GgaINT0101744 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011405 | SLC4A7
Description
NA
Coordinates
chr2:38463515-38470911:-
Coord C1 exon
chr2:38470723-38470911
Coord A exon
chr2:38463631-38470722
Coord C2 exon
chr2:38463515-38463630
Length
7092 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGA
5' ss Score
7.23
3' ss Seq
TCTTCTTTATTTGAATTTAGGGC
3' ss Score
8.37
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATGGTCTTGGACAACATGATTGCTTCTGGCCAACTGGATGAATCGATAAGGGAGAATGTGAGAGTGGCACTTCTAAAAAGGCACCATCATCAAAATGAGAAAAAATTCAGCAATCGGATTCCCTTGGTTCGGTCTTTCGCAGATATAGGCAAGAAACATTCTGACCCTCACTTGCTTGAACGAAATG
Seq A exon
GTGAGATAAGTTGTAGTGTCCAATTTGTTCTAACCTGTTACATAATGTTTTCACTGGGAGATGAAGGAAAATTCAGCTGATAATTGCAGATAAGTGTTTTCTTCTTGATAAGCAATGAACTAATAGTAACCGTGAATGCCATGCGTAGCTATGGATGATGTTTCTGTATATTTTTGTATTCACTCAAATGCTTCACTTCTGCCTGTATGTGTAGCATGTGTTATTATTTTGAAGTGTAGAAGTAGATGCACGTTGGCCCTAATGATTTTTAGGATACGCTTGAATAAAATGTATAATGTTTGAGGAATTTCATCATTGTGGCATAGTTTCATATGCTTGTCAGGTAGCTACTGCTTGCTTATTTAGCTCATGCAAGAGATTTTGCTTTGTGGTCATGTCGTGAGTTCAGTGATGCTGACAATTACTAGCTTTTAATTCACTGTTACATTTACGTGGTGAGAGAGCTCACTATTCTAATGGTGAAGAAATTACTTTTATCTAGGACACTGTTCTTGTCATGTTTTCTATAGAACAGTCTATCTGGGGGAGGAAAAAAAATGCACAAGAAAGGTATATGCAATATTTTTAGGGACTTTAAACTGCGGGGCAACTTTACTTTTGTTTTTATGGCTTGTTTCCATCTCTGATTTTTTTGTTGCTGTTGTTTTGTTTTTATGCTTTGCATTAACTAAGCCATGTGAAATTTCAAGCTAAATTTATTAGTGTAGTGAAAACTTAATACTGATTTCATGAGTCACTCCTTGCAACAAAGTTCCTTTCCAGTCTTTGGAAATGTGTCATTTCTCAGAACATACGCTCTGCTTAGTTAAGTGCTTTTTGGGTTGAATCCAGGTTGAGTATGTCTGTAGAGTGCTCTCTGGCCCAAACTTTCTGATGCATGTTCTTAGCTAGTGAGTAGATGATGCATACTTTTTGCTGATAGTTTCAGAATCAGTTTTTCCTAGAAAGGAAATGTGACTGATTAAAAGTACGATTTCTTCCATATAACTTCTGACTCTTCCTTTTTTTGTTTAGCAAATGTGAAAATTTCAAATATAAACTTGGTTTTTCCCATCCTTTAACAGCTGTATCCCCAGTGTTGACTTTTTCATATGTTTGTTAACTTTTCCTTTATCGTCCTACAGTCGTCCTCTACTAAAATGGTAAAGCAAACACGCGTGTATAATAATTTTTAGGCACCTTGTACACGTGTGTGTTTTGTTTTAGGACATCTGATGTTCATAACTCATCCTTACAAGTCCAGTGTAGCTGTTATCCTTAGCGATTAATACGGATAAAATCAACCAATTTGCTTTGTTGGCCCTCCTGACTTTGTTGTGCTGCCATTAGAATAGCTCAACTCTAAAACTTCAGTTCTTATTTTAAATCGTTTGTGTCTGTAGGACCCACTTTTCCATGCTGCAGGGGAATGTGTGTGACATTTACCTAGGTATACTTTCTGTGCCTCTGTCTTGCAAGTTGTTCTGGAGTTGTCCAGTGTATTGGTCTCTGTATAGTGCCTAGTACAAATGTGAGACTAAATTTGTCTAGTTTGGTATTTTGGTTTTGCTTGATGGCATATTATGTGAAAACAGCATGGCTTTGATTTCATGGATTGTAGGAGAAGTAAATGTTTCTCTTCTCAAGGCAACTTTCATCTCAGGAAAAGTGTTTTTCTCTCTCTTCTTTTTTGTTGTTGTTGTGAATAGAACTAAACATTCTAATGGAAATTGAAGATACGGTCTCTATTCCTGCTTTAGAAAGAACTAGAATCCATTACAAACTGAAATCTTGAAGGACCTATGACAAGAATATTCTCTTTTAACATGAAAATAGTGGGGATGAATCCAGTGGAGACTGGATAGGGGAAGAAAAGTGACAGTGAATTTTGGAGAGATGCGTTTGGTTTTAGGCAAATTGGGGGTATTTGGTAAGTCACAGTAAAAAAGATGGTGAAGGAACCATGTAAATTCCTCTCTATGGCCTCTTTAAGACTATTTATTGAAACTACACCTGTCTAGAAAACTTAGAGTTAAAATAAGACCTTTGTCAGAAGACGGTTGCATGGAACATGATTCGATAGTTTGATCAAGTTTTTAAAAATATTTTCATAAAAAATGTTAATTATATATAATGAATGCAATTAATTGTGAACCCTCGTAATGCATTAATTGCTAATGATTTTTATGGTAATATTTCTTGATGGCATTAGAGGTAGCTGCGGTGTGATTTGGAATAAGTTCTAGGAAACGTGAAGAATAAGTTTCAAGAGATACCATTTTAGTTTTGTTCATATATTTAAAAAAATTCTCACAGAATTTAAAACAATATCTTCTCCCACATATCTTTGATGTTCTGATTTGTACTTTTGAGTAACTTCTGACTTTTCTGATGTCTAAAATAAGATCTGCTCTTACTTTGTCTTACTTGCATGAGTATGACACTTTTGGCCCATAAAGCTTGCAATTTACTATGTAAATTGTTAATCCATATTTGTTTCTCTGATTTAGTATTTCCCTGTTGTAAGGCTCATAGTGTTTCATTTGTTTTATCTCAGGGGAAGGCCTTTCAGCCTCCCGCCACTCTTTGCGAAGAGGTCTCTCTGCCTCAAATATTTCCCTGAGAGGAGAAAACCGTTTGTCAGTTCTTCTCAATTACCTTCTTCCCTCTTCAAGAGCTGGAACCCCGGCAACCTCAAGGTGTACAACCCCTGTAACTACCCCTCAAAACACACCACCCTCCAGTCCTACCTGCAGCCACCCGCCAACCACAATTGCCCAACCAAGTCCACTTCAGGGCAAGGATATTCCTTCAGTAATTATCCACCCACCTGAGGAGGACTTAGAGGTGCAGGAAAGCCAGGAAGAGAAGACAGAGGAGAATGTTGGCAAAACACCAGGCAACTATCGAAATTTAAACTATCCACGTGTGATGCTTTGTGCATCAGGATCACTGCATTGTGATGTTTTTGGCACATAACTTGGGCACAAGGGATTGTGATAACGGTTACTTCTGCCTGCATGTTTTATTTCTTCTCACTTGTGACTGTTTTCTTGTTCAGCACTTCTAACTTTTTAGCTTTTTAACGAAAGCTCGCAAAAAAAAGTATTTATTTAACCTTCATCAGCGTAGTTGAAAAGGAATAAGGTTTTAAAACATAATAGGTAAGCAAAATGTCAAAAATGATGGCCTTTTTCTGTCACTCACTTGCAGTCCATGCCATGTTTTGTTTTTACCGTATTTTTGTTAGTGGATGAAGTAATGTTTTACACAAGTGATCGATATTCAGAGCCTATATCCAGATCGATATCTACAGCCTAAGTCATAGTGAAGTATTAGAGGGGACTATTAAAAGAATTAGGAAGGATGCAGTAGTCAATCTTATCCACAGATTAGTTTTATTATGAAGTTGTTGAGCAGATTATTTTTGCTTTTGTGCTTTTAAAAAACAGAACCATTATAAAGCGTAGCAGTTCGATGGAACTGGCAGATTCAGTGCATCTATACCTGCTTCCAGGTGGCTTTCCATTAGCGAAGTGTTTCGACATCAGAAATTATTTTGTTGTTTGATATGCAACAGTAAGCTAAGGTAGTTCAGAACGTTCCTAGGTCAGAGCTCAGTAATTTATTAGCTTGCTTATTTAGCTTACTGTTAGCTTACTCTACTTAACGTAATACTTCTTCGATTTTGGCAAAATTATCACCTACATAGACTTCAGGATACTCCTGGATCAGTCTTGTTTTTTAAAGGGATAACCTTGCTTTTTAGCTTTCGAACTCCTGCTGCATTTTTTTTTTCTTTCAGAACTTCTTTTTGCCATAATCTAGCTTTTAGGTTTTTCTGATTTGTATCTGTGTATTTAAAACAAACAACAGAAGCTGATTGATTTCACCCAAGTCTTTCATCAGGGAAGTTTTTCTTGCTTTCCTTCCTTTCTTATTTAGTAATTAGATAGAAAGATTATTGGAACTTAGTTCCACCTGAACTGCTTCTGTGCATAAATTGTATTTGAAAAATACGTGTTTTATTGTTCATATGTATTTAGTGTAAGTATCCTTTATTTTTTTTTAACCCTTCCAACTCTATCTGTTCATCTCTTTACTAGGATTAGTTTCAAGGTAAAGCAGAGCACTCTGTTACATAGAGCAGTAAAAATAAGCTAACAGAGAAGGCTGTGGTTATCTCTTTTCACATTTTGCAGCCAGGTTGCTTGAAAGGAAAGAGTAGGTTATTTTACAGACTATGAACTTGAGTTGAGTAGAGACCTCCAACCTTAGTTAAATCCAGAAAAGTGAACAAAAACCCCTCTCTGCCTCTGTGAAGGAAAATAAAGAGAATTCATATGAAGACCAATCTCTCTTATGGGTGACCTTTAAGATAATTAAAAACCAGAAGTAAAGTAACAGCTTACCTGTTTAAAAATTAGTTTTCAGTTCTCTTATTTTCTTAATCATCTGACAGGAATGTCAGACCCAAGATGTCAAGAACCCAACGGAAGACAAACAAATGAATCTTGAATACTTGATGCTATTATTATCACTATTAAAGCTTTCCACCAGAATCTCCAAATCACAGTCAGATTACTTTTGTCCCTCAAGGGATTGTTTCTCATAAATGAAAAATCTGAAAGGGATGATTTCCCAGTTTAGTCCATAAGAAAACGTCTTTCCAGAGAAAGATGAACACCAATAATGATGGAATACATTTTTGTTTTCTGTTTGTTTTCTCCCCGCCCCCAGTTTTTAATTTGAGACATCGTCTGACCACAGAGAGACATTTTCCTTTCAGATGCTTTTGAAGACATTCTCAGACTATGATTTCTGGCCTGTAACTGAACTAATCTCTGTCTTGTGAGACAGACTTAGAAGGGAACTCTGAGGCAAAAGTTATCTTCCTTGTCAGAAAAACCCACTTGTCTGAGTTCATTCTTTTTAGGAATCATAGTCTGTAATTCAGAATATTGCAGCCTGCATACTTTTTACTTTTTCCATATCTTGAT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Seq C2 exon
GGCTGTTAGCATCTCCTCAGTCAGCACCTGGAAATTTGGACAATGGGAAGAGTGGAGATGTTAAAGGTACTGGGACAGGTGGAAGCAGAGAAAACAGCACTGTTGATTTTAGTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011405:ENSGALT00000018603:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.087 A=NA C2=0.790
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075658=Band_3_cyto=FE(23.5=100)
A:
NA
C2:
PF075658=Band_3_cyto=FE(14.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]