Special

HsaINT0185395 @ hg19

Intron Retention

Gene
Description
zinc finger and AT hook domain containing [Source:HGNC Symbol;Acc:19899]
Coordinates
chr8:135490031-135521992:-
Coord C1 exon
chr8:135521862-135521992
Coord A exon
chr8:135490965-135521861
Coord C2 exon
chr8:135490031-135490964
Length
30897 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
CTCTTGCCCTCCTCCCGCAGGTC
3' ss Score
13.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGACCGACTGGACCCCACGGCCGTGAACATCCTGCAGCAGATCATTGAGCTGGGCGCCGAGACCCATGACGCCACTGCCCTTGCCTCGGTGGTTGCCATGGCACCAGGGACGGTGACTGTGGTTAAGCAG
Seq A exon
GTAGGGACCCTCCTTCTGTAACTATTCATCTCTGTGTGTCTCACAGTCAGGTTCTCTCCTTCTCCCTGTGTTTCTAAGTCTTTAACTTACCTGAGGTAGAACTTGGAATGAAATTGGTCTAGTCTCATACCTTTTCTTATTCTACCTCTGATCTCATGGGAGTGCTTCTTCAATAGCTCTATATGTGGGAGGTGTTTGGGGGAGAGATATAGTATATTAAAAAAAAAAATTCTGGAAACTCTCCATTCATTTTCTTTCAAAGAGTCCCAGAGTGAAAATGAGCATGATGTGGACCATTGAGACACATCTCTGATGAAAACAGCTCTCAGTGCCTAAGGCGCCATTAGTAAATTGAGCTAGTAGGATGCATGGGGGTAGCCGGAGAAGCCAGGAGGATTTCCCAGTGGACTGGCCTTCCTAAATAGTAACCACCCGATCAGATCAACACAGGATACTGCTCTGGTAGGAAGAGATGATCAGTTTTGGAATAAAGGTTACTCCACTTAATTAATCCTTTATCTGCTTGGCTCATTTCCTTTTCTGCCCTCAGTGGAGACTTCACCATCTGTTAAAATGCAATGTGTTTGATAATTAGGTCATCCTTTTTATCTGTTTATACCTGTGTCTCTATCTGCTACCTCCTGTTTCATTTTACAAAAGATTTTAGCTGGCTTACACAAATACTTTAAAAAACAGAAAACCAAAATAGGAAATGCATCAAAACCAGGGAAATATATAATCTGAAATCAAAGTTCAAGTTCACAGAGAAAGAAGAAATGCAAACCATGGAGTTTCTGACATTTAGCCAGTCCTGTATTGATTCATTTGGTATTTATTGAGTGCTTACTGTTGTCAGGCAGAGTTCCAGTTGCTGGGATCTAGGAGAGAACCAGTGTCTGCCATCATGGTGGTTATTTTCCAGTGGGGAAAAGGATAAAGCTCGAATAAACCAGTATGACATAAAGGATGTCAGATGGTGAACAAGTGCCAGGAGAAAAGTAAAGCAAGGGAAGTGGGAGAGGAGTGGGGTCCAGGAGTGTGGGTTGGGGTGATTTTGTAAAGGGTTGTTGGGGAAGATCTCTGACATCCGAGGAGAGACCTGGAAGAGGTGTGTATTACTAGAGTTGTCTGAAATTGACTAAATTTGTTACTGAATTGTGTAACAGAAAACAAAAAGGAGACGTTAAACAGTTAACTCAGGAAGGGGGTTAGCTTTTCTTGGCACTAACAAATAAGATATTTCTTAATGAGGCACTCACATAAGGACGCCTGAGTGATGTGTGCCTGGTGACCTCATGAGCCAGGAGGGGACATCCCAGCGCTGTCTCCACAACTGTCCCCTGAGTGTGCCCAGGGCACAATGCAAAGCATGAAATTCAGGCCAAGTAGTTCTCTGGGGGAATTAGTAAGTACATTCAGGTTCACCTCTTGGGTTTCTTGACCTACGGACAAGACTTAGCATATCTAGATGAATGTTTGGATCACATGTCCTAAAATCCCTCCTCCACAGTGTGATTTCTCTCAGGAGTCGAGCTGGAGAGTAGGCAGGGGGATGCTTCAGTCTGTAGCAACCTGGTATCTGCGTTGGCTGAGAAAAGATTCATACACTTCCAGGCTAAGTACCTTTTTAGCTTTTCTTGGTGTTTACTAGATTGCAGTCTTCAGATTGTCTTATAAATATCTTCTGAAACTCCTCATTTGCATCTTGACATGTGGAGTCCCCAGCTGGACCTGGTACTTTAGGAAGGGTCTCTCTGGGATGGTATCAGGAGGACTTTGAATGTTTCATACACGCAAAATCCTTTTGAGAGTGCAGGAAGGTGCTTCTGGTTGTGACTTGTGTCTTGTTTCTGAGAACTAGATTGATTTGCTGCTGCTGGGAGACATGATTTATTGAGCCTCGCAGGCAATGCAGTGATACACGAGGTCACAGGGGTTGGGTTATAGCTTAGATATGCTTTGAGGCATCAGACTGACAGCACCACAAGGGATGAGGCAGATAAGCATCCAGAACGACCAGTGTCGACAAGCTAAATGTGTTTGCGGGAGGAGAAAACAGTGCCGCCCTTCTGAGGATCTTCTTTCTTATTGCAAACACAGCAAAGAGTGGTGCTGTTGAACACAGTCGTGGGGAACTGCATTTGGAAATGTTCCCCAAGAAGGTGTATGTCCTGGCCATTATCTTGTCTGCCTGGCCCCGCACCTCGCTCACGGTGGCTGTTGATAAATGACAGAGAGGAGAGTGGGTGGACAGACTGATGGGCGGGTAGACGCTGAGCACCACTCCTATAGCAAAGGAAATGAAGTGTTTCAGGCTCTCCCAGGTGAAAGGATGCCCTCTGAATTCCATTGTCGTATAGTTTAAATTGAAATATAGCAGTATTTATTAGAAAAATTGGTTTCAACCTTTTTCTTTTAATTAAACTCTGGTTTAGGATTTTTTCAGTCAAGAAATTATATCTGCTTAATAACTGTGCTGAAGCAATGAAATGTGAACTCTGTTGCACCAGTTGGAAAGAGGAAAGCTTTTCCTCCTGTGGGAGGGACCTTGATGTCAGGGGCTTTCTCTTGCTCAAACCCAAGACATCACACATAGTAGTTGCTTAAAAAATGTTATGAAATAGAATTGACTATGTTGGAGGTTTTGATTCTTCAATTGTATCCTACAAATCAGTATTGCCGGAGAGAAAAAAGCAAGAATTCCTCATCATAAAGTATGTGATGTATATCGCAGAACAATGTTTCAGATTACTATGGGATAGCATCTTTTGAGATCTTTTTGGATCTCTTTTATATACATCTTCCACAAGACCAAAAACAAAACAAATTCTACATTGTACATAAGTTGCTTCTGGATGGTTAAACATTTCAAAATTTATTTCTCATAAACAAATAGATATATACTCTATTTACAATTTTTCATGACTTGTTAATGTTAATTGAAAAGAATCTTATATATCAAAATTCATCAATAATCACTGAAAGGGATTAATCCCAAGTCTTCTGGGGTTTTCAGCTTCTGGGATGAAAGTAATGGCAGGCCTGGTACGGGGCTGGCAGTGTTGGAGAGAAGAGAGCTGGGAAAAAACTGTTTGCTTCTTGGTCTTTAAAGAGACAAGGAAAAGATTTTGCCCATAATTGAGACCATTTAAATTCTTTGTTGGACACAGAAATCTGTCCTCAACGACTTCTTGTCACTTTCCCTCTTTTCTTGAGTGTTGGCATTAAAAATAGATTCATGGGGCCCGAGCATCTCCCAACGCTCAGAAAGAATCATGCTTGCGTGCCCCACTCCAGCCTGGCAGAAGGGCCCAGATGAGAACCTGAGTGCAACTAAATGTGTGTTTGTTAAACCTGACAGTTTTCATTAAATAAGGTGATTACTTTTGTTAGTGTTGTTAAATCTTGCGTTAAGGTTTTATGAGGAGGAAATTTGTATTTGATAAATAGAACTGCCTAAGAAGGTAAATGGAAGACAGCTAGCCGCACAGGAAATGCTATCATGAGCATCTCTGAGTCAAAATTAGTTATTTAAAGGAAAAGAAAAACCAAAGAAAATAACAGCAATAGTCATCACCAGTGGCTCATGGCTTAAATCACTGATGGATGTTCTTATGATTAAATTTTATTTTAGACTCAAAGTAACATTGTATGTATGGTTGACGGGCACTCATTTAGCAGGCATTTACTGAGCAACCACTCTGTGTTCAGTCTCTGGTTGTGTTAATTTCCTATTGCCACTGCCACAAATTACCACAAATTTATGGTTTAAAACAACACAAACTGATACTGTCTTACAATTCTGGAGGTCAGAAGTCTGCAGTGCTTCCTGTGCTAAACTCAAGGTGTCGAGAGAGCTACAGTGTTTCTGGGAAAGATTCCTTTCTTGCCTTTTTGGGCATCTAGAGGCCACCTGCACTCCTTGACCCGAGGCTCCCTTCCTCCATCCCCAGAGCCAGCAACGGCAGGCTAAGGTCTGACATCCACTCACTCTGACCTCTGTTTCCAGGGGCAAATTGCGATTGCCAGCCTTCCTACTCCCTTTTTAAAGGGCCCTTCTGATGACATTGGACCCACCCAGATAATCCAGGACTGTCCACCTGGGATGGCTTCTCTGTCACCAGCTCCTTAATGTGATCACATTTACACATTCTTCTTTGCTATATAAGGCAACATATTCACAGGCCTCAAAGATGAGGACATGGACAGCTTTGGTTGAGGGGTGCGGGCATTACTGTGCCCACCACACTGGGCTACAGAATTAAGATTGTTCCTGCTCTCAAGAGGCAAATAGTCTAACAAGGGAAATGACTTATTTTTTCATGCAACAAATATACCTTGAGCTGCTTTTACCAGCCAGTCACTGTTCTCAGCACTTGGGATATTTCAGTGAACATATCAGGTGAATGATATGGTCGAGAAGCTTACGTTTTAATTGGGGTAGATAGCCAATCCATATACATGTAATAAGTAAATTATAATAGTACGTTAGAGGCAAAAAGTACACTGGAAAAAAGAACAATCAGAACTGGTCAAGAGGTATGGAAAATGCAGCCTTAAACAGGCAGTTCCGATCGAGAGTGATGAATGCTTCAGGGAGGTGGCCCAGGGACCCAGGAGTGCTGTGGGGAGCACCAGGGGCCCGTGTACCTGGGTCTGGGGTGGGGGCAGGTGCTGAGCAGGGAGGCCTTGTGAGTGTAGGGTGGGAGCAGGGCTCCAGGCAGGAGTGGGTACAGGAGCTGGTGGCTGGCGCCAGCTGGGTGACTGGAGGCAGAGGTAGGGGTGGTGGAAGAGGGCCTGCATAGAGTAATGACTTGCCTGGTTGTAACATGGGCCAAGGATTCCAAGTCTCGGAAGTATCTCAGCCTGGTCTCTCCCTTCCGCCCTTCTGCCCACTTGGAGTCCAAGCAGTTTATAGCCTTATGGCATGTCCTAGGGCATAATGTCCTTTGGCCATGGGCTTCCTGACCTATGTTACCCTCTTGAAGTCATGTTGGCGT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Seq C2 exon
GTCACCGAGGAGGAGCCCAGCTCCAACCACACGGTCATGATCCAGGAGACGGTCCAGCAAGCGTCCGTGGAGCTTGCCGAGCAGCACCACCTGGTGGTGTCCTCCGACGACGTGGAGGGCATTGAGACGGTGACTGTCTACACGCAGGGCGGGGAGGCCTCGGAGTTCATCGTCTACGTGCAGGAGGCCATGCAGCCTGTGGAGGAGCAGGCTGTGGAGCAGCCGGCCCAGGAACTCTAGAGGACATGTGGCATCGGATGGCCACAGGGCGGGGCTGCCAGGCTCTGCAGGCACCCAGGGTGGGGAGGCCACCCTTCCTGCCCTACCCGCAGAATGGTGCTCTCCTTTGCCCTCCCTGCCCAGCAGCCTGATAGGACTCTCCTAGTCCAACTTGGGGTGGGCAAGGCAGTCAGCATCACCAGCAATACCACAGGACCCTCACCCCAGCATAGACACACACCCCCTGACCCTTACCATCTGCTTCCTGAAAGACTTCAGTGTCAGCTCCCCTACACACACCCCACACCTTCACCCCTTGCTTCAAGATTCAAACAGAGACTCCCAGTCCCCCTCAGCATCTTCCCTGAATCACAGCCCCAGCTCCTTGACCCCCATCTAGGTGCCAAATGTTCATCTGCAACCGCTATGCAGTCTGGTGAGAGGGAGACAGCCATCACATAGAAAGTGACCGTACGGGTTTTTAATCACTGCTGGGTGGGGTGGGGGTAGGGGGATTGTCCTGGCTTTGTCGACAAAGTCCCACTTCCCCGAGTATTAAGGGCCCTTGGTATCAAGTGAGGTAAATTCACCCATCACAGGGTCTCGCCCTACCATCCTGGAATTATTTCACTTTTAAGATAAATGCACTATTTCACTGTTCGCCTCCCATTCTAAGGAGGTGAGGTGGTTGGAATAAAAACAGTTCCTGTCTGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000066827-ZFAT:NM_001029939:16
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.168 A=NA C2=0.426
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF134781=XdhC_C=PU(34.7=59.1)
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains