GgaINT0110826 @ galGal3
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr1:165965494-165970909:-
Coord C1 exon
chr1:165970716-165970909
Coord A exon
chr1:165965614-165970715
Coord C2 exon
chr1:165965494-165965613
Length
5102 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATTG
5' ss Score
7.44
3' ss Seq
GTCATAATTTTATTTTCCAGGTA
3' ss Score
10.43
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGTAATAAGCTTCAGACAACAGGAAGTAAACTGGAAGAAACAAAATCAGCTGAAAGTGTTAAAACAACTCCTGTTGCCACAATACAAACACAAGAAGTAAAACCAGACACAGCAACTGAACCAGTAACTCCTACAACTATTGCTGCCTTGCAAAGTGATGTCCAGCCTGTGGGCCATGACTATGTGGAAGAG
Seq A exon
GTATTGATATGAAAAATTGTGGGTTAACTGTTTTGGTGAAAAATTGTTAATCGTGAAACAAGGCATTGAACCTGGAAAGGCTTGTGCATATGTTTACATTTTTGTATTGTGTATGTTTGTTTTGAGCTCAGTGGGGTGTTCTTCATTTTGATAGCATGAAATGTGGACTAAGTCTATAGGATCACAGTCTGATGTGAATTTTTCATTATTTGCAGGTTTGCAATTATTAACTTCAACTCAATATGTTCAGGTTCAAGTTTAAAGCTGTGTGTTTGGAATGGAAAAACTGTTCTTTCTCCATTGCCAAGCACAATAGTGTCTCTGGTGGAATTGAGTTTTAGAATCACAGAATCATTAATGTTGGAAAAGACCACTAAGATCATCAAGTCCAACCATCAACCCATCACCAATATTGCCAGCTAAACCACATCAGTCAGTACTACATCTACACCTTTCTTGAACACCTCACAGAGTGAGAATTGCCAAGGTTGAAAAGGACCATAATGATCATCAAGTTTAAACCCCCAAAGGATGTGCAGGGTCGCCAACAACTAGACCAGGCTGCCCAGAGCCACATCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTGAACCAGTACTCGAGGTGAGGCCTCTCCAGTGCCGAGTACAGGGGCAGGATGACTTCCCTAGTATTGCTCACCACACCATTCCTGATACAAGCCAGGATGCCATTGGCCTTCTTGGCCACCTGGGCACACTGCTGGCTCATATTTAGCCGACTGTCCATCAGTACACTAAGGTCCCTTTCCATCGGGCAGCTTTCCAGCCACTCCTCCCCAAGCCTGTAGGGTTGCCTGGGGTTGTTGTGACCAAAATGCAGGACCCGACACTTGGCCCCACTGAAACTCATACAGTTTACCTTGGCCCATCGATCCAGTCTATCCAGGTCCCTCTGTAGTGCCTTTCTCCCCTCTGGCAGATCAACGCTCCCTCCCAACTTGGTGTTGTGTGCAAATTTACTGAGGGTGCACTCAATCCCCTAGTCAAGATCATTAATAAAGATGTTAAATAGAAGCGGCCCCAGTACCGAGCCCTGGGGGACACCGCTCGTGACCAGCCACCAACTGGATTTAACTCCATTGACCACAACTCTTTGGGCCCGGCCGTCTAGCAAGTGTTTCACCCAGCGGTGCGTACACCCATCCAAACCATGGGTAGCCAGCTTCTCCACGAGAATTTTGTGGGGGAGTGTCAAAGGCTTTTCTGAGGTCCAAGTAGACCACATCGACAGCCTTACCTTCATCCACTAAGTGGGTCACCTTGTCATAGAATGAAATCAGGTTTGTCAAACAGAATCTACCATTCATAAACCCATGCTGACTGGGCCTGATCCCCTCGTTGACCGTTAATTGGTCCATGATGGTTCCTGAGATTATCCGTTCCATAACCTTCCCCGGCACCAAGGTGAGACTGATAGGTCTGTAGCAACCAGGATCATCTTTCCAGCCCTTTTTGAAGATGGGCGTCACATTTGCCAGTTTCCAGTCTGCTGGGACATCCCCGGTTAGCCAGGACTGCTGAAGGATGATGGAGAGTGGCTTGGCAACCACATCCACCAACTCCCTGAGCACTCTAGGGTGCAGTCCATCTGGCCCCATGGACTTGTGAGCATCCAGCTTTCAGAGCAGGTCCAAAACCATCTCATTGTGGATCATGCAGAGCCTATTCTGTTCCCCATCCCTATCTACCAGCGCAAGGGGCTGTGTGCTCAGGGAATAACGAGTCTTACTATTAAAGGCTGAGGCAAAGAAGGCATTAAGGCCTTATCCTGATCCGTGGGGATGGTCAGCTCCTGAACCTTTAAAATTACTTAAAGTATTCCCAGCCTTCCTGGGCTTCCATGCCCTCCAAAACTACCTCCCAAGGGACCCTCTCAACTACGGTCCTAAAGAGGCTGAAGTCTGCCCTCCGGAAGTCCAAGGTGGCAGTTTGGCAGTTCTGCTGACTCCCCTGTCTGGTTCAACGTGGATCGAGAAATCTAGCATCTCATGATCACTGTGCCCCATACGGCCTCCAACCTTTACATCTCCCACAAGACCTTCTCTGTTAACAAACAGCAAGTCCAGGATTTTGCTTCCCCTTGTTGGCTCCTTCACCAGCTGTGTCAGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGCTCAGTCACTCCCTGCAGCCAGAGACCTGGATAGCTGCATGTTTGCATGGGTGCTCAGTCTGGGTTACTACAGTCTTCTTGGCAATGGCTTTTCACCGAGTGGAGATCATGGCTTGTCTAGTTCCACTGAGAAGGCAGTGGGTGTTAGATGGACTGGTCTCTTCAAGTGGGGAGGAAGACTGCATCCTCCCTGCTTGCCCTGCCTGTGCAAACTGCTGCACCATGCCCTACTGACATGCCATGCCGTTTGCACATCCTAATCACAGTGCTCTGGGTCACTGTGCTCCCTAGGGGCTGCCTTTGTATGTGCAGGGATTTGGCCACGTCACTCTTGGCTCCACCTGCACCATGTCAGAGTCTTCTTTCATCAGGGGCTCTGCTCTTCTCACTTGGAAAGGAGTGGGGGATTCCCTTGCTCTCCTTGTGCTACTTTTCATGGTTTTCTGCCATGGTTTTGCCTTTCTGCAAAGTGTCCCTCGGTGTGAGCTTCTGCTCTGAAGCTGATCCGCTCGAGGTCTTTTAGTTTGCCTTCTTTCAGTTATTGAGTGAACTTTTTAGTGTGTGTTGAGATGAGTAGACAGTATCCACTGTCTCTGAATTAATTTCATTTTAGCATCAATTTTGGATTTAAAGTGTCATAATTTTATTTTCCAG
Seq C2 exon
GTAAGAAATGATGAAGGAAAGGTGATCCGCTTTCACTGTAAACTTTGTGAATGCAGTTTTAATGATCCTAATGCCAAGGAGATGCACTTAAAAGGGAGGCGACACAGACTTCAGTATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000014545:ENSGALT00000023466:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.908 A=NA C2=0.375
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF128742=zf-met=WD(100=62.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]