GgaINT0100225 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006652 | DIP2C
Description
NA
Coordinates
chr2:9959605-9965777:-
Coord C1 exon
chr2:9965568-9965777
Coord A exon
chr2:9959737-9965567
Coord C2 exon
chr2:9959605-9959736
Length
5831 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTTAGT
5' ss Score
5.5
3' ss Seq
TTTTAACTTGTTTTTCACAGAAA
3' ss Score
8.45
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACTTCTTCTGGATCAGAAGATGAAGGCTCTGTGCAGGGTGACTCCCAGGGAACTCCTACCTCGAGTCAGGGGAGTATCAACATGGAACATTGGATCAGTCAAGCAATCCATGGCTCTACCACGTCAACCACTTCCTCCTCCTCAACACAAAGTGGAGGCAGTGGAGCTGCACACAGACTAGCTGATGTTATGGCTCAAACACATATAG
Seq A exon
GTTAGTATACCAATGTTTTCAGTACCTTCAGTTTAATGTGAATTTTGTCCCTCACAGACAGCTGATGCTGCCATTTGAAGCCTTACAAAAGTCTTTCTTACCCTTTTTCTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTNNNNNNNNNNTGCTGTGATGGCGTGGTTTATTATTGGCTCCCAAATATCTTAAACCTTTATACCGTGAATTTTGTTAGTTAGCATTAAAGTAAGGACCTTTAACGCATGAAGCATTAGGGATTGCTTGCACACAAGATTCTCCTACATCTTCAATAGTTCAATTACACAGCTTGAGTGATTTTTGGTAATTCTCTGTTAAGACTAGAAGTTGTTGATGGAATCTAGAATACTTGGGCTGGAATATCTAACTATTATAACCCTTGAGAATGACTATTATATACCTTTAGAAAAGGGAACTGGTATTATTACTGATAGCTTGTTTATATCCTTTGGGAAGATCCTATGAAGTTAAGACTTTCTTTCCATTATGGGCCTGAAGTTCACAGACATTAACTGTTTCTGGATACTGAGCTATTGCCATTAGTCTTCATTTGAACAAGGTGGTATTAGATTAACCACATGGAAAGCAAGGCTTGTTCTACTTTCATTCTCCAGTAACTGCTGTTAATCGTGTGAAGCATCTGCTTTGGGTGCATTCTTGCTGTGGCTGTTTATTGGGCTCTCTCACTAAAAAGCTGGTGAACTCTGTATTGGAACAGATCAAGCAACCTGGGTACCATTCTGTTGCACATACTAAATGCATTTTTTCATTTGAATGTTCCTCAGCTGATCGTTCCTTTTTAAGTGTATTTAATGACATACACAAAAACACCCAAAATGTTCCTGATTTTATATGCTGGAACAGTAGTCCATATCCCCCCCCCCCCCTTTTTTTTTTTTGCTGTCAGTATAGCTTGATGTAACACCTGTATTTTCAGATGAGTAATCCTCTCACCATGATGTGGAATTGCTGAATTGCAGACAGAGGAAGAAATTGTATTGTATTCTTAAATTCATGCTAAATGAATAGCTTAGAACCTTGTTACAGAAATACATGCGCTCCTGGACACATTAATCATTGCATTTGGTTATTTTCTCTGACTTCATCTTAAAATGCTAGAGGAAATTATAGTGTACAGAATTACATTTATCCAAACTCTTAAAAGGTTACATTACTCACACACCAGGTCTTAATATGTCTTTAAATATAGCTTCTTTATAGTGTGACATTTCAGTAATTTTAAATCTAGCACAGTAAGTCTTCTCTCATAATCACTGAGTTTGCGGTAAATAATACAGCATTTTTAGAGCTAAATTAAGCTGTCGGTATTTTGTGAAGAGGCAAAATACTACTTTTACTTTCTTTTTCTTTTTTTGTTGACTGGAAACATCTCTCAATTGAAGGAAAGAGATGAACTTACCTCAGTGTATGTATACTTCTGACGATACGATACCTTAAATGGCGTCGCCAGTAGGACAGTAGCTGTGATGAATGAATGTAAAGGTCATTTGGATACAAAATATAACTGATATTTGCTAACAGCTTCAGACTGTGATCTTAAGGTTGCCATCAATCTTTGTTGCTAAGATCATTGGAAGAAGGAACAGAAGCTGCACAGATGATAACTGAGGTATATTCCCATGGCTTGATGTCTTTTTAGTCCAGGGAGTTGTTCTCCAGAGACAGATCAGCCTACACAAGAAAAAATGTCTGTAAATGTGTAAAGACATATAGACATGCTCAGAACATGCTAATTTTGATAAGTACAAATTTAAGGGACAGTAGGAAAGCCCTTCAGTGATAACCAAGGAAAGCCCTCCATTCTGATATCCATTAGGCTTTGTCCTCTGGAACGCATTGCAGAATGAAAAGAAGCTTTTTCTAGTGCAAGGGCTGTGATGCAGTCCTGAGAAGAGGTTTGATGCAAAGCTCTGACTATGGTGTAATCAAAGTTCATCTTTATGGATCATTTAGATAATTTGCATAAGCTATAATATGTGTTCTATATTATTGTTTGTTAATTTTTTATCTTCTGCTACTCTGTTGTGGCCAAAGGTCCAGTATAGGATGGATTCCCTTTAAGTATTTAACCTCACTTTTAAGATACTCAAGTGTCTGTACTAGATTAAAGGGAGAATCTCTAGTTTGGCATAGATTTCAAAATTGTGTTGGGTAACTCTTGAACTTAGAGTGTTTGCTGTAAAAAATATTTGCTCCTCATTATGTCTTTGAGTCAGTGCTTTATGTGTTTATCAGGTCTGTAAAATTTCCTTTTCTTGAATTTTTTGAACCTAATAAAAATCAAGGTCAGAAAACACATCCCAGAACTCAGAAAGTTCGTGTAGTGATAATCACACAGTGCTTACTTGTGATTATAAATGTATATAGATTGAAGTGTTGAATATCACACTTAAAACTTTTGATCTTTTTAGGCACTCTTAATGTTTTCTTTATACGTTTCTGTTTGAAAATCAAAGACCTCAATTCAAATTAAAGGCTATATAAGTTTCTGTTAAAACCAATGTAAAAACATGTGCCATAAGGCATGAAAGATAGATCTTTGAAAACCTTAAGATCCTTATGTAATCTGAGGAGGAGTATTAACTTATGATACAAAAGACTAGTTTATAATAGCCTCTGTCACCTGGATGTTATTAATACAGGCAAAAGTCAGCTGATGTATGGTACAGTACGACAGTACAAGTACAGCATTGTAGGAGTGTTCTTTGAATTCCTGGAGACTCCAAATACGTAGTGCTTTCTGTGCTTCCAAAGTTCCAGTGGAACGTATTCCTCTACCTCTCCGCTTCTCCTTGATCATGGGACTCTGTCAACATACACCCTTTCCCTACATGACTGTGCTCTGAATTATTGCTTCTTTCTCATTTTCTTGAAATGGGTTAGATTGCATGACTCCAGTGGCAGAAATGAAGAGTCTTAACTGAAAACAGCTGTTAAGTCTGTGATCTTCTACTGCAAGAATATTGGAGTAGATTGGGAGAGGAGACACAAGAATGTGTGTGCTTGATGGAGAGAATTCTTTGAAGTCATGCAGCTGTCACGATTTCTTCTTTTTCATCAACAGAAATATCAGGATGATTATTCTTAACTAAACCTCAAACATTACTTCTAGTTACCTGACATAAGACCAAGCATTTTTATCCAGATTGTGTCCATAATCTAAGCCCGCATTGACTGTTCTACACAAGAAGAATACATTTCACATAAAGTAATAATTAACATTTTCTTTAGAAGCCATTCAAGCCAAATTTTGTCTCTGTGATTTTCATTGCTCCGAGCCTGACTCTGAGAGGGGAACTGACTGAAGATTTGTAACTCTAATGGATGAAGCCTACAGCTGTAGATATTGCCATGATAAGACATCTGTTTAGCAGATCCTACACAGAAAGAGGGCAAAACAAGCCTTACTGTTCCTCTTCTATAAGATAAGGATTCTTCTTAATAGAAATGTAGATAGCAGATGTACAGGCTGTGCTAAAACCCCATTCTTTGGCCCGCCAGTGGTGACCATGTAGGGAATAGAACTGAAAGTGCCAGTGGTGCTTCTTCAAAAGTAAGCCTTTTTACAAAAGAACGGGACTCTTCTTTCTCATTTTATTTCACCCTGCCAGTGCCACTTGTTGTTACATAGAAATATTTGATTTCATTTGTATAGATCTGAAGGGAAAGCATCTCTGCTCTGTGTTGCTATAGGTCGCGTGTCTTCTCTCCTATGCATTAAAGAAACCTTATCAACGTTAAAACCTGGAAGGAGATACTTTAACTCAAATCCAATATTCCTTGTAAACTCTCAAAGATGGAAATGTTTTGCAGGAAAGATGTAAACAATTATAGCTAATAAAAAATAGTTTCTCATGTTTCTAATAGCTGACTAAGTACAATTCTTTTCTTAGTCATGTTCCTCTCTCCATTTTTCATGGCAAAACTGCATTATAAGTAGAAGATAAAAAGATAAACATCAGCATTTTTTAATTGACTTATTTATTGGGTAATTCAATAGCGATCTATAAAACGCTGCCACTTAGCAAGAAAGGACAAAAATTGTGCTGAGTCTGAAACACTTGATAAATGACAAGACATCTGAAGTGAAGACATTATTCAAATAATTACCAGTATAAGCTTCTTGTTCCAAGCTATTATGCTTTACTTGGTCACTTACAACACAAAATAAAGTCGTTCTTTCAGTAAAATGCTAAGAGTGGATGTGATCAGAATCAAAGGGCTCAGATGGGCATGTGTGGGGTGCAAAATATTTTTGAGTGGCACAGTAAAACATCTCATATTTTCTTCAGCCACTTACAGCAGTGCCTGTGATATTCATGAATATAAATGTTACATAACAACTATAGATGTTAATATCATTTTAATTTTTCATGATGATTGTCAAATTTGAAATCGTATCGTTTTAATTTTTCACAATGATTGTCTGTCAAATTCTGCATCCAAATTTGACATATGCAAAATAGACATTAATATAGCATCTGTATACTGTATTTATAGCCACGAAGACTGTTTTTCTCTGCTGATGGTGCATGAATTTGTGATTGAATGCACAAGAATTACAATGACCCAAAGTTCAAGACCCGTGGAAATGCTTGATAGTTACATTTCAGATAAAACTTCTTTGTTATGGAAGGTGGTGTTACAGTAGATTTATGGCATCATAATGTTTACAGAAGATAGTTACTAAAAAATGCATTTTGAATGCAGTATTTGCACAAGATTGTATTTTTTTCCAGAATTTTGTATCTTAAAGACTCATTCCCTATTTTAAAATGGAGAACATTTCACTTTGTTGGCAGCAATTTGAAGACTTATCTTGTTTTGTATCTCGGGCTGCTGCGGATCATTTATGTCAATAAAGAGAAGTTGTTTGCTCATGGTATTTGTCTCCATCTACCCAATGCTGATAAAAACATGGAAAAAAATATTAGACA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Seq C2 exon
AAAATCATTCTGCCCCTCCAGATGTTACCACTTACACTTCAGAACACTCAATACAAGTAGAAAGGCCACAAGGATCAACGGCACGAGTGGCACCAAAGTATGGAAATGCTGAACTTATGGAAACCGGTGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006652:ENSGALT00000010760:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]