GgaINT0123152 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006706 | LOC419104
Description
NA
Coordinates
chr1:6224178-6287884:-
Coord C1 exon
chr1:6287795-6287884
Coord A exon
chr1:6224252-6287794
Coord C2 exon
chr1:6224178-6224251
Length
63543 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGAGTGAGT
5' ss Score
6.51
3' ss Seq
TTTATTATAATCCTCCACAGGCG
3' ss Score
8.34
Exon sequences
Seq C1 exon
GACATGTATACCTCTGAGAAACCTTCTCCAACAAGATACCTTGCTTCAACACCTGGTTTGGATTACATGCGAAGAAGTTTCCAGTCATGA
Seq A exon
GTGAGTAAATTTCTTTATTTAAGAAAAAAGAAACTGTGTGCATTTCAGAAGAACTGTACATCTGTTATGGGCTTTGGAAGGTAGCTCTGCCTTAAAAAGAGTCTATGAATTTTTTCTCTTCGTTTATTCAGTAATAAAAACTGAGATCTGGCAGGTACTATTTTTAACCGGCAAAACTGTGATCAATACGTGCTCTGTAAGGCTTGTTTGTTGGTAGCCTGGTGTCATTTTCATGAAGGTGAGCTCTAAAACAGGCTGATGTTTGTTGTGTGTGGGCTTTTTTTTTTTCTTTTCAATATAATTAAAGCATACAACTCCGAGGGGAGAATGTCTTGGGTTTCTTAAAATCTCCAAAAGATGTGAACATCCAGTAAATTCAAATAGCTGGTGAAAATCCAACATAAAATGAATGGACTTCATTTTATGGGAAAAAATAAATATATTGCTCAAATTCCAGTATAGAACTCTGATCCCAAAGGAATTTTGGTATGTGTTAGAAAGATATGAGCCTTAGGGAAGTGTGACTTAAGATCCCTTCTGACTGAAAAAAACACGAAAGACACCAGAAGTTTTGTTTTGGCAGTATCTGATGGTTAAGATGATTTCTTTTTATCAAACTGTTTCAAGTATTTGTATGTACTTCATAAGTTTTGTGGATTTGAGAACTCTTAATATAAACCTTGGCAGCAACATTACCTAGTCTTGCATCACACAGGAGTAATGCTTTAAGTTCATACGCGCAGGAATATATAAATAACAGCTTAGTTTCAACACGACTATACTGAATCTGTTAAAGAACGAGTATGTCTGCAGAATGATTGTATCCTGTGTTAGTAAAATAAGTCCATTTGCTTGTCTGGGTGGAAGTGACTAAAAGAAGCTTGTTGGCTGAATTTCTTGTCAAGCTAAATAAAAATAATTGTACTTGACATCTGAAGGAAGAAAGTAATGGAGTAAATCTTGTTTTATCTTGGCAATTAGCAATTCTTTCAGTAGCATTTTTTTGATGTTTGCTAAATTTTAGAGTTCATGCTGAGTGCAAATAGGATTCTATCTGTTTCACATATGGCTGTTCACATTTGTTTATTTTCTGATGTTTAATGTTTGCAGTCTTGCATAAATGACCTCTTTACAGGCAGTTTATTTGTGTACCTGAATATCCTGACTTGCCAAACACTGCTGTGTTAATCATAATTCATTTATAGAATGTCTCATGTGCTGTCACTGCCTAATGGTCTTAAACATAACAAATACATATGTGTCTTTTTACCTTTTAAGTCATAGTTGCTTTGTTATGTGTGACTCACTGAGGTACTGCTGTGATGATAGAGCTAAACAAACACTGTCATTACTTGAGCAAAACGCCTTTGATTTTGATGAGATTTTGACATGGTTTCAGAATGGAGAGTTTGCTTTTTATTAGGAGGAATGAATACCTTTGTTGAAAGGGAAGATAATGCAGCAGGGCTTCTGTAGTGAGTTATAATAATGGTAAGCAAAATGCAGTCTCTTCTTTGCAGGAAGAACGTTATGTTCCTGTGTTAGATTGGGTGTTTAAGTCTATTCTCACTGGTGGGCTTCAAGGACACAACTGAAGATGATATGGGTTAAAAAAAATCAGATATTTATATTCAGCTGCTCTTGGACTTCTTAACTTGTAGTTTGCTTCAGAGAAACTTGAACTACAAGCTCAGCATGCATAGTTTTAGGCTTCTCTTTACTAAATACCTCAATCTGCAATGTGTTTATTGTTTTAAGAATATATGCACTTCATCCTCTTGCCCATGTTGTTGACGAAGATGTTATGTGAATAGTGCCTGTCCCATCTCCAACTGGGAGTTGAGCCACTGACTGTGATTCTTGGAGTGTGACCATCCAGCCAATTTCTTGTCCGCTGAGTGGTCCATCTGTCAGATCCATGTCCCTTCGTTTTAGGGAAAGGATGTTATGTGGCGCTGGATGCTTTACATGAGTCCTTTTCCTGGTGTCAGTTGCTCTTCTCTTGTCCACCAATGCTGTAACCCTGTTATAGAGGGGGTTACAGCAGATTTGACAGGGGATTTGCCCTTAGTATAGTCATGTAGGCTGCAGCTGTCACCTCCTTGCTTTCTGTGTGCCTTAACATAGTTTCCTGGAGGATCTGCTCCATTAATATGCCAGAAACAAGTGAGATTGACGGGTCTGTAGTTTCCTGACTCCTTTTTTTCCCTTTTAAAAAATGGGGGTTGTGTTTCCCTTTTTCCAGTAGCTGAGAAGTGCACTGGTCTGCCATGACTTCTCAAAGATGAGCAGTAGCTTTGCAACTTCATCTGCAGTTCCTCAGAACCCATGGATGCATCTCAGAGTTCAAGGACTTCCATCCAACTCGGGGACATTCTGTGACTTGTGCTCCTTAAGGTTCCTTGGATGATCTCAAACCTGATCTCCCATGATGGTCAACTCTTCATGCTCCCAGTCTCCCCTGCCTTTACTTTCTGCTACTTGGGAAATGTGGCTAGAGCACTTGCCAGTGAAGGCTGAGGCAAAAAAATAAAGGGGTACTTCAGCCTTCTCCATACCTCTGTTATGCAAGTCTTCTGCTTCCTTCACTTGATTCAGCATACATTTTCACTGATCCTATCCTGTATTATTCTGTATCAGAGAAGCGTGGTGATGCAGTTGAGCATTCATGGTAGTTGTTTTTTGTTCTTGGACGATACAGGGAATCTCAAAACTGCTGAAACAAAAGTAGACTCATTCAAAGCTTTTATTCCTGCTGAATGCCTTTATAAATGCCTGTTTTCATAAATCGGACTAAGATTAATCCATATTTCAGATTACACTGTGACATTTTGTGCCCCATAGGACAGTGAAGTCGCATGCTTTAAGGGTGGGTAAGAGTATGCAGTGTAGCCAAGTTAAATAATCTTGATTTATTTTATACTTAAAGATAGCTTGTCAGAACAATCCTGACTGTGTCTGACCTGCCAGGAATGTCACACTGCAGAAGGAGTTGTTTTAATCTTTCCCATTTTCTCCAGTTGTTGACATTTAGCTACCAGAAAATGTGTGGTATTGTGATAAATTCTTATGATTATAAACTGTGCTCTTTATGTTTGGGAGTTTTCCTGTGCTTTCTTCTTTGAAGAAAGGTCAGTGCAATGAGCTCAATTAGCAAACAGTTAAAGTAAGTGTTAGTATGTACTGTTGCAACAAACTGCTGACATCCTCATTTTTTTCCCCTTTAAATGCACAGGATGTGGTGCCAACTTCTTTTCCTTTTTTAATTCTGCTGCCACAAATTCTAAATAATAATTCTTTTCTGATTTTTTTCTGCTGTTAGTTTTGTTTCCCACACCCTAAAAAAATATGCAGTGCACACCTCTGGGCAGTGAACCTGCTATTCTTTGTGCTTGAGTATAATTTGTTTTCTTTGTGATTGTCTGAGGGCAGGAGCACGTTCCATGTGTTTGGAGAGATGCTGTGCAATGTAACCTTATAGTTTGGAATCGGTCAGTGTGGTCTGGTAATGAGGTGGGAAACTTTGCTTTACCAGTTCAAATCAAGACCACGATGGTGTGATTAAAGGCTGCCTCTGTCTGATGGCAGGTTGTCTCTCTTGACCTCTCATTAGAGCTGGCTCTGTAGCTTGTGTTCATGGAGGGAACTATTGGTTTTGTCACTGAAAAACAAAAAGTGGAACACTTTTGTTTTCCTCCCTTCTTTTGCTTTCTCATAGAGTGTGTAAAGAAATAGATTTGGCTGTCGGTTTCTCTGAGTAGTAAACTTGGGAAGTAAAACAAATGACCTAGTAAGGCCAACTTTACATAAGTATGCAAGTGTGCATTATTATTTGTTTTTGCAACTGAGAAAAGTCTTTAGAACTCATGCAGAACTTCCTAGGCTGAGAAGAGTCTGGTTGAGGTTGGAGGTGAGGGGGGGAAAAATGGAACCAGTTTGCCCTCCTTGTGTGCCAGAAGAGATCTGCACTGAACTGAGCACTGAGACAAACTGTTCAGAAAACAAATGCTGATGAACGGGCGATGTTCTGTGGCATCACGAAGTGCAAGGTGATTGTGCGCTTTGGAAAGGGTGTTGCAAGTAATTGTAAAGCTGATTAGTAGTTATGGGTTGTTTTCAATGAGCTGAGATTGAGAGACGGGATAAGTTCTGATTCATACACAAAATTGCGTGCTGGGGAAGGAAAATACAAAAGTGAGCCAAAATAAGTTTCTAATGAATATCTAAGGGATGTCAGATTATTTTAATACCTTACAGGCTAAGACTTTTAGGTTTTTTTGGTTGAACTAAGAACTCTAGATGCCCATTCATAAAATACAGGCCCGTAGACACAATCTGCAAGTATTTTCTGTACCAGTTGTTCTGATTTCATAGTATAATTATTTCTAGTCTTTAGTAATAGTGTCTTTGGAGAAATATGGACACTATTGCCTCCTGGGTTATCTGTACTGAAATTTGAAGTAGTAGTTCTTCAGTTCTTCATGGAAAACTGATGCAAGGTATGAAACTGGCAGTTGGGAGAAATGCTTTCTGCTCTCAGTCTTGCTTCACTGTTATTTCTTGTCAATATTTTTTCTGTTTTCCAGGTACTGGTAGCTAATGCCATATATGCTGTGCCTGTCCTTGATGGTGCTGCCAGTCATACGCAGGGAGGCAAAAGTGCTGTAAACGGTTTTCTGACTTGAAGTGCAGATATAGAGGTCGCAGTTAATGAGTCAGAAGCTTCTGTCAACTTGCAGAAAAGCTTTTGATGCAGTTGAGTTTAGTGTGAAAGGTCTGGCTTGTAGGGACAGCCAGGAGTGAAGTGAGGGTCTTCCCCTGAAAGGGTTGTTAAGCACTGGAATAGGCTCCCCAGGGGAGGTGGTTGTGTCACCATCCCTGGATGTTTAAAAACCATTTGTATGTGGTGCTCAGGGACATGATTTAGCAGAGGGTTGTTAGACTTAGGGTAGTATGGTTAGGTCATGGTTGGACTCAATGATCTTTAAGGTCTTTTCCAA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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]