DreINT0057256 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062154 | dip2ca
Description
DIP2 disco-interacting protein 2 homolog Ca (Drosophila) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-031118-39]
Coordinates
chr24:27054638-27070523:+
Coord C1 exon
chr24:27054638-27054883
Coord A exon
chr24:27054884-27070388
Coord C2 exon
chr24:27070389-27070523
Length
15505 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACG
5' ss Score
10.52
3' ss Seq
CTCATCTTCCCAAACCCCAGAGA
3' ss Score
5.17
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTCTCCCCCCTTTCCTCTCTGCCACCCCTGACAGACACCTCGTCCGGCTCGGAGGAGGAGGGCGGCCAGGGTGAGGGAACCCCCACCTCCAGCCAGGGCAGCGTCAGCATGGAGCACTGGATCAGTCGGGCCATCCATCAGGGATCCACCACCTCCTCCTCCTCTTCATCCACACAGAGTGGGGGCAGCGGGGCCGCCGGACGCCTGGCTGACGTTCTGGCTCAAACGCACATGGGCAAATCAG
Seq A exon
GTAACGCCTTCTTCAGCAAGCCCCACCTCTCCATGCATACCACAGCCAATCACGCGCACACTTCCTGCCATGCTTCTTAATCCAGCCTCCTTTGCGATGTTTGTGTCGTCTGCAGCTTCCTTTGCCAATTAGCATATATGTGTGCTGTCTTTAAGTCACGCTGGCTGTCATTAATGTTATTTAGTGGTAACAGTCTGTACAATTCTGTTAGTAAAGAGGTTTTGCTATTAATTAAACTGTAATGTTAGAAGATTCATGGCTCAACAATAAGGATGGTTTGTAGTTTTGAGCCAGGTCATAGGAGTCACAGGGATAACACTTTTATATTTGTTGTTTCATGATAAGAAAATGACAACATTGGCTCATTCTCAACGTAGCCCTATATACATTTCTGGAGATCTCGAATTATGTAGCCAGAAGTACATATGGCTGCATTACGTCTTTAAAATGAACACAAGGGGGCGGTATGATGCCGTTCCTTTTCACGCTAGCAGCTGACTGTTTACCTCCATATGGACGGCTTTCATTTGACCACAACAATGGGGTTCAAGTCCAGGAAAGAACGATTCCAGAAAGCAGGTACGAAAAAAACAGAAGCCAAAAAATAAAATAAACAAGTAAATAATGGTGAGAATGTGGTAAAAACTGAAAACGTGGTAAAAATTAGGTGATGGCTTTTCTTTTTCTGGATTGCTTTTTAAAACTGTCGGTTGGGTTTAGGGAATCGAGTGAGCGCTGGTCAATCAGTGCTTTTGAAAACACTATTGGTTGGGTTTAAGGAGGATAAAGGTGGGTCAGCCAGTCAGTCAGTCAACAGTGGACTATAGTGGATTTACGTGAGAACAGTAGGCGCTATAACAATCGCAAGAGACATTTGAGATCTCAAAATGTGTGAACAGCGGCCTCTGGTGCATTTGTGAAAACAAAAACTGCAATAAACGGAGCTCCTGGATATTTGGCACTCTTTAGAAATGTATATAGCAATACATATTCAGAATGAGCCTGTGTTGGAAAATATTTGTAATCTCTGGTAATTTAGATATAGGATGTTTTAGAGTAGAATATTTTAAAGATATTTTCAAGATGATTGTTTTCTGAATTGTATCTGTTTCTCTCTATTAAGTATGTGTTATACAGTTATACATTTAATTGTAAATGCTAGCTTTTATTGTTAGGTAATTATACTACAATTGTCAAATATTTTTACATTTTATTTCTTTTAAGTTAAATTAGAATTTGTTATACAGTTATACATTTAAATGTTAATACTATCTTTTATTATTGGTCAATTATTGTAAAATATATATTTTTATTATAATTTTTTAATTATTTAAAATGAACCTAGAAATTTATAAAGTAGATGGCTGTAATATGGGCATAATATAAATATACAAATTTAATAATAAAATATAATAATAATAATAATAACAACAAAACATCATTATTGTTATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATAGTAACTAAAATGTTAAATTATTGATAATTAAATGATTTCTTACAGTTATTTTGATAGTGTATTTTAATTTAATTGTTTTTTTATTAAATTTTTATATTATACATTTTTTAAAATTTGTTTAGGGTAGTGAAATAACAGACAGTGCAAAATCTTCTGGCCTTACTTGACCAGCAGAAAGAAAAATCCTTATTGTCGAGCCCTGATGTGACAATTCAGGCAACCCAGAGCCAACCACAGTTCCTCTTTTTGTCTTTTTAAAGCAGTCCTGAGTACTGCACGCAGATGTTAAATTTATCTATCCAGCTTATTGTAGAAGTAAACCGAGAATGCAGCAGGAAGAGGAAAGAGTTTTACTGCCACTTTTTCCCCTCCCCATTTAGAGGCCAGAGAACGAAAGACAATTTCTAAAAAACCTCACGAAGCTTCTGTATCCAGAGGGCTTAAAGTTGTAGACTGTGGCTAAGTGATGAACTCTGGTGTTTTAATAGAGCTATGATGTTATGTCAGAGTGCCCTGTGGAGCAGTTTAATGTTCGAAGAAAGGAACTCATTTCTTTCACACTGTCCTGTTACCTCTCCTCATTTCATGTCTTTTATTTCCCCTCACGATCTGGTTCCCTCATCGTCCTACCTCAGTTTAGCTTTCCTGTATCAACTTTCCTTCCTGCTTCCTGTGTTTACAATCTCTTTCCTCTTTTTCTTCCACCTTCACCATTTTGTATCTTAAGGGCATTTTACACGGTGCACGATTGGCAACAACTTTAGCTTTTTGAACTTTTCAATATTCACAAAATGCGGCACAGGTTATTTGCTACTGCTTTAACCTCTTATCAACGTCAAAAAAAGAAACTCTGAATGAAGTGTTTACTGTAAATATTGGTAACATCTACTATAAATTCAGCTTTAAATGGGTAGTTCTCTCCAAAATTAACATTTTGTCGTAATTTACTTACTCTCCAAACACTGTTCTCCAAACAGTGTTCTCCAAACACTGTTTTACTGTTCAGCACAAAGATTTTTTTTTTAGAGAATGTAACCTTCTTTAGAAGTCAATGGGTGCTGTTAAATTTTGAGTGCTAACATTCTTCAAAATATCTTTTGCTTTCACCAAAACAAAGGGTCCCACTTTATATTAAATGGCCTTAACTAATATGTACTTACACAAGAACTAATAGTTTGTTACAATGTACTTATTGTGTAAATACATGTCTTTATTGTGTACTTTTGCTTGATTAAATACCTTTATGTAATTACATCTGTAATTAACTTTTGTAATTACATTTGTAAATACACTGTTGACCATCCCTTACACCTTAACCCACCCTTAAACCTACCCATACCACCAAACCTGTCCATAACCCAACCTATATCCCAAATCAAAAGCACCACAAGTGTTCTCAAATACATTATAAACACAGTAAGTACATTGTATTTATTTTTTGATGTAAGTACATAGTAGTTAAGGTAGGTAAAGATTTTTTAGGAGACTTAAAAATGTACTGCTTCAGCTATGATTGAAACTATTTTACATATATTGAAATAACTCTTTTTTAAAATATTGTGTCAAACAGAAACAAATATTGTGTCTGAAATCTATTCCACTCAAAATTAACTTATGATTTCTTGAACTCTTCAAAAACGAATTGAATACACTTTCAGATATTCAGGAAAGGGCACTTATGGTCATATCTTATAAATACATGATCACACTCTATTTTAAGGTAAAATTTCTGTTATTAACAAACTATTAACTAAGAGCTAAACTAAACCATTTGTTAAAAATTAATTAACCGCTTATTAATAGTCATTTAGGTAGTAGTTGGGTTTAGGTATTTGTTAGGATTAGAGATGTAGAATAAGATCATTCTTTAAACCCCGGTCAGATCATACAAATGTGTCATGATTTTGGCTTGATTTCCTTGATGTAGAGTGTTTCAGGGTATCATAAATGACAAATGGGGTCGTGAGTTCTCTAATCTTTCTGACTGAGTTTGTTCTTCCGAGGTAATCTGGGAATACTTTCAGTGCTGCGAATGCTTTGTAAAGGCTCTCCTAATCATTCGAATTAGACTACTTGATAAAACAAATAAAATTGTAAACTGTGAATATTTCACTTTAATTTTATATAGGCTATATTATACATTTATTTAACAAACCGTGTTTGTATTTATAGCGAACTTGTTTTAAAGCCCTTCACCTCAAATGTTATTAGTTCTTCTTGTTTATCTAGTAGATAACTGACCAACAAAGTACATTAAAATTGAAATACAAATTATTCAAAGCAAAATTTGTTTCAAAAAGATAAGAAAAATAAATAAAGTGTGCATTTTTGTTTGAGCTCGTCCACTACGTAACTGCGCTGTGGATGATTTGTTTTGCTTCGTGGAAAATGAGGATTTAATTAATGCTCTACTGTAATTGTTGTATCACAAACCTCTGTCATATATTAGCAAATTCTTAATAAAAGTCACTATTTTAAAGATTGTGTCGAGGATCTGATTTTTCCTCGATGTTGATGTGCTTTCATTTTCTTTGTCTCACTCGCAGTGTATTTAACAGCCTAAATAATCCTCTCAGGCAAATTTACATTTAAAATACATGAAATACAAAGGCTGGTTATTTTACCGCTGATGAGGGACAATAGGCTATTACAGATATCAAAAAAAAAAAATCTTATTATTAAAAAGGAAACAAGTTTGACAACAACAAATCCCATCAGTGTTATAATGAATGCCCTTAAATAATGTAGCTAGTTGACAGCAAGCATAAGTGTTTATTGAGATTGAAATAAGATTCAAAAGATTTTGATTAAAAAATATTGTCAAAAATAGCAAGCCCGATGTAGACGTCATGTGATGACTGATCATGAAGCAGCATGTGCTCTGGCACATTTGTTACCCACGACAAGTCAAGATTTTATAAAGACAGAATCGCATAATCTGACATAGTGACTTGCAGAATTGACAATAAAAATCATGGGATCTGGCTGGTGCTTTAGAAGTACTAATAATATCTCAATAATAACCCAATATCTTAATAATATGCATGCTATAGGCCAGTAGATATTAGTGGGAATTTATATTTTAAATTAAAGCGCTCAAAAAAACTTGCATTGTTAAAGCAACAATTATATTAACAGCCAATAAATTTTGCACACTCCAAATCCACATCAAAGCACAATAGCATGTGGTTTATTATAAGCCACATATACTGTAGGCTCAAGCAATAACTTTTTGCTGTAGTTGTTTTTTTGTTATAGCGGTCATCCTTGGTGTACTTAAATCTGCTTTAGCTGGCTTTTAGACCATCTAAATTGACTATCTACCAACCAATGTAGGCAGTTTGTGTTCAGCAGGACACGAAATACCAAAATAAAATGCCATTTATTTTTCCATAAAATAGGCTGACCATAAATAGAAATAAATATGATTGGTGGGCAGACATTTGCTGTGTCTGAAACGCCTCACTCTTTTACTCAG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Seq C2 exon
AGAATCACTCAGCCCCTCCGGATGTCACCACCTACACCTCCGAACATCCCGTTCAGGTGGAGAGGCCACAGGTGTCCACCGTACCCCGGACAACACCCAAATATGGCAACGCCGAACTCATGGAGACCGGAGACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062154:ENSDART00000137212:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]