GgaINT0101925 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016207 | ZFAT
Description
NA
Coordinates
chr2:148227725-148243087:-
Coord C1 exon
chr2:148242957-148243087
Coord A exon
chr2:148228244-148242956
Coord C2 exon
chr2:148227725-148228243
Length
14713 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
ACACTTCAATTTCTTCCTAGGTA
3' ss Score
8.92
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016207:ENSGALT00000026126:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.136 A=NA C2=0.329
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]