RnoINT0144527 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000060817 | Stam
Description
signal transducing adaptor molecule [Source:RGD Symbol;Acc:1564499]
Coordinates
chr17:81222906-81233759:+
Coord C1 exon
chr17:81222906-81222990
Coord A exon
chr17:81222991-81233683
Coord C2 exon
chr17:81233684-81233759
Length
10693 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
TAAACTTGTCGTTTTTTAGAGCC
3' ss Score
-9.94
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAAAGCAACCAGTGAGTTGAATACTGCTGAGGACTGGGGCCTCATCTTGGATATTTGTGATAAGGTTGGCCAATCTCGCACAGG
Seq A exon
GTGAGTGTTCAAGATTCATCCTCCTTATAATTAAGAAAAATTAGAAAAGTAAAGTATGTTACAGTTCTAAATTAGTTTAAAAAGAGGGTGTTTTACTATAAAGGTTTGAAGAATTGTCCTGTTTAGAGTACCCTCTCTTGTGGTTTGACTGTGAAACAATCCTCTCACACCCTGTGTTTGAACCCTTAGCCTCCAGTTGGTGCTGTTTGGGACTGCTGTAGAACCTCTTGGAGGTGGAGCCCTGTTGGAGGAATGGGTTACTGGGAATGTTTCTGGAGGGATTGATTATCTCTGGCCCTACACCCTGTCCCTCTGCTTCCTGAGTTCAGATACAGTGTAATCAGCTGCTTCCTGTTCCTCTCACTGCATCTTCCAGACCATAAGAATGGTAGCCAGGATAAGCCCTTAAGCTGCTTCTAGTCAGAATGTGTCTCGGTCCTGAGAGAAACAGTTACTATAACCTGTGGCCTTGAGGGTGGCAGGGCTGTTGGGAAGCTGGAGCTTTACTACTCACTTGTCACGTGATTTTCTTTTTGAAATCCATCTTTTCACTCATGCCAGATCACTGTTATTTCTTGGTTACCGACTTTCTTTGTTATATTTGAATTCTTCACATCGTCAACTGATTAATGTCGATTAAAGGATAATCTTTCCAAACACTTCAGAGTGGATTAACTGATGTGTATATAAATGATTTCTTCAGCTTCTGGTCCAACACCATTCAGCGCAGAGCAGTATCATTTGCATGTCTGACACACAGACCGCATTGTCTTACTCACATGGGAGTCCTTCAGAAGGCCTGTCCGGTTTGCGCTTCATCCTTCCAGTGGTCATCGTATAGTCCTAGCCTTTGCTTGGTTCTGCCATGCAGTCCTTATAGTCTCTTTCAAGGATTCCATAACCTATAAGCCTGGCTAGACAGGAAGTTTATAGCCAGGGTCAGTCTATACCTTTACTCCAGAGCTTTCTTTCAGCCTCTGGTCTGTTGTTTTTATTTGGTCCCCAAGATTGTCTGAAATATGTCCTCTGTCTAATCACTTAAAATTTTTTAAATTTAAACTGAATTTTAGTCGTGTGTGTCTGTGCGTGTATGTGTGTACACGTGTACATGGGTACATGCGTATCACAACTTATACATGGACTTGAGAAGACAACTTTGAGGAGTCAGTTCTCTCCATTCCCCTTTCTTTACATGGGTACCAGGGATTGAACTCAGTTCCTCAGTCTCGCATGGCAACATTTTACCCATGGAAACATCTGGGCTCTCTGCTACTTCGATTTTTTTTATCTTTGTATTAAGACTGTGTTCTCTGGTCTAGCTCATTAATTTAACTGAAATTTGAATAACTGCTGTGTGTCAGTTGGACATTTCTTCTTCAGTTTTCATTTGGCCCACTTTATTTGGAACATTCCTCATTGTGATGAATGTTAGCTTTAATTGCCAGCTTATCACAGTGTGTGCTCACCTGAGGAGGGAGGTTCAGTGGAGGGCGGTCTACATTGGTCGGCCACGTGTGCGCTCTGGAGATTGTCTTCACTAACCAGGGAAGAGTCAGAGCACGCAGCATGAGGATGACGGGTGTGGCCTAAACTGTTTTAAAGAGAGCATGTATAAATTAATATTTCTCTGTTCACCTTCCGTTTCTGTCCTGATGTCTGTCTTTTTGATGATGGACTGTGACCTAGACTTGTAAACTAAAAAACCTTTTCCCTCTAAGTTGCTGGGGGGTGGGGTGGGGTTGGAGGTTACTTTGTTATAGCTGTAGAAGTGCAAGTAGAGTGTATGTGTTGTATGCAATGGTACATTAGCCTGTTTTCTCTTTTGTATCTAAATCTTGTACACTTTCATTATCAGAAATTTTCTTATTTTCTAGTTAAAAATCAACTTGAAATTTTGTGTGGTGTGTAATTATGGGGAAGTTACTTTTTTTGTTGTTGTTTTTCAGTATATTAATATTGACCAGCCATATTCATGAGACATTTTTTTCCTATATATTTGAAATTTACTCATTTTAGCTATGAGTGCTTTTGTCTGCATTGTGTTTTATTCAGTACCAGTTGGTTGAAGTACATGCTCATTTAAAAAGAAAAAAAATCAACCTGTACGCTTTTTCAAAGGGCATCATTAACATTTGAGTTGCTGTTTGGAGATTTGAATTGGTTATACTAAAATCGAGGTATTTACTTAGGAAGCAGTTCTGCCTTGATGAGGGATGGCTCTCTTATTCACTTGATCTTATTCCTTTGTATTTTCTGTTTTCCTCTCCCTTCTTTCCTTTCATCCCTTTTTCCTCCTTTTTTTCTCCTTGAAGAGTTAGTGGTCTGTAGTTCTTCTAAACCAGTAGTTCTCAACCTTCCTAATGCTATGACCCTTTACTATGGTTCTTTATGTTGTGATGACCTCCAAACCTAAAATTATTTTTCCTTGCTATTTCATAACTGTAATTTTGCTGCTGTTATGAATTGTAAATATCTGATATACAACCCCCAAATAAGTCCAACCCCACCAGTTGAGAACCATTATAAACCATTGTTTTCCAAGCATTTATTTGCTTGTATACATGAGACATCTTGTTAGAGCCCTTATTAATGGTTTGGAAATCTAAATAATATTGGAGGTACTGGTCCAGTATTATTGAGGTCTAAAAATAATGCCATGTGTTTCTCTACCTGGCTAAAGTAAGACTGTTTTGGGAGCCAGAGTTGGTGGCTCCTATGAGTAAGTAATTCCAGTAGTCAGAAGGCAGAGACAGGAAGAATGGTGGCATTCAAAGCCAGACCACATAACATAGAGAGATCTTTCTGGGTCTGCCTCACTTACACAATGATAAATGAATGAGTGGATTTGTGAATGTGCATATATAATGTTTTGTATTTATGTATATACATGTGTTTCTGCTTTATTACAGTCCCTTCATAGTCTAATTGCAGGAATTGGTCAACATATGGTCCCATGCTGACTTCCCTAGCCCTAAGGCAATTTTACTTTTATGGGATACTTTCCCCATTTAATTTAATATATATGCATTATTTTATCTATTGAATTGTTATAAAGAAATCTAAGTATATTAAACCATTTTAGAGCTTAACATTTTTGTGTGACTCTAGAATTGTAAGCCAGATACATGCACAAAGGATTAACATTATAGGAACAGTTTATACGATACCAGATCAAGTCTGTAATAGAAAATTAAACTTTTTTCAGTGAAAGTTTTATTTGTGTGTATGTTTGTGTCTTGTGTGAGATGAGTACCTGCTCACATGCAGAAGCCAGAGTAGAACGTCACATGTTCTGCTCTGTCGTGGTCATGTCTTATTCTGTTGCCACAGTGTCTTGCATAGCTGGGGATCTTACTGATGAACTGTTTCTCTATCCCATCAAGTTTCCTTTTAGGAAAATAATAAAGTGGGATACAGAATGACCTACTCTTCATCCTCCTGCCTCAGCCTCAAGTGCTGGGATTGTTAAGTGTATACCATAATACCTGCTTACAAAAGGAAAACAAATCTTTCCTCCTATCCCTGTCTCTTAGGCCCACCTCATGTAGGTAAAACACATTCTCCTCTACAGTTTTTCATTGTGTTTTTACACAAATATAAATATCTGTTCTTCATTCATATACTATACACATTTCGTATACACTGTTCTGTAATGTACACTGTGCTTAGTTCTCTAACACAGCCAGTCATTCATAGAGATGTATTTTTTTTAAGATGTCTATTAGTATTGGACTAATAAAAACATTCTAATTTAATATCAATTTTAATTATGAGTATAACATTTGACAAAGTTTACACACTAATGAATAGAAGTTAATAACCTTAAATAACTGTATCAATCTTGATACATTTGTGTACCCCCCCATATGTCTAGGTAGCCTATGTGATTTTTTTGATAAAGATAAAGCAATTTGATTATATTAAACTTAAAACTTGATGTTTTGAAAAATACTTAGGAATTTTCATTGCTCACATGATTCTCTAGCTGCAGTGCCAGTGTATGAGTCAGTAGTGAAGGATGCCAGCTAGGTCATGTGATGAACTGGACAGCCTCTGTTAGAAACCAAGAGAAGTTTCAGAGTAGTTTCTTTTGTGTGTTAGATTTATTAGTTGTTCATTTAATTAGTTGTTAATTTAACCATCTGTAGTCACTATATTGTTTCATCTTTTATATTGAGGTCCTTGGTCTGGTTTGATATTTATTAAGCACCCTGAGGACTTACTCCAACTTTTTTTGTAGTCAGCATCAATAGTGCTGATAGCCAGTGACCCGTTACCAGACACCACAGTACCATATACTAAATAGTCTTATTTTACTTCCTTCTGATTTGAAATACTACATTATACTTCATTATAGTACATTGCGATCTGGGTTTGGATACTTTTGAATTTTCTCTTTAGTCTCATTGATACTATGTCTACTATGTGTGTATTACTTGTGGATTTAATTAATAAAGCTTTGTAATATGTTTTAATAGTTGGTAAGACTAGTCTTTCTCATTGCTTTCTTTTCATAACTTTTTAAATTGATTAAAATGTAATTACATCATTTTCACCCTTCCCATTTCTTCTTCCAACCCTTTGCATGTTCCTGCCTTGCTCCTTTCCAAACAGACCAAAGTCATGGTCTCTTTCCCTCTCATTATTGTTGCTATACACACGCATGCACGCATGCACGCATGCACAGCCTGCTTACTTTGTTAACATTGCCTGTATGCATATGATCTCAGAGCCAAGCACTTGTAGTTGGATAACCAGTTAAGGGGCTCTTTCCTGGAAAAAGCTAATTCTCTCCCTCTCTCAGGAATTGCCTAGTTGCCTGTAGTATTTTTGAACTAGGAGTTGGGTCATGTGAAGTTTCCTCCTTCCATGTAAGCATGTCGGTTGGTGCTTTCATTGTTTGGGTTTTGTTTAGGTAATCATAGTATTAAGATGTGTGTATAAGGAACTGCCTTTTCTAAGAGACACAGCCTCATAGCAGACTTCCTGGTCCTCTGATT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Seq C2 exon
GCCTAAAGATTGTCTTCGTTCTATTATGAGAAGAGTGAACCATAAAGACCCCCATGTTGCTATGCAGGCTTTAACT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000060817:ENSRNOT00000077368:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.034 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079014=VHS=FE(20.7=100)
A:
NA
C2:
PF0079014=VHS=FE(18.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]