HsaINT0147259 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000153993 | SEMA3D
Description
semaphorin 3D [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10726]
Coordinates
chr7:85081517-85097965:-
Coord C1 exon
chr7:85097805-85097965
Coord A exon
chr7:85081580-85097804
Coord C2 exon
chr7:85081517-85081579
Length
16225 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
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3' ss Score
7.87
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
ATTTATTGGCCTGCTGCAAAGGAACGGGTGGAATTATGTAAATTAGCTGGGAAAGATGCCAAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000153993:ENST00000284136:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0140314=Sema=PU(19.8=63.0)
A:
NA
C2:
PF0140314=Sema=FE(11.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development