GgaINT0115695 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000017112 | MTMR6
Description
myotubularin related protein 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7453]
Coordinates
chr1:176349873-176355088:+
Coord C1 exon
chr1:176349873-176350005
Coord A exon
chr1:176350006-176354978
Coord C2 exon
chr1:176354979-176355088
Length
4973 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
CATCTTTTGTTTTCTTTCAGTCA
3' ss Score
9.99
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTAATGCAATGGCAAACAGAGCTGCTGGGAAGGGCTATGAAAATGAAGACAACTACTCTAACATTAGGTTCCAGTTTGTTGGAATTGAAAATATTCATGTAATGAGATCCAGCTTACAAAAACTTCTGGAAG
Seq A exon
GTATGTTCTAACTGTACTATAATAGTGTTTATGAAAATCAAGTAAGTATTCTGACGTACTTAATAACAGTTTAAACTGCATTGAGATTTCAGCATTTTATCTAAGCTTCATGTTTAGCACCAGCTGACTGTGTTCCATTCTGTTAGTGAACTACCTTAAAGCCTTGCTGTTAAACTGTAAACCCAGTGAATGGTTTTACATTGAAGAAAGAACTGAGTGGCACCTATGTTGAATGAACTTAATTACTGTGTCAGTGGCTTATGGTTAAGATCTCTCTTTTCCTAGTATACATGCGTATATACATACAGGTATGTGAATATGTTGAATATATTTGTAATAAAATAGTTTGTGTGCACAATATGCATCTTTGTTTATAGAACACTAATTATTCAAGGGGCACTTGTGCAGAACTCAGAACTGTATGGTTTGTACAAAACTTGAACCCTTAGTCTTGGTGAACCACTCCTATGCTTGTAGATGCATCTTACAGAATGTTTGGGGGGGGGGGGGAGGAGGGTGGAAACAGGTGACCCAGTTTACAGTATGGTGAAAGCAGTGAGGCAGAAATCTGTTAAAGGTATTTTTCTAATTAGTTTCCTTAATGTTTTACTATGGTAAACAGCTGAAAACAAATTTAAGACACTTGGTGGAATATTAATGCTGTAACTAGAGTACAGTAGCAGAAGTCAGACTTACAAGTGTGGCTAATAATAGTGTGTTTATATAAGCACTTGCTTTCTGGAATTATCCTTATATTTCCAGCCATGGGGAAGCCTTACGCTTGTCTCTCTTAATGAAGATGTTCTGGCTATGTTGGTCAAGAAACTTTACAGGCCAGTGCTGTGGTCTTGCGTCATTTTCATTGAGCATGTGTCAACTGCTAACCTATTTCTCAGGCATTCTATGTGAAATAATACTTAAGCTTTGATTATGTATTTGTGGTTATTCCAGCGTATACTTTATTGAAGGGAAAGATGAGCAGTGTGAGCCTGAACTTCAGTTTTTTGGAAGTGTATGGTAATCCTTATTTCTCTTGCAAATCTCTTCAGTTCCAGAGAACTAGCTCATAAATGTTGGTTTATTTTAAGGTACTGCTCCTGCATAATGAAGTGATACACGAGCATATGCCTCACAGTAAAGCCTTAGACTTTGTTTCCACTTGATGTAGCATCCTACCAACAGATCCTTACAATGTATTTTTCTTTAATAATACTTTTCCTTAAGGATGGAATATCTTTTGCATTTGAACTTGTGTGGAGAATTGGTTTATGTAAATATGTAAATTGAACAACAACAACAAAAAAACTCTCAACAGTTCTACAGTTCTCTAATTCAGGTTTTGGGGTAAATGGACACAGTTGTTCCAGCTCTGTTCAGCTGGTCTTTAAGTAGGTGTATTTTTAGTTTGTCATCGCAGCTTCCTCCATTTGTATTTGTTGCCAAACAGGCTTTGCAGTAAGAGCTTGCTTGCTAAATCACTTCACTTTTGAACATTGCTATCTTTGTCCCTTCAGGCTTTCTTTGAGATATGCTAGGCCTTAAGGTTGAGGGATTGGTGAAGTGAGGTGTTTTCAGATTTTAGAAAGCCCTACGTAACAGCAATAAGACAAATGATTGGAAATTTATGATCTCTTGGATTGCTTAATCCAATTGCTGTTGTTGCTCTGAATACATTGAATTCTACTTTTCACGTAGGAGTAGTAGAGGCAAAACATGTCCTGGCAGTTTTCTGTTGCTGGTGTTTGTACAAAGTTCCTATTCAGAGAAGTTTAATCTGAATTGCGCCATGAATCTTCTCAACAAAGTCTTGTTGACTTTCAGGGACGTCTTTTAGTAGCTTACTTTCAACAGGGAAATTTAAAACCTGGAGCTGTTTCAGATGATGGAGTGGCTGTCCTGCGTTTCCTCTACACTTTCAAATGCTGTTCCTAATGCAAAGATGCTGTTACTGATTACCTCTTGGGATACTGGAAAGGGAAGAGAAGAGGGGAATGGAATCATGCATTCTGGGGAAAATATGAAATATGCATCATTAGTGGCAGGAAGGACTTTGAAAACTTAGAGAGACATGTAGTAAGTAACCTTACAGACCTCTGTAGAAGTGGAGTGCTAGTAAGGTGATCAGGAAGGAAATGCTGTGTGAGAAAGATTCATTACTTCAAATGAGGAAAGTACCATTTAACTTCTGTGTTTGGGCTTTCTTCTAGATATGCTGAACTGAACGTTCCCTAATCAACAGTGTGATACCAATGACCCTATTCTTTCAAGTCTTTCTAACTGGGGCTGTACTCGGTTTTATTTATAACAAACAACTGTTCTTCTTTCAGCGTGTTTCTGATCCTAAGCTCTTTGTCTGCCTGACTTCCTTCATAATCTAATGAAAGGGTTGAGAAGACATTTGCTTGCAAATGGAGTACAGGACAGGATCTTCGACAACTTCATTCTTTAATGGAGCATGTTAGGGGGCTTTTCAGTCTGTTCTTCTGATTCAGCTGCTGCTTTAAAGGTCCTGTATACAGTGGAACAAAGCTTCTCAAAAACAGTCATCTTAAGTGTGGACATGAGGACTACTCTCCCGATGGGCAAACTGTCTATCTCTACAACACTGATAGAAGATTCTTTGCATAGACTACATTTGTGTCTATGCAGTCCTATTAAACAAAAAAATTGACCTTTGTATATTCATTTGAAAATATGCTATTACTTGTCTGAGAAGTTTGAATTCAGATAAGCAAAAAGGTATTAAGTTTTCTGCATTGGCAGTTCAGCAGCATATGTTTGGAAGGAAAATAATAACCGTTGTGATCTGCTGCATATATGTTGATGGTGGAAGTGTATTAACCAAGTGTTTTGAAAGTTAGATGGGGTGGGGTGGTTCTTTGCTTAAAAATGAGCTATCTTAATTTACCGTGCTTCGGTCACCAGGTTCTGACTGCAGGATTCAGTCACCTTGTGATGCCCCTGCAGCCTGAGTGTAAGGACAAATGTGTCATGGAACAACATAGTCCTTTGGGCCCATGTGTGTGCAGGGCATGTCTTTATGATGGGATCCCTATAGCCAAAATTATCTTGAAGAATAGTTATTGTGAAGTAGGTTATTGGCATCATTAAGTAGTTTACCATCTTTTACTCTTGGGAAACTTAAGGGAGTGGAAATGATTGTTTAGCACAAAGGTGCTAATGCAGTTTCTTTGTTTCACCCTTAGTAATATTAAATGTCTGTGTTAATTCACATAAATAGGAAATTAATTATTGGTTCTTTGCATGTGTTTTTTATTTTTACCTTGAGTTATGATATGATAGAAGTCTGGAAATAGAAGATACCGAAGTATTTCTTCCAAGCTGAGAATGCTGATCAAAAGCTGATTTTTGACAGAAGTATCTGGGTGAAAGCAAACTGAGGGCTGGCAACCTGTTTATTTTGTCGCTAACTGCTTAGGCTTTAAGCCTTAAGCTGCGGAATGTAGGGGTGTGAAGTCATGAATAATGCCTGTAGGTATTGCCTTCTTTGTCCAGTCTGTTCCCTGCAGATGTTTCACTTTCCAGATTTTTGGGGGACGTTTCTACTTTATCTTGGAGTGGTGGACCTACTTATGTGCTGCTGTGGTTTAACAGGTATATAGAAACACAGGTAGAGAGAGTTTTTCACAAACTGTTAGTGTGAGCAACTTGAAAGTATCTGCTAGTTCTCAGATTCCTCCACTCCACATGGAGGATCTTTCAGAAGCAAAACTTTTGCCTAATTATACTACTTTATTTTTTTCAGGGACCACAGAAAACTGGCATGGTTTTTGCTGATTTTACTGGTATTTTATAGGTCTTGTATCCAGGAGTATGCCAACGTTTTGTTATTTCATTGTACTGTGCTTTGCTAGCTCTTTTCTTGTAGTTAAGGAAGGAAGACCTATGGGCTTTAGAAAAGGTGCTGCATTACTTGGAAATTTATCATTTCTTGGAAACTTGTCTTTGTTATAACATTCAGCAGCAGCTAGCATTATGAGTCCTCCTGAGCAATAGGGAGTATACCAAAACTTGTGCAATTGAAAGCTAAAAGACACATAATGTGGGTGCACGAAAGCTCCAGAAGGCAGTTTTATTGTTGGTTGGTTTTTTTTCTTTTTTAGATCTTAGTCTTTGTTACATCAGGGTGCTTGTGTGAATATGGAACTGCATCACACAGTGACTTGGGGAATTTTGTCCTTGACTTTCCCTGCTGACTCATTTCCTCCCCTAGTTCTGCAAGGACGAGGTCATCTGTCTCATTTCTGAATGAGGGGGATGGTAGCATCCCTGTGAGAAAATGTCTGGTCTACCTCTACACCTCTTGCTGCTATACTGCAGCAGCTTGCCTTTAATGTGAGTTCTTCTCTTCTCCCTCGGTTGGTCTTACTGTTGTGGGATCGACGTGCACCGTGGGAGAATGGTGAACGTCAGTCAGTACTGTAGTACGTAAGTTCTGGAGGCAGACAAAATCTGCATGGTTTTTAGTTTATCACCACCTCCTTGTATTGCACTCACTTTCTTCTTGGCAGAGCAGAGGGGGTGATGAAACGCGTTGACTGCTTGAAACTGTACTTCTTTTTTGGCTTCAGTTACTTTGTTAGTACTAGTAATAATTTGTAAGTATTTCTGGGAAGCTCTTTGGCATTTGTGTCCCTTTTCTTGATAGGATAATGGTTATAGCTCCCTGCTGGGGGTAACCAATGTATTTACTTTAAATGGTTTGTCAGATACACATGAAGATCTTACTCTAATCACTTGTCATTGCTCATAGTTCTGTGGAGTAGAGTTCTGGATGAAAAACATACTTTGTAATGCCTTTCTCTTAATCATTTGAGTGTGGTGGTTTTCTAAAAGAGATGTCAAATCAGTGTAGAACATAGAAAAATAGTTTTATACTGCTGAATGCACTCTTTCCATTGCAGGATGTGCTGCAACTACTTACAGCTTTCTCATCTTTTGTTTTCTTTCAG
Seq C2 exon
TCAGTGGCACGAAGGGTTTGTCTGTCAATGACTTCTTGTCTGGTTTGGAGAATTCTGGATGGCTGCGTCATATCAAAGCTGTGTTGGATGCTGCTGTCTTCCTAGTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000017112:ENSGALT00000027648:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.067 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF066029=Myotub-related=FE(12.8=100)
A:
NA
C2:
PF066029=Myotub-related=FE(10.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]