GgaINT0100038 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000013753 | DOK6
Description
docking protein 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28301]
Coordinates
chr2:93781052-93801338:-
Coord C1 exon
chr2:93801200-93801338
Coord A exon
chr2:93781170-93801199
Coord C2 exon
chr2:93781052-93781169
Length
20030 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGA
5' ss Score
7.62
3' ss Seq
ATGTTTGCTTTATTTTTTAGCTC
3' ss Score
10.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGTGTGACACAGGAGAAGGGCTGTTCACCTTTCAGACACGAGAAGGAGAAATGATATATCAGAAAGTCCATTCTGCAACGCTGGCAATAGCAGAACAGCATGAAAGATTAATGATGGAGATGGAGCAGAAGGCACGG
Seq A exon
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TCTTCCCCTTATGTTTGCTTTATTTTTTAG
Seq C2 exon
CTCCAGACCAGTCTGTCTGAACCAATGACATTATCCAAGTCGATCTCACTTCCTCGTAGTGCATACTGGCATCATATCACCCGGCAGAACAGCGTTGGAGAAATCTACAGTTTACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000013753:ENSGALT00000022344:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.011 A=NA C2=0.013
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0217412=IRS=PD(32.7=68.1)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]