MmuINT0141042 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000040254 | Sema3d
Description
sema domain, immunoglobulin domain (Ig), short basic domain, secreted, (semaphorin) 3D [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1860118]
Coordinates
chr5:12463216-12485017:+
Coord C1 exon
chr5:12463216-12463376
Coord A exon
chr5:12463377-12484954
Coord C2 exon
chr5:12484955-12485017
Length
21578 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
ATTTTTATTTACCTTTACAGATT
3' ss Score
10.7
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTTATTGGCCTGCTGCAAAAGAACGAGTGGAGCTATGTAAATTAGCTGGGAAAGATGCCAAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000040254-Sema3d:NM_028882:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0140314=Sema=PU(10.2=63.0)
A:
NA
C2:
PF0140314=Sema=FE(4.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: