCTGCTTCCTGAGTTCCTGATACAGTGTAATCAGCTGCCTGGAGTTCCTATCACTGTTTTCCACACCATAAGAACAGTATCCCTTCTTGAACTGTAGCCAGAATAAGTCCTTAGGCTGCTTCTAGTCCAAACCTGTCTCAGTCCTGAGAAAAACAACTACGATGGCCTTAACGTGGCCTTGAGGGTGACAGGACTCTTAGAAAGTGGGAGCTTGATTACTCTCTTTTTGCATTGTTTTCTTTTTGAAATCCATTGTTTTCCACTCACATCAGTCACTAATTTAAGTTACCAACTTCCATCGCTTTGTTTGAATTTTTTCACATCTTTCAAATAATTAATGATGATAAAAAGATAAGCAAAGTAGAATCCTAGGCTTTCCAAACAGTTCGGAGTGGATTAACTGATGTGGATATTAATGATTTCTTCAGCTTCCGGTCTAAGAACATTCAGCTAAGAGCAGTCTCATTTGCATGGTTTGACACACAAATGTCTTATTTAGGAATCGTTCATAAGCACTGTCAGGTTTGTCCTTCATTCTTCCAGTGGTAATCCTACAGTCCTAGCCATTACTCAGTTCTGCCATGAAGTCTTCACAGTCTCTTTCAAAATGTCCATGTACCAAGATTTCCATAATCCATAAGCCTGGCTAGACAGGACGTTTAGGGCCAGGGCCAGGGCCTTTACTCCAGAGCTTTTAGCCTCTGGTTTGCTGCTTTTATTTGGTTCCACAAGATTCTCTGAAATATGTCCTCTGTTGATTCACTTAAACTTTTTTAAAATTTAAATTTAATTTTAGTCGAGTGTGTCTGTGGGTGTGTACACATGTGTACATGGGTACATGCGTGCCACAACTCACACATGGACTTCAGAAGACACCTTTGAGTAGTCAGTTCTCTCCATTCACCTTTACATGCTCCAGGGATTGAACTCAGTTCCTCAGGCTTGTATGGCAATACTATGTATGTATGTATACCCATGGAAACATCTCCTGGGCTCACTACCACTTTGATTTTTTAACTTTGTATTAAGACTGTGTTCTCTGGTCTAGCTCATGAATTTAACTGAAATTTGAGTAACTACTGTGTATCAGTTAGACATTCCTCTCACTTTTCATTTTACCCACTTTATTTGGGACATTTCTCATTGTGATGAATGTTTAGCTTTAATTGTTACCTTGGCACAATGTAGACTCACCTGAGAAGAGATGTTCAAAGAGGATTGTTCACATTGGTTTGCCTGTGGGCATTCTATGGAGATTATCTTAATTAACATGGGAAGAGTCAGGCAGGGTGAGGATGGAGGGTGGGTGGTCCTGAACTATTTTAAGGAGCAGTTGAGCTGAACAACAAGCAGACAGCCCACTGTGCATGCATTCTCTGTTTACCTTTGATGTCCCTCTTTCTGATAATGGACAAATAAACCTTTCCCTTCAAGGTGCTTCTGGGTAGGCGGGTATTTCTGCTTGCAGTAGAAATGCAAGTAGAGCATGTGTGTTGTCTGCAGTGGTAAATTAACCTGTTTTCTCTTTTGTCTAAATCTGTCTCTTTTTGTGTCTAAGTCATTTGCCATACAAAATGTTCACCTCACTCTTGACTTTATGTTTATTTCTTTCCACATGACGTTGATTTCAGTGCAGTTAATTGCTGGGGTTCCAGTGAATGTTGGTGGTTTTAACAGGGTTAAAACCTATTGATTGGTTTCTTTATTCCTTAAATGTAGAATATTTTATTCTCTCATTTCCCACCCCATTGACATTTCTTGCCAGACTCAGTTTACCCATCAGTTTTCTCAAAACTTTTTTTTTTAAATCCTCTTCATTGACAATATTATAATGGTCTTTTGGGTCCTCAAATTACTGTCAAAAATATCCTATGGGTGAGGATATAGCTTAGTGGTAGACTGTGGGCTTGACCTATAGGAGTCCCTGCTTTTAACCCCAGCTCAAAACAAAGAGGAAAAAAAAACCAACCAAAAATACGTTCTTATTTCCGTATTTTAGTAATTTATGTAGTGAATCTACGTAGTACATTTGTTTTGTGTTGTTTTTTGGAGACAGTTTCTCTGCATAGCCCTAGCAGTCCTGGATCTCAGTATAGACCAGGGTGACCTTGAACTCACAGAGATCTACCTGCTTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGTACCATCACCACCCATCTTAGTTAGTTTGTTGTAGGCTAAATGGTGGTTGTTGTTGTTGATGATGTTGTTTTAATTAAACTGTGAAGAGGAAAGAAACATAGCTAAGTGCTTGGAAGCATGGACTCTTGAGGGATGCCAGGTTCAGATTCTGGCTGTGTGGGTGCTTTGACACGTTGAGCTTACTGGGATTTCTGTACTTCTTTAGTCTTCCACAAAGGAATAAAACCCCCTCCTTTTCATAGTTGTTAGGACATTGGGATTTGTTAATTTGTAATGTTTTTAACAGTATTTGGTTCTTGGTTAATTGTACTTTTTTTTTTTGAGTTGATCCTTTTATTTTGTTTTAATTAGGTATTTTCATCATTTACATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACCCTCCCCCCTAATCCCCTACCCACCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCAGATAAAGTTTGCAAGTCCAAAGAGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCTGACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGACACGAGTTCTGGGCTACTGGTTATTAAAGTCATATTTTGTGACACTGAGGACTGAGTACCAACCAAGATTGGTGTATTTAAAAGTACGCCATTATCTAGTATCATGGTTAGAAAGTCTGTCCTTTTTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTGACTTTGGTGGGTTCCTTGTTTTTGTTTTCCTATAGGAACCTTTTATAATAATTTGGTCAAATGCCTAAGATCACAAGCATACATTGCCTTTCACTATTAGAAAATTCGCTATTTTTCTAGTTAAAAGTCAACTTGAATTTTGTGTGGTGTATAATTATGTGGAAGTTACTTTTTTGTTTTTTTCCAGTATGTTAATATTGTACCAGCCATATTCATTAGACAGTTTTTGTTATATATTTGAAATTTACTCATTTTAGCTAGCAGAGTGCTTTTGTCTGTATTGTGTTTTATTCAGTACCAATTGGTTTAGGTACATGCTCATTTAAAAAGAAAAACAATCCACAAGCTTTTTCAAAGGGTATCGTTAACATTTGAGTTGCTATTTGGACATTTGAATTGGTTATACTAAATCTAGGAATTTACTTAGGATATCATTGTATTTTGGTGAGGGGTGGCTCTCTTATTCACTTGATCTTGTTCATTTGTATTTTCTACTTTTCTTTCCCTTCTTTCCTTTCATCCTTTTTTCCTCCCAGAAGAGGTATTGGTCTCTAGTTCTTCTAAACTAGTTCTCAACCTTCCTAGTGCTGCGACCCTTAGTATGGTTGTTATGTTGTGGTGACCCCCAACTCTAAAATTACTTTCATTTCTATTTCATAACTGTAATTTTGTTGCTGTTATAAATTGTAAATATCTGATAGACAACCCCCAAATAGGTTCAACCCCACAAGTTGAAACCATTGTAAACCATTATTTTCGAAGTATTTATTTGCTTATATACATGAGACATCTTGTTAGAGCCCTTGTTAATGGTTTTGAAATCTAAATAATACTAGAGATACTGTTTCAGTATTATTGAGATTTAAAAACCATGAGTAAGACTGTTTTGGGAGCCAGCGTTGGTGGCTCCTATGAGTAATCCCAGTATTCAGAAGGCAGAAGCAGGAAGAATGATGGCATTCAAAGCCAGACTACATTACATAGAGAGTTCTGGGTCTGCCTGGGTTGCACAGTAATAAATGAATGAGTGAATTTGTGAATGTGTGTGTGTGTATATGTTTTGTGTTTATGTGTATACATGTGTTTCTGCTTTGTTACAGTACTGTAATATTCTAATTACAGAAATTGGTAAGCATAAGATCTACTTCCCTAGCCCTAAGCCAATTTTGCTTTTATGGGATAGTTTTCCCATTTAAAAATATATAAATAAATATAATATTTTATCATTGAATTGTTATAAAGAAATTTATGTATGTTAAACCGTTTTAGAGTTTTTGTGTGAGCCAGATACATAACCAAAGGATTAACATTATATGAACAGTTTATAGGATACCAGATCAAGTCTGTAATAGAAAATTATTAAGCTTCTTTTTTCAATAAAAGTTTTACTTGAGTGTGTGTTTGTTTCTCATGTGAAGTGTATACCTGCTCACATGCAGAAGCCAGAGGAGGATGTCCCATGTCCTGCTCTATTGTGGTCATGTCTTATTCTGTTGCCACAGTGTCTTGCGTAGCAGGGACTCTTACCTGCTGAGCTGCCTCTCTATTCCATTAAGTTTCTTTTTAGGAAAGTAATAAACTGGGATACAGAATGGCCTTCTACTCTTCATCTTCCTCCCTCAGCCTGCCTCAAGTGCTGGGATTGTTAAGTATATACCAGAATACCTGCCTACAAAAGGAAAATTGAAAAATCTTTACTTCTGTCCCTGTCTCTTATGCCCACCTCATGTAGGTAAAATGCAATTTCCTCTACATTTTTTTCATTGTGTTTTTACACAGATAGGAATGTCTGTTCTTCATTCATGTACTGTAGCATAGTGGACACTGTTCTGCAAGTGTACTCTGT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Seq C2 exon
ACCTAAAGATTGTCTTCGTTCCATTATGAGAAGAGTGAACCATAAAGACCCCCATGTTGCTATGCAAGCCTTAACT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026718-Stam:NM_011484:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.023 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079014=VHS=FE(20.7=100),PF136461=HEAT_2=FE(25.2=100)
A:
NA
C2:
PF0079014=VHS=FE(18.5=100),PF136461=HEAT_2=FE(22.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: