GgaINT0102630 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007928 | MLLT10
Description
NA
Coordinates
chr2:17928687-17942977:-
Coord C1 exon
chr2:17942898-17942977
Coord A exon
chr2:17928742-17942897
Coord C2 exon
chr2:17928687-17928741
Length
14156 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTACGT
5' ss Score
8.61
3' ss Seq
TTTTTGCTTTTTTTTCCTAGAGA
3' ss Score
8.78
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGATGTGAATTATGCCCTCATAAGGATGGTGCTTTAAAGAGAACAGATAATGGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007928:ENSGALT00000012873:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138311=PHD_2=PD(48.6=66.7),PF138321=zf-HC5HC2H_2=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF138321=zf-HC5HC2H_2=FE(15.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]