GgaINT0107545 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000014178 | SCUBE1
Description
NA
Coordinates
chr1:70823849-70831299:-
Coord C1 exon
chr1:70831174-70831299
Coord A exon
chr1:70823966-70831173
Coord C2 exon
chr1:70823849-70823965
Length
7208 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAGGT
5' ss Score
5.12
3' ss Seq
TTCATTTGGGGCTTAACTAGTAA
3' ss Score
1.18
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGGTATGAACTGTATGAACAAAGATCATGGGTGTGCACACATCTGTCGGGAGACGCCCAAAGGTGGGGTTGCCTGTGAATGTAGGCCTGGCTTTGAACTTGCCAAAAACCAGAAGGACTGCAAAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
TAACCTGTAACTATGGGAATGGAGGCTGCCAGCACACCTGTGATGACACTGATACTGGTCCTGTGTGTGGTTGTCATCAGAAGTATGCCCTGCATTCAGATGGACGAACCTGCATTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000014178:ENSGALT00000022933:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF146701=FXa_inhibition=WD(100=86.0)
A:
NA
C2:
PF146701=FXa_inhibition=WD(100=90.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]