HsaINT0160249 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000136738 | STAM
Description
signal transducing adaptor molecule (SH3 domain and ITAM motif) 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:11357]
Coordinates
chr10:17702463-17726749:+
Coord C1 exon
chr10:17702463-17702547
Coord A exon
chr10:17702548-17726673
Coord C2 exon
chr10:17726674-17726749
Length
24126 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGT
5' ss Score
10.24
3' ss Seq
TACTTTTCTCATTTTTTTAGACC
3' ss Score
9.24
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAAAGCAACCAGCGAGATGAATACTGCTGAGGACTGGGGCCTCATTTTGGATATCTGTGATAAAGTTGGTCAGTCTCGCACTGG
Seq A exon
GTAAGTATTTAGCGTTTCAAAGGATTTTTATTCTTTCTTTTTAAAAAACACGAAAGGCCAGGTGCAGTGGCTTGCACCTGTAGGCCCAGCCCCTCGGTAGGATGAGGTGGGAGGATCGCTTGAGCCCAGGAGTTAGAGGCTGCAGTGTGTGATGATTACACCCATGAACAGCCAATGTACACGAGTCAGGGCAACATAGTGAGACCCCGTCTCTTAAAAAAGAAGGATCAGGAGGTAAAGTATATTAGCATTAAATTTAGTTTAAAAAGAGAATATTTTTATTAAAAAGATTTGAAGAATCATCTCATTTAGTTTATATACCTTTTAACCAGTTAGGGTAACATGGCTGGTAAAAAGTTGATGCTTTAATCACCCTCCTTCATATTTTCTTCTGGAATCTCATTTTTTCCACTGATTTTAGAGTTATTAGTGATTTCTCAGTTACCAAGTTTCATGGTTATTTATGAGTTCTTTTCTCCTTTGTCAGATTTGCAACATTCCACCTAATGAATCAGTTAGGTGGAATTGAAAAGAAATTTTTTCTTTCTGTTGAAAGATTAGGGGAATAGAATCTTAAACTTTTTGGCATGTATTACAGAGCTTTCCAAACAGTACAGTAATTGGATTAATTGGTGTGGATATGGGTGATTTCTTCAGCTCCTGGGCTAACAGCATTAGCCTTTAGCAGTTTCATTTACTGCTTTATGCCACACAAATGGTATTGTCTTATTTGTGCACTTTCATGTGAAAAAGATTAGGAAGCACTGCTGCATTACACTTGATATTTGCAGTGGTAATATGAAGCCTTTGCCAGTGTCTTCTTTGCCTCTTCTTCCTTCACCCCTAAATATAGATGTTCCTGAAACTTTCCCTGATTCATTTTTTATTTCTAAGATTTTTTCTTTTGGTCTCACAACTTCCAGCTGTCTTTATGTAGATGGCATCTGTATTTGCAGCTCTTCTTACTCAAGCACTAGTCTTATGGACACTGCATTATTTCTGGATATCGTTCTATATAAGCCTTCATCTCACCATCTAGAAACCAGAACTCCTGTCTCTTTTTGTTTTAAACCTACTTTCTTTCAGTTTTTCCATTTCTATTAATGACAAGATGATTCTTTCATTGCACTAAAACTTGAGTCACCTTCACATTTATTACTCAATTCTGTCCATCTGCCTTCATAATCTCTCAAAATGTTGACGTTTTAAAGTCTCCTTAATCAAGTTTTTGAGCATAGCCAAATGGTGCAGAGGCAGTTTTCTTCAGGGGCTGTATACCCTCCACTCTAGCTTTTTTTGGCCCATAATGTCCTCCCACTATGACGTTCCCAAAGAATCTCCCAAATGTGGTCCCATCCATCCCTTTGTTGTATTTACATTTTAGTATATTCTGACCTGGTTCATTAATTTAATTGAAAATTTTTAACTACTGTGTGTTACATATCGCGTTCCCTTTTCTCCATTTTTATTTGTCCTACTTTACTTTGGACGTTCCTTACCTTGCCTAGGCTAGCGAATTAACCCACTGGCATTTTTTTTCTGTTTCCATCTCTTTTCTAATTCTTATATCCAGTTGCCGTATAACAGCTGTGTTCATGTTACTCCCCTACCTTCCATACTGAGTTCAGTTTAAGCTCCTTAGTCTTCTGAATCATGCATTTTCATTTTTTTCCCTCCTGTATAACATTCATTTCAGCTCAACTATCTGAGTTCCAGTGCTTTTTTTCTACCTTAGTTTGATGCTTTTGGTCCTTTTGTTTCTTGAGGATGGAATGTTTTCCTCTTTAATTTCCCATCTCTGTGTCTCATATCCTTTCAGACCCAATGTAGATACCACTTCTTCCACAAAGCCTTTCCTTATCCCCTTTACTGACAATGGTATGATCCTCTGAATCCTCAAAGCACTCTATCAAAACTATTCTTATTTGTGTTTTTTCCTGCATTTTAGTAACTTATATCTAATGAACTGAAGTTTCTTAGATATAAACCTAGTAGATTTGTAGAATGAATGGTCCATGAACTTCTGTTGCACATGGGAAAGAAGCAAATAGCTTAGTGGTGGAGATCATGTACTCTAGAGGGAGAATGCCTGGGTTCAAATCTTGGCTCTAGCCATTTAGCTATGTCATACTGGGTAAGTAACTTATCTTTCTGGGCCTTACTTTTCCAGTTTACCACCTAAGAATAATAATAGTATCATCTTCATAGGGGAGTTGTTGTGACTTTGAGATTAGCTTTATCAAGTGTTTATAACAGTACCTGGCACATGGCTGAATGAGTGCAACTCTGCCTGCTTTTGATTGAAGTCATATTTTGTGACAGTTTCTGTTGAAGACTGGGCACCAAGCTAGACCACTTCATGTGCATTTTGGAGATAAAAGTTTTATCTAGCATTGCAGCTGCAAAGCCCCTCCTCTCTCTCTTCACTTTGTTGGTTTCCTTTTTATCTTTACTTCGGTGTTTTTCATTTTGTAGACGCTTTCTGTAATAATTGGGTCAATTGCTTGAAGTTGTTTGTCAAAAGGCAAACCCCCTTTTACAACTATAAATATTCCATGTTTTTCCAGTTAAAAAATCAATTTGTAATGCATCTGAAATTCTGTATGTTGTAGCACAAAGCTGTAGAGATCAATTTGTTTTTCTTAATGTTAACGTTATTCTCCCAGAAATGTTTATTATTATTTTCCCTATTTTATTTCCTTTCATATTTGAAATTTACTAATTTATAGCTTTAAAAATATTTTTTGTCTTTTTGTTTTTATCCAGTATCAATAGGTTTAGACACATGCTCATTTTTTTTAGTTTTTCATATTTATTTTTAAACTACATACTTTCTCTCAGTATATTCCTTAATATTTGAATTGTCAGTTGGGGATTTTAATTGACATTATACTAAGTCTATGAGTTTACTTAGGAAATATTTTCAACTTCAGTGAATTCGATAATGAAGGTGGATCTGTTTGTTCTTTTAGTCAGTGTTTTTTCCTTTTCTTCTTCCTTCCCTCCTTTTTCTTCTTTTTTCTTCCCACTTACTCACTTAGTTTTGACTCCTTTAATAGTTATTGCTCTCTGGTTCTTTTAAATCCCCATTAAGTTAATCTTCAAGCATTTATTGTGTGCATAAATGGGATATCTTGTTATACCTCTTGTTAATAAAGAGTTGTTTGAAAAGGATTAAACAATAATTGAGATACCATTCTAATATTATTGAGGTTTTAAAAAAATGTCAGGCCTTCAATAATTGCTCATGTATGTATTTTCTTTCAATAATACTGTTTAACATACATCTCCAGTTGTGTTTTTTCTTTCTTGTTCTCCCTTGATAATCTCATATTAGGAAATGGTAAACATAAGGGTCATATTAGGACATTCCTGGGCCCTAGGCACTTTTGTCTTCTTGGGCTCCTCTTTCTATTAAAAAAATTAAAAATATTTTATGACTACATTGTTTTAAGGAAAAATATATTAGTATTATATATTAAAACATTTTCTTTGAAGCAAAAGTTCACTTTTTTCTTCTTGTTTTAAAAGAAATAAAACATTTACGTGTACTTCCAAAATTATTGTGAGTCCTAGGCCCTGTGCCTACATGCATAAGCGTTTACAGAATTGGGTTACATATTCACAGATCAACTTAGTAATAGAAAATTTTAGGTTTCTTTCAGGTGAGCACTAAACTGTGGGATACTTATGGTGGCATTCCTAATATGTTATTTGTTTTTATTTTTGTGGTAAATTATATATACAATAAAATTAACTATTTTAAAGTGTTCACTTTAGTAGGATTAAGTATACTCACATGCCCGCTGTCTGTCTCCAGAACTTATCCATCATCCCAAACTGAAACCCTGTGCCCATTAAACAATAACTCATCCCCCTTTCCTCCAGCTCCTCTTAAACATTTGTAGTTTGCCTTTAATATTTTAAATTATTTTATAATTAGTATATATGGACAACTTATAGAAATCTGGTTTATGTTTTGGAGGAAACTGTGATTGGATATGGGTTGCTGATGGTCGCATAAGAATGTTGAACAGTATTGTAGGCTGCCATTGAGGTATTCTAAATACCTGATGTGCTTTAGAGAAGACTATAACATGTAAGTGGGTTGAGAGGGAAAAGAGGACATGAGTTTTCCAAAGACAAATTCAGGTAGAGTCTTTTGAAGTAGAGGAATGTTGTAGATTGGAATGCAGTTCAGAAGTGATTTGTGTTTCAGGCAACAATCTAGATTTAGAAAAAAAATTATTATTGCTATTTGGTGTTAGCCTGAAATTTTGTAAAGTGCGGCGATCTTTTTAAGAGGACAGATTCAGAGATGGTGGAAGGACTTTAGGAGGAGCATTTCACTTTCAGTAATATTGTATTTTTTAAATCAAAATGATTTGTAACTAGTAATATATAGTAGAATCATTTAGAGGATAAATAAAATGAAATAATTCATATTATTTTAACCTTTTTTTCTCTTTTGGCTTCTTTTTTTAAAGTCATCTGTCTTAGAATTATGGTAGTTTGAAAAATATTCTTAGGTTTTAAAGGGGGAGAAAAGAGCTATTATTGTGAAGTTTCATTTAGTCAGAACTGTGACCAGGAAACATGGCTCTCAGTGGTGTTGTGAAAAATTTTTCTTAATTCCTTCTCTTAAAAAGGAAAAAACCAGACAAACCCATTTTCTGTTCTTTAAACTCACATATACATATGCATATGCATATATATTTATGTTTGTTGATTATATAAAGTATTTATTTCTTTTAAAAATAAGTATGTATTCACATGGCTCAAATGTTAAAACAATTTAAAAAGATGGACATTGACAAGTCTAATTCCTATCCCTGTTTCGCTGCTCTCATCTTCTATAAGTTACCACTTACGTAAATTTTGTATCTTTCCATTCTTTTACACAAATGTGAATACATTTTCCCCCCATTTACATGTAATAAGAATGTTGTATATATTCTTCTGCATTTATTACTTAATTACTTATCGTTACTTATTGACTA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Protein Impact
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NA
C2:
PF0079014=VHS=FE(18.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)