GgaINT0115654 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006563 | SEM3D_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr1:8952263-8964509:+
Coord C1 exon
chr1:8952263-8952423
Coord A exon
chr1:8952424-8964446
Coord C2 exon
chr1:8964447-8964509
Length
12023 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
TTATTTCAACTATCTTCCAGATT
3' ss Score
8.47
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTTGCTGCTTTCAAACAGCTGCATCCCATTCCTGGGCTCTACAGAGGGGCTAGATTTTCGAACCCTGCTGCTAGATGAGGAGAGGGGCCGGCTGCTAGTCGGGGCAAAAGACCACATCTTCCTGCTCAACTTGGTTGATTTAAACAAAAATGTAAAAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTTACTGGCCTGCAGCAAAAGAAAAAATGGAATTATGCAAACTAGCTGGGAAAGATGCCCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006563:ENSGALT00000010596:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0140314=Sema=PU(7.6=63.0)
A:
NA
C2:
PF0140314=Sema=FE(4.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]