HsaINT0185395 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000066827 | ZFAT
Description
zinc finger and AT-hook domain containing [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19899]
Coordinates
chr8:134477792-134509749:-
Coord C1 exon
chr8:134509619-134509749
Coord A exon
chr8:134478722-134509618
Coord C2 exon
chr8:134477792-134478721
Length
30897 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
CTCTTGCCCTCCTCCCGCAGGTC
3' ss Score
13.02
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000066827:ENST00000377838:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.163 A=NA C2=0.477
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains