MmuINT0099337 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026743 | Mllt10
Description
myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax homolog, Drosophila); translocated to, 10 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1329038]
Coordinates
chr2:17992752-18023139:+
Coord C1 exon
chr2:17992752-17992831
Coord A exon
chr2:17992832-18023084
Coord C2 exon
chr2:18023085-18023139
Length
30253 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGG
5' ss Score
8.37
3' ss Seq
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3' ss Score
6.88
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGATGTGAGCTGTGTCCCCATAAAGATGGAGCTTTAAAAAGAACAGATAATGGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026743-Mllt10:NM_010804:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138311=PHD_2=PD(48.6=66.7),PF138321=zf-HC5HC2H_2=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF138321=zf-HC5HC2H_2=FE(15.3=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: