HsaINT0103678 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000078403 | MLLT10
Description
myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax homolog, Drosophila); translocated to, 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:16063]
Coordinates
chr10:21827762-21875277:+
Coord C1 exon
chr10:21827762-21827841
Coord A exon
chr10:21827842-21875222
Coord C2 exon
chr10:21875223-21875277
Length
47381 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGG
5' ss Score
8.37
3' ss Seq
TTCTTTTTTTTTTTTTATAGAGA
3' ss Score
9.38
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTGCTATGGCATTGTTCAAGTACCCACTGGACCGTGGTTTTGCAGGAAATGTGAATCTCAGGAGAGAGCAGCCAGAGTG
Seq A exon
GTAAGGACTATTTATCAAAAACATTAAACTTTAGTGAGTAGGTTAGGAAATTAGGAACTGCACTCCTGTTGTGGTTTGTGGGGTTGTCAGTCATTTCTTCAAATATCATAATGTAAGAGATAATTTAGGCCAAATATTGACTTGGAGTATTAAACAGATTTTGTAAAACTGAAAAACAAATGGAATCAAGTGAGTATATTTTGGATACTTTGAAAACAAAAATACATAGTCATATTTGGGCTTTGTTAACTAGTTACAGAATCAAGAAAGCTTGAAGAAGTTTGAAGGTTACACTGGCTAATCATAGTTAAAATATAATGGAAATAGAAACATAAGGAAGTTACATTGATAATTCTCTTAGGTTTTGTGTAATGGGAAAAAAACCCAATAATTTTAGTGACTATCATATTCCTTTTACTACATCTTTGGGTGTATAGTTTAACTTCGAACACTCACTGATTTCAGGCATTCAGTCCCTTTGGCAAACCAACATAAAAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACTTGGGTGGTTACCTTATTTCAGAACTTTTCTAAACCTCTTATAAGAATGAAGGAGGTGCCGGGTGCAGTGGTTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGAGTATCTCGAGGTCAAAAGATGGAGACCACCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTACAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGCAAGCACCTGTAGTCCCAGCTACTTAGGAGGCTGAAGCAGGAGAATTACTTGAACCCGGGAGGTAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATGGTGCCATTGCACTCCAGCTTGGGCAATAAGAGTGAAACTCTGTCTCAAAAAAAAGAAAAACAAATTACAAACATTAGCTGGGCGTGGTGGCACGCCCTATAATCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCATTGCACTCCAACCTGGGTGACAGAGCAAGACTCTCAGGAAAGGAAAAAAAAAAACAAAAAGGAGGTAGGCCGGGTGCAGTGACTCACACCTGTAATCCCACCACTTTGGGAAGCCGAGGCAGGAGGATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTGAAACCAGCCTGGTCAACTTAGTCTCTACAAAAGAAAAATTTTAAAAATTAGTTGGGGCTGGGCACAGTGGCTCATGCCTATAATTCCAGCACTTTGGTAGGCTGAGGTGGGCGGATCACTTGGGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCGACATGGTGAAACCTATCTCTGCTAAAAATACAAAAAATTAACTGGATGTGGCAGCGCGTGCCTATAGTCTAGCTACTCTGGGGGCTAAGACGGGAGAATCGCTTGAATGAGGGAGCCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGCACTCCAAACAGAGTGAGACTGTTTCAAAAAAAAAAAAAAATTAGTTGGGCGTGGTGGCTTGCACCTGTACTCCCAGCTACTCTGGAAGCTGAGACAGGAGGATTGCTTGAACCTGGGAGGTTGAGGCTGCAGTGAACCATGACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGAGACTGTCTCACAAAAAACACAGTGAGGGAGGTATGTTTATCCTTTGTATCCACAAGCATTTTTCCCATTTGGATTTCTGAAAATATCAGAAATAGATTTTATTTTCATTAGTTATGCAAACCTACCATTTAAAATATGATAGTTCCTTTTTAAAATCTTATTATATTTATTGATTTATTATTTATTCCAAGACATCTTGTTATAGCAAATTCCTTTCCCTTGGTGTTGATTATGGAATTAGACTGAAGGTAGAGAACAAACATTTTAGCTTCTTTACCTAGGCATATAGCAAAAGCAGAAGCTTTTGTGTTTGCCTGGGCAATTTTTGAGCGGTAGAAATAATGGGCTGGGTGCTGTGGCTCGTGCTTGTAATCCTTGCACTGTGGGAGGCCAAAGTGGGTGGATGACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGAGCAACATGGCGAAACCCCACCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGTGCACCTGTAATGCCAGCCACTTGGGAGACTGAGGCAGGAGAATCGCTTGGACCTGGGAGGCAGAGGTTCCAGTGAGCTGAGGTTGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCGTCTCACAAAAAAAGAAAGAAATAATGGTTGAGTAACCTATAAAAATGTGTTGAGTCTCAGAACTATTTGTATTTTATTATTTTGAGACAGTCTTGCTCTGTTCCCCAGGCTGGAGTGGAGTGGCGCAATCATTGCTCACTGCAGCCTTGAAGTCCTGAGCTCAAGAGATCCTCCTGCCGCAGCTTCCTGAGTAGCTGGGACTTACAGGCCTGTAGCACTTAACACCCAGCTAATTTTTTAATTTTATTTTTGAGACAGTCTCGCTCTGTCGCCCTGGCCGGAGTGAAGTAGCGCCATCTCCGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGATTCAAACGATTCTCCTGCCTCAGTCTCCCATGTATCTGGGACTACAGACATGCGCCACCACACCCAGCTAATTTTTGTACTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGATCTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCTTTGGCCTCCCGAAGTACTGGGATTACAGGCGTGAGCTACCACGCCCGGCCTGAATTTTACTAGAAATGAGGTCTTGCTTTGTTGACCAGCCTCGTCTGGAATTCCTGAGCTCAAGCAGTCCTCCTACCTCAGCCTCCCAAAGTGGTGGGATTACAGGTGTGAGCATCCGTGCCCGGCCAGAGCAATTTTTTTATAGTTCCGATGATATGTTTTGGTTGTGTGTGAGAATGCACTTTAATAGAATTACAGCTGTTATTCTAGTGTGATTTAGCAAATGGAGGATAAAATCAATCATAGAAAGTTTGGGACTTGGTGAAATCTTTATAGCGTTACTCTTTGACTTTTTTTTCTTTGTATCATGTTACGGTTTGTGGTGAATAGGTCACTACGCAGTGGAACGTATGGTTTATTAGTAAACACTGACAATGAGATGAGGCTGTTCCTGGGGGTGTCACAGTAGATTGAAGGCTGGAAAAGATAGGAAAATAAGGTGGGTATTCAGAGAGAGAAGATAATGAATAGGGAGTGTCAGAATGCCAGCATCATTTGCCTCAAATGCCACTTGTTACGTGCTTCCACTCTTTTATTCTCTCTGAGGACATGGTCAAAGTGTCAGTGTGAATAAGGTAGTTAACTTAAAAGGTGTATTAGGGCTGGGCATGGTGGCTCAAGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTCAGGTAGGCAGATCACATGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCTAACATCTTAAAACCCCGTTTCTTCTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTAGTGAGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGACTGAAGCAGGAGATCCGCCCGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCGTGCCATTGCACTCCATCTTGGGCAATGAGTGAAACTCTGTCTCAAAAAAATATATATATATTAGATGCTGCTGGGAGCAGTGGCTTGCGCCTATAATCCCAGTGCTTTGAGAGGCCGAGGTGAGAGGATCACGCCTGAGTTGGAGATCAGGCCACAAGTTGGAGATCAGCCTGGACAACATAGTGAGACCTTATCTCTACAAAAAGAAAAAAAAAATTAACCACATGTGGTGGTGTACTTGTCCTAGCTACGTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATCCATTGAGCCTGTGAGTTTGAGGTTGCAATGAGCTATAGTCACACTACTGCACACTAGTCCAGGTGACAAAGTGAAACCCTCTTTAAGAAAAAGAAGTTTTTGCAGGGGGGCATTTTATTTTAACATCATTTGGTGGGATGTGGGTGACATTAAGGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGAGACGAAATTTTGCTGTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAGCATCCGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCGGAGTAGCTGAGATTACAGACACCATGCCCGGCTAGTTTTTTGTTTTTCTTTTTTGAGATGGAGTTTCGTTCTTGTTGCCTAGGCTAGAGTGCAATGGCACAATCTTGGCTCACCACAACCTCCACCTCCTGGATTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAGTCTCCCCAGTAGCTGGGGTTACAGACATGCGTCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGCTTCTCCATTTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGTTTACAGGCGTGAGCCATGTTGCCTGGCCAAGGATTTTTAAAGAAGAGGCAAAAGCAAAACCTTTTTAAAATTATATTTAAAAATATATATTATGTTTTTTTGGAGACAGAGTTTAATTCTTGTTGCCCAGGCTTGGAGTGCAGTGGCATCATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCGGAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGTGCCACCACGCCCAGCTAAGTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCTTCATGTTGGTCAGACTGATCTCGAACTGCTGACCTCCGGTGATCTGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACCATTGTGAGCCACTATGCCCGGTCTGTAGTGTATAATTATGAAAGGCAGGGTCCTTTGTAAGAAACAGATAAGCAAAGAAAGGGCATTGTATTATAAGGACACAGGAGTCAAGAACCCTAACATGGAAATGTATTTCACCCAGAAAGGGAATTGAATT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Seq C2 exon
AGATGTGAACTTTGTCCCCATAAGGATGGAGCTTTAAAAAGAACAGATAATGGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000078403-MLLT10:NM_004641:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138311=PHD_2=PD(48.6=66.7),PF138321=zf-HC5HC2H_2=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF138321=zf-HC5HC2H_2=FE(15.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)