RnoINT0047799 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000015288 | Dip2c
Description
disco-interacting protein 2 homolog C [Source:RGD Symbol;Acc:1560155]
Coordinates
chr17:63678884-63691341:+
Coord C1 exon
chr17:63678884-63679093
Coord A exon
chr17:63679094-63691206
Coord C2 exon
chr17:63691207-63691341
Length
12113 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
TCTCCTGTGCTTCTTTACAGAAA
3' ss Score
10.8
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACCTCTTCCGGTTCAGAAGATGAAGGCTCAGTGCAGGGTGATTCCCAGGGAACCCCCACTTCTAGCCAGGGCAGCATCAACATGGAGCATTGGATCAGTCAGGCCATCCATGGCTCTACCACATCAACAACCTCCTCCTCCTCCACTCAGAGTGGGGGCAGTGGGGCAGCACACCGGCTGGCAGATGTCATGGCCCAGACACACATAG
Seq A exon
GTGAGTGAGATGCATGTAGTCTGGAGGGATGGGTGACTTTGCCTTTGTCTAGTTTGATTTTGTCTTTATCTGGGTTAGCACTGAGTGTTGGTTTGTTTTCTCAGAATGCTCTGTTATCGATTCCAGTGGATACAAGGAAAAACCCTACAGATTCTTGGCTTGCTGCACTGGACTAAACATTTCTGAAACTCTTGCTTATGGTTATTCAATACCTCAGTCTCTTGTAGCAAGAATTCTGCCAGCTTTGTGTTGGTGTTAGAATGCATTTTGTTCATTAGGCAAGCTTGCAGCCATATCTACTTACATGTTTGTATTTTATGCTAAACAAACTAACGAACGAAATTTTGTAGTGTTGGTAAAGACAACAGATTATAAAGTATAGTTGATGTTACTTGGGGAGGAAATGTGTGTTAGATGAGTAATTGGTCATATGAAGTATGTGGGGGATGATACCATTTCCTCACATGTGTGTTACTTACTGTACCCCAGTCTAAGTTTTCACTCTCAGGGCAGAAGTAGGACATCTAGGTCTGTTCTCTTCCATTGTCTTCTGTGAATTAAGATGCTTAAACAATTCAATGGTGAGAGGTTTTTCCCAAGGTAAATTGCTTGGATAAGTTCATTATGATCTCTTTATCATGTTGCCAAGTAGAGGAAAAGCTAGGTACTTGGAGGCAGGTACATATCACACTGTCATTCAAACTTAGAGCATGAATTCCTGTAGAATTACCTTTCTACAGGAAGCAGGAAATTGAATGAATGAGTTAGACATGCCACAGTCAGCTCAGATACTCAGAATGTGGATCTTTAACTGCTTGATGGGCAGGCAAAGCAATTTCAGACTGACATTTCAAGCTTCACCTCAGTTGAACTCAGTGAACAAAGTTAAAAGCATTGACCTTTCTCATATCCAAAATGAGTTTGTTGGTCTGTTGCCTGAAGAGCAGCATCTGCTTTGAATTTCCCCATTAACAACCTCTGGGATCTTGAAGTCACTTATCAGTGAAGGGGAAAAAATGGGAACCATGGTTTCTTACACTCGTACCTCTTAGAACTGTTGCAAATAAAATGAAAAAAAAAAATAGTAACATTCCGAGCAAGTTTTTAAAGCAATTCTCCTTTTCAAAGTGATATTATTACTTCAATTTAACACATTTTGAAGAAAATTAATGTTAAATTTAATTAACATTAAATTTAATGTTACTTAATAACTTCCATTTGAAATATCAAGAAGTTAAACATTGTGTATAAATGTCATCATTAAATATTTTAGACAACACAATTTCTTCTTGCCCATTGGAGCTTAGGATGGCTGCTGAGGCTGTCAGCTGTCCACGGTACCTATTGGCGCTTAGGATGGCTGCTGAGGCTGTCAGCTGTCCACGGTACCTATTGGAGCTTAGGATGGCTGCTGAGGCTGTCAGCTGTCCACGGTACCTATTGGAGCTTAGGATGGCTGCTGAGGCTGTCAGCTGTCCACGGTACCTGAGCAGAGACCTTACCCACCAACTTGGCTGATGGAAGTATTTATATTCTCTGAGTTTGTTTTTTAAAGAAGTTTCTGAGACTCTTACTAAGAGGACCACATGTTTTTGAACAAATTAATCACTGTCTTTGGCTTTCCCTTTGTGAGTTTTCACTTGTAATACTTGAGGAAATTATAGCATGCAGAATTAAATTTATCCAAACTATAAAAGGTTGCATTACTCATATACACCAAGGCTCAGTGTATCCTAAATATAACTCCTGAGTTTGTGACATTTCAGTAATTTATCATTTGGCACAAGGATAAGTTCCTAGAATATCTGGGACTTAATCTATAGGAATTGCCATTTTTAAAGCAATGGCAAGATAATAAAATTATGGAAAAAAAAAAACCAAAACCAAAGTTGGCAGTACTTGACCTTTGCTAAGATCATCAAAAGCTTTAGAACAAGAAAATGGCAAAGTAGAGTGTGTGCCTCCATATATATATATACATATATATACATATATATACATATATATATGTATATATATATGCATGTTTGACAGAGCTCAAAGCAAAATAAATTACCAAATCACATTTGATCCCATTGGGCAAGTTGCTTCATATGGAGCCTGTAGAGACTTCTTTTGTACATAAGTGAGAAAAGCCAAGAGATAGCCATGCAGTCTTTCTCAAAATGGGCATTCTGTCCCAAGCAAAACCCCAAATCCTTGTATATTTTTTCTGCAAATTTTATTGAGCATATGTTAAGACATCTTCCATGTATTTTGATAAGCCAGACTGGCTTACTATAGGATAAAAATTTCTATCCTGAGCTCATTCTGACTTCTTCCTATGGGGCTTGCTGTGTGCCTGGCAAGATGTGCTTGTTCCTCTCCAGCTGACGACAGTGCTAAGTTCTGAGACTGTGTAGAATGTAAGCACAAAGAGTCAGACTGGTGTTCTTATTTCTTATGTTAGACAGAATAATCCATTGTCTGACTTGCTGGCCTTCTCTCCATCACCATAACCAGGATAACTTGTTTTCTGGGCATGAAACCTAAGGTTCTATAAATACTAGGCAAGTTCTATACCACTGAGGTACACCCCAACTCAGAATGATTCTGACTCATTCATTGTAAATATGAAATTATTAAGTATTATAAGGATGGTCATTATAGCTCAGTATCTGCCTCTTGTGGCTTATTCAATCCTAAATACCGCAAAATAAAAGAAAATTAAAGACTCTAAAGACTCTTAGTTAGAAATGTAAAATTTTACCAGAATGAAAAGTTGAGAAAAGTAACTTAGGCTAGCCAGTATATTTACCTAAATGAACTTAAACTCTGTTATGTGTATTCCAAAGTGTTAAGTAAAATACAGGACTTCAATAGCATAAGTAGGGAAATTGAACAACTGTATTAATATATAGAGGAGGAACTAAGAACAAGGCAGAACAGATAGCATTGTGTTGTACATTCAAAAGCAGACTGTATACATGCATTTTTCCTGATTTTTAAGCCTCTAATTTATTGATAATGCCTTCGTTTGACAACATCTCAGAGTATGCTGAGAGTATATTTTTATTAACCCAATCTTTATAAAAGTAATTGCTTTTCCCAAAATGTTTGAGAATCCAGTTAACACGAATGCTGCTTTTATTATGTACTGTTTGCATTACTGAATTCTCATAAAAATTCTTGTATTCTACTAAGAAGATAACAAGTTGAGCTGGGAAGACCTCTCAGTTGGTAAGCGCTTGCCAGGAAAGCATCAGGACCGGAGTTTGGCTCTCCACCAGCCACCTAATAGAGCTGAGTCTATAGCCCCCATCAGTAATGCTTGTCCTAGTGAGTCAGAGAGATTCCTGGAGCTCACTGACCAGCCTGTGTGGAAAACTGCTGAGTTCCTGGTTCAGTGAGTGACTCTGTATTAGTGTGTGCATTGGACTTATTAGAATGGTTTACAGGGTGTGGTTCAGCTAGTCCAACAATGTCTGTCTGCCAAGTTGAAAGTTAAGGAATCCAGTAGTTAGTCCAAGAGGGTAGTAGATAGCTCAGGTGGTGGTTATATGTCATAATCTGAAATAAGTAGGCTCTAATGCTAGTGAACTTGCCAGTGAGAGCAAAAGCAAAGCCTTTTTTCTTCCGCGTCCTTTATACAGGTACCAACAGAAGTTGTTGCCCAGATTAAAGGTGCATCTTCCCAACTCAAAAGATCTGGATTAAAGATGGGTCTTCCATTTCAAATGATATAATTAGGAAAATCTTCACAGGTGCACCAGTCAGCTGAGTTTTAGTTAATTCCAGATGTCAATTTGACAACCAAGAAGAGTCATCACAGTCCGTCTCTCAAAAGTAGTGTTAGATCAATGGAGGAAAGACACCCAGTGTCAACTTCTGTCCCCCACACATGTGCGTGCATACCCACATAAACACACACCTGGTATATATGGATGTAAACACAAATACACAACAAAGATTAATTTGTGAAATCTTTGATTATCTACCACAGATGCATTATTTGTTATATAATGAGCAAGAGTCTCAGCAGCTGGATGTTTTGATTTTAGAGTCGGCTTCATTAGGAAACTTATTCAGAGAGTTTGAATAGCCACCATTATAAATTACCCTTATTTATCTGTAATCATCATAAGTATTTATACTTTTCAAACATTCATAGCCTTGAAAATAGGACATACATACCAAAATTGGTGATGATGCCACAGCCTGGCTTCTAAGGGCTAATATCCCCCTAATGTCCCAGCCCCTCTCAACTGGAGGTAGCATTTCGGTTAGAACATTATAATTTTAGAGCAGCTCAGCAGATCTTTCCTATAAAGGGACAGAGAATAGATATTTTAGACTGTGCTAACTGCAGTGGTAACTGCAGCTGTTGAGCATGGTGCCTCCATCACAGAAGAGAAGCTACACAAACAAAGGCACATCTGTGTGCTAATATTTCTAAAACTAGTGCCAGGCACCACAGCCACTCAGTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATGATAATGCAAGGCAGAACAGTCAGTGGTGGCATGTGTTACATGTCCAGTCCTCTATTTTACTATGAAGATGCTTAAGACGTGGATTTGGACTTGTAACTTTCTGCTAGAAATGACTTCATAATGTGATCCTTCAAAACATATTTTACACTGACTTATTAAAATAGAAATCATGCTTATTAACTCCAAAAGTATGCTAAGCCTTCATCTTCTGCACATTCCACTCTGGAGGAAATTATTATTCAATTTTGTAACAATACCTCATTGGTACAAAAGGTAAAATTTCATCTAGACACTGAGTTCTAATTACCTATGTTTTTAAGTCTATGCTCATGAATATCCCATATTCTTTCTTGGAGCCTGACATAGGACAAAAGGCTAAGTGGAATCCCTAATCTAGCCTATGCCCAGGGATTCCTCTGTGTCAGTTCCTTGGTTGCAGGATGTCAATGGGTT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TGAGTACGAATGGCCCCTATAGGTTAGTATATTGAATACTTAGTCATTAGATAGTGGCACTGTTTGAAAGGATTAGGAGATGTGGCCTTGTTGGAGGAAATGTGTTACTGAGGGGTATGGTGGGTTTTGAGGATTTAAAAGCCCATGCTGGGCCCAGGTTCTCTCTCTGCCAGCAGATCAAGATGTAGTTCTGAACTACAGTTCTAGCATCCCACCTGCTGTGCCTGCTGCAGTGCTCCTGCTGTGGTAATAATGGACTAAGCTTGGAAATGTAAGCAAGCCTCCAATTAAATACTTTCTTTATAAGAGTTGCCTTGGTTGGGGCCTAAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTCCTGAGGTTCTGAGTTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCGACAGTGTACTCATACACATAAAATAAATACATCTTATCTTTAAAAAAAAAAAAAAAGAATTGCCTTGGTCCTAGTGTCTCTTCACAGCAATAGAAGAGTGACTAAGACAGCCACCTTCAGGAAGACTATATACTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGTAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAGCCCCAAGACTATATACTTCTAACGTGGAGTAGTATTAAGGAAGTGATCTAAAGTTTCCATGTAATACACATCAGTGAATCATAATTAGCATTCTGATAATGCATTATTGGAACTTACATGTGTCTAATTCATTGACCATCTCTTGTACATGGTCTTAATGCTCTAATAATTATAAAAACTGTTCTATTGCCATTTAACTATTGAGGAGTTAACTCTGAATCCTATGGGGGAAGTTTGCCCTGTTCCTTGGACATTTGTACTGGATAGTTCCATGACAACTTGAGACAAGCTAAAGTCATATGAGAGGAGGGAGCTGCAGTTAAGAAAATGCCTACATAAGATCAGGCTGTAGGCAAGCTTGTAGACCACTTACTTAATTAGTGAGTGTTGAGGGAGAGCACCATTTTGGGTGGTGCTGTCCCTGGGCTGCTGGTCCTGGGTTCTATAAGAGAGCAGACTGAGCAAACCGTGAATGGAAGTCAGTAAAGGAGCACTCTTCATGGTTTCTGCATCAGCTCTTGTCCCCAAATTTCTTTCTTGTTTGAGTGGCTGTCCTGAATCTCTTTGATAATGAACAATGCTGTAGAAGTGTAAGCCAGGTAATCCCCTCTTCCCCACGTTTGTTTGGTCATGGTATTTTATCACAACTCCAAATAAGATAGCCATGATGTGACACTTAGTACTCATTAGATTATAACCTTTTTTTGAGTAACTATTTAAGATTATTCAGTTTTTAATTAAAGTAGTTGACTATTTCTTGATGTCTCTCATCATTTATCAGAAATACCTTGAGAGTTTTGCATGTATTGATTTGTTCAATCTGTTGAATATCTAAGGGGATCGCCATTACTGCTTCAATTTGATAGGTAGGAAAACTGAGGCACAAGGTGATTACCTGTGTCTCAGGCTCTCCCGGAATCAACAGTGTTGCCCTTTAAGCCCTGGCTGTCAGGGTCAAAGCGTGAGTTGTTTGCTGCCTCTGTTGTCACACTAAGTGCCTTGCTCCGTCATGGTAGACAGTACTTGAGTGAAAATGCGACAGCGATTCATTGATCTTGCTCCTGTTATTAAATTAAGTCTGAATCTGTACCGTTTTCCACTAGAGACGGTACACATTATTTTAACTTAATCACGTACCTTTGTTTGGAAGTTTTGTGGTTGACTTTGCTTTAGGGTAATTTTTTTTGGATGAGATACGGTGTTTTCTTATATAGGGCTAGGCTCGCCCCAAAAATTGATCTTCATCTCATCCACTTCCAAGTGTATGGAGTGCAGGCTTGTGTCACCATATTGGGTCCAAGTGATTCTCTTGTATGGGTTTGTCATATTCTAGACATTTTTCAGGCCCTAATTAGTTGACCTTCAGAATAACAATGAAGCTCCTAAGAAAATTGTCTCCTGTGCTTCTTTACAG
Seq C2 exon
AAAATCATTCTGCACCTCCTGATGTAACCACATACACCTCAGAACACTCAATACAAGTGGAAAGGCCACAGGGCTCTACCACATCCCGGACAGCACCAAAGTATGGCAATGCTGAGCTCATGGAGACTGGGGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000015288:ENSRNOT00000020634:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]