MmuINT0049639 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000048264 | Dip2c
Description
DIP2 disco-interacting protein 2 homolog C (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1920179]
Coordinates
chr13:9535902-9549564:+
Coord C1 exon
chr13:9535902-9536111
Coord A exon
chr13:9536112-9549429
Coord C2 exon
chr13:9549430-9549564
Length
13318 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
TCTCCTCCTCTTCTTTACAGAAA
3' ss Score
11.22
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACCTCTTCCGGTTCAGAAGATGAAGGCTCAGTACAGGGTGATTCCCAGGGAACCCCCACTTCTAGCCAGGGCAGCATCAACATGGAGCATTGGATCAGCCAGGCCATCCATGGCTCTACCACATCAACAACCTCCTCCTCCTCCACGCAGAGTGGGGGCAGTGGGGCAGCACACCGGCTGGCAGATGTCATGGCCCAGACACACATAG
Seq A exon
GTGAGTGAGATGCACGCAGCTAGGTGGATGGGTGCTTTTGCCTTAGTCTCGTGTGCTTTTGTTGTTACCTGAGTTAGCACTGAGTGTTGGTTTGTTCTCTCAGAATGCTCTGGTTATCAATTCTGATAGATACCAGGAAAAAACCCTTCAGATTTTGGGTTGCTGCACTGGACTTCATTTTTGAAACTTTTGCTTATGGCTATTTAATACATCAATCTCTTGTAGCAAGAATTCTGCCAGCTTTGTGTTGGTGTTAGAATGTATCTTGTTCATTAGGAAAGATTGCAGCCACATCTAATTACATGTTTGTGTTTTATGCTAAATAAACTAGTCAATGAAATTTTGTAGTGTTGGTAAACACAACAGATTATAAAGTATACTTTCTGTTAGTTGGGGAGGGGTCATTTGAGAAACTTGAAGGACTTAATTTTTGCCAAAGGCATTCCAATTATTTAGATACTTGAAACTATTCTGTATGTAGACTCTAGAATGAGGAAGGTAGGTAGATTAGGAAAAGTACAAGATGGTGGCTCAGCAGAGGTAAGAGTGCATAGTCCTCTTGCAGAGGGCCTAGGTTTTGTTGCTAGCACAAACACTCGACTGCTCACATCTGCCTGCAACTTCAACGCCAGGCGATCCAGCAGCCTCTCTGGCCTCCTCAGTCAGCCAGACTCACATGATTCTCTCCTCAGATTCACATACATAATGAAAAATAAAGCTCTAAAACCCAAATGTCAGAAACACGACTGTGGGGCATCTAGAAACAGTTTAGAAATGGAGGCAAGTACTAATTAGAGGAAATGTGTGTTAGATAGTAATTGTGGATAATTTCATATTTCATATGAAATATGTGAGTGATGTTATCATTTTCTCCCATGTTCTTGTTACTGCACCCCAGTTACCTTTCAACAAGGAGCAGGAAATGGAGTGACTGAGTTAAACATGCCGCAGTCAGCACCAATATTCAGAATGTGGATTTTAACTACCTGATAGACAGGCAAAGTAATTTCAAACTGACATTTTAAGCTTCACCTCAGTTGAACTCAGTGAACAAAGTTAAAAGCATTGACCTTTCTTATATCCAAAATGAGTCTGCTGGTCTGTTGCCCGAAGAGCAGCATCCACTTTGAGTTTCCCCATTAACAACCTCTGGGTTCTTGAAGTCACTTATCAGTGAAGGGGAAAAAATGGGAACCATAATTTCTTGCCTTTGTACCTCTTAGAACTGTTGCAAATAAAAAGGAGAAAATAGTAACATTCTGAGCAAGTTTTTAAAGCAATTCTTCTTTTCAAAGTTATATACTTCAATTTAACACATTTTGAAGAAAATTATCAGTTAATGTTACTAATAACTTCCATTTGAAATATCATAAAATTAAACATTGTGTATATTTTAGACAACACAATTTATTCTTGCTTACTGGAGCTTAGGATGGCTGCTAATGCTGTCAGCTGTCCATGGTACCTAAGCAGAGACCTTACCTACCAATTCTGCCACATGAAAGTATTTATATTTTCTGAGTTTGTTCTTTTAAGAAGATTCTCAGAATCTTACTAAGAAGAGATCCTCCAAGTTCATGGCTCTTATTCTACCTGGCTACATGATAGAAAGACCATAATGTATCTTATCTAAGCAATTTACCTTGTGAAAATCTCTCACCATTGAACTGTTTAAACATCTTAATCCACAGAAAACAATGGAAGAGAACAGACCTAGATGTTCTACTTCTGCCCTGACAGTGAGGACTAAACTGGGATACAGTAAAAATCTTAGTATTCTTGAACATATTAATCACTGCCTTTGGCTTTCCCTTTGTGAGTTTACACTTGGAATACTTGAGGAAATTATAGCATGCAGAATTAAATTTGTCTAAACTATAAAAGGTTGCATTACTCATACACACCAAGGCTCAGTGTGTCCTAAATATAACTTCTGAGTTTGTGACATTTCAGTAATTTCTCATTTGGCACAAGGGTAAGTTCCTAGAATATCTGGGACTTAATCTATAGGGATTCCCATTTTTAAAGCAATAGCAAGATAATAAAACTATGAAAATTTGAATACTTGATTTCAGAAACAAAGGCAGAAAAAAAATCAAAGTTGGCAACACTTGGCCTTCTGTTGAGATCATCAAAAGCTTTAGAAAAAATAGCAAACTAGAGTGTGTGCCTTCGTGTATATGTATGCACGCTTGACAAAGCTCAAGGCAAAATAAACTATCAAATTACATATGATCCCACTGGGAAAGTTGCTTCATGTGGAGCCAGAAAAGACTTCTTTTGCACACAGGTGAGAAAAGCCAAGAGATAGCCAAGCCATGCAGTCTCTTCCAAAATGGGCATTCTTCTGTTCCCTGGTTCAAGCAAAATCTCAAATCCTGTATTTTTTTCTGCAAATGTTTTTGAGCACATGTCTAAGACATCCTCCATGTATTTTGTTAAGCCAGGCTGGCTTACTATAGGATAAAAAAATTATGTTCTGAGCTCTTATTTTACTTTTTCCTGTGGTGCTTGCCGTGTATATGGAAAAATATGCTTGTTACTCTACAGCTGATGATCCTAACAGCAAAGCCTCAAACCTGACAGCGCTAAGTTCTGAGACTGTGTAGAATGCTAGTGTAAAGGAGCAGACTGGTGTCCTCGTCTCCTGCATTACTGACAGAGCAATCCACTGTCTGACTTCTGCCCTTCTCTCCATCACCATAACCAGGATAACTAGTTTTCTGGGCATGAAACCTAGGGTCCTGTGAATACCAGCCAAGCTCTGTACCACTGAGGCACACCCCAACTCAGAATGACTCTGGCTCATTCATTGTAGTTATGAAAGTATTAAGTATTATAAGGCTGAGCATTTTAGCTCAGTGTTTGCTTCTTGTGGCTTATTCCATCCTGAACACTGCAAAATCAAAAAAAATTAAAAACTCTAAAGAATCTTAGAAATGAAGGGGTTAATGCTTTGTAAAATTTTACAGAATGAAAAGGTGAGAAATGTAACTTAGACTAGCCAGTATATTTACTTAGATGAGCTTAAACTCTGTAATATGTATTTGAAAGTGTTGAGTAAAATATAGGACTTAGATAACTTAAGTAGAGAAATTGAACACACTGTATTCGTGTAGTTGTAGAGTAAGCACTAAGAACAAAGCAGAACAGATAGCATTATGCTGTACATTCAAAAGCAGGCTGTTTACATGCATTTTTCTTGATTTTAAGCCTTTGTAATCTTTTGATAATGCTTTCATCTGACAACAATGTCTTAGAGTATGTTGAGAGTATATTAACCCAATCTTTATAAAAGTAATTGCTTTTCCCAAAATGTTTTAGAATTCAGTTGACATGAATTTTGCTTTCGATATACACTGTTTGCATTACTGAATTCTCATAAAAATTCTTGTGTTCTACCAAAAAGATAACGAGATGAGCTGGGAAGGTATCTCAGTTGGTAAGTGCTTGTCATGCAGGCATCAGAACTCGAGTTAGGCTCTCCACCAGCCATGTAATAGAGCTGGGTCTGTAGCCCGTCTGTAATGCTTGTCCTTGTGAGTCAGAGAGATTCCCAGATCTCACTGACCAGCCAGTGTGGAAAACTGCTGAGTTCCTGGTTCAGTGAGTGACCTTGTATTAGTGTGTGTACTGGATTTATTTGAATGGCTTGCAGGGTGTCGTTCAACTAGTCCAACAGTGGCTATCTGCCAAGTTGAAAGTTAAGGAATCCAGTAGCTCAGGCTGGGAGGCTAGCTATCTCAGGTGGCATTTGCATGTCAGACGCTGGAAGAAGTAGACTCTGATGCTTGTGAAGAGAACTTGCCAAAGAGGTCAAAGGAACCAGGTCAGGAGCAAAGCCTTTTTCTTCTGTGTCCTTTATATAGGGTACCACCAGAAGGTCTTGGCCAGATTAAAGGTGGATCTTCCCACCTCAGAAGATCTGAATTACAGGTGTGTCTTCCCATTTCAAATGATCTAATGAAGGACAATCTTCACAGGTGCACCAGTCAGCTGGGTTTTAGTTAATTACAGATGTTGTCAATTTGACAACCAAGAACAGATATCACAGACCCTGTCTCAAAAAATAAGGAGGGAAGACACTCATGTGTCAACTTGTGTCTGCCACTCAGGTGCCTACCCACATAAGTGCACACCAGTATGTATGGATATAAACACAAATACACAGCAAAAATTAATTTGTAAAAATCTCTTGATCATCTACCACAGAGATGCATTATTTGTTCTCTAATGAGCAAGAGCCTGGCAGTTGGATGTTTTGATTGTGGAGTTGGCTTTATTAGGAAACTTATTCAGAGAGTTTGAATAGCCACCATTAAAAATTACCCTTACTTATCTGAAATTATCATAAGTATTTATACTTTACAAACATTCATAGCTTTGAAATAGCACTGAAATTGTGATGTTACTACAGCCTGGCTTCTAAGGGCTGAGATTCCCCTATTGTCCCAACTCCTCTCAACAGTTAGAACATTATAATTTTAGAGCAGCTCAGCAAATTTTAACTGTGCAGGGACAGAGAATAAATAGTTTAGGCTCTGTGTGCATGCACCACTGCAGGTGTTGAGCATGGTGCCTCCATCACTAAAGAAACTGCATAAACAAAGGCACATCTGTGTGCTGATATTTCTAAAATCAGTGCCAGGCACAACCACTTTGCAAGTTTGTCAATCCAGATTTTAGAATTTCAATCAGTTTTACTCCAAAAGCAAAGTACTAAAAAGCATGAGTCTTATATAAGATAATGCAAGGCTGAGTAGAGATTGTCAGTGGTGACCTACATTATGTGTCCAGTTCTCTAATTTACTATCAAGATGTTTAAAACATGGATTGGACCTGTCACTTTATGCTAGAAATGATTTCATAATGTGATCCTTCAAAACACATTTTACACTGACCTATTAAATTCTAAATAATGCTTGTTTGCTCCAAAAGTATCCTTCATCTTCTGCACTTCCACTTTGGATGAAATTAGCATTCAATTTTGTAAGAAATTT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Seq C2 exon
AAAATCATTCTGCACCTCCTGATGTAACCACCTACACCTCAGAACACTCAATACAAGTGGAAAGGCCGCAGGGCTCCACCACATCCCGGACAGCACCAAAGTATGGCAATGCTGAGCTCATGGAGACTGGGGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000048264-Dip2c:NM_001081426:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: