GgaINT0123152 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006706 | USP6NL
Description
USP6 N-terminal-like protein [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001026011]
Coordinates
chr1:5954882-6004911:-
Coord C1 exon
chr1:6004822-6004911
Coord A exon
chr1:5954956-6004821
Coord C2 exon
chr1:5954882-5954955
Length
49866 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGAGTGAGT
5' ss Score
6.51
3' ss Seq
TTTATTATAATCCTCCACAGGCG
3' ss Score
8.34
Exon sequences
Seq C1 exon
GACATGTATACCTCTGAGAAACCTTCTCCAACAAGATACCTTGCTTCAACACCTGGTTTGGATTACATGCGAAGAAGTTTCCAGTCATGA
Seq A exon
GTGAGTAAATTTCTTTATTTAAGAAAAAAGAAACTGTGTGCATTTCAGAAGAACTGTACATCTGTTATGGGCTTTGGAAGGTAGCTCTGCCTTAAAAAGAGTCTATGAATTTTTTCTCTTCGTTTATTCAGTAATAAAAACTGAGATCTGGCAGGTACTATTTTTAACCTGCAAAACTGTGATCAATATGTGCTCTGTAAGGCTTGTTTGTTGGTAGCCTGGTGTCATTTTCATGAAGGTGAGCTCTAAAACAGGCTGATGTTTGTTGTGTGTGGGCTTTTTTTTTTTTCTTTTCAATATAATTAAAGCATACAACTCTGAGGGGAGAATGTCTTGGGTTTCTTAAAATCTCCAAAAGATGTGAACATCCAGTAAATTCAAATAGCTGGTGAAAATCCAACATAAAATGAATGGACTTCATTTTATGGGAAAAAATAAATATATTGCTCAAATTCCAGTATAGAACTCTGATCCCAAAGGAATTTTGGTATGTGTTAGAAAGATATGAGCCTTAGAGAAGTGTGACTTAAGATCCTTTCTGACTGAAAAAAACACGAAAGACACCAGAAGTTTTGTTTTGGCAGTATCTGATGGTTAAGATGATTTCTTTTTATCAAACTGTTTCAAGTATTTGTATGTACTTCATAAGTTTTGTGGATTTGAGAACTCTTAATATAAACCTTGGCAGCAACATTACCTAGTCTTGCATCACACAGGAGTAATGCTTTAAGTTCATACGCGCAGGAATATATAAATAACAGCTTAGTTTCAACACGACTATACTGAATCTGTTAAAGAACGAGTATGTCTGCAGAATGATTGTATCCTGTGTTAGTAAAATAAGTCCATTTGCTTGTCTGGGTGGAAGTGACTAAAAGAAGCTTGTTGGCTGAATTTCTTGTCAAGCTAAATAAAAATAATTGTACTTGACATCTGAAGGAAGAAAGTAATGGAGTAAATCTTGTTTTATCTTGGCAATTAGCAATTCTTTCAGTAGCATTTTTTTGATGTTTGCTAAATTTTAGAGTTCATGCTGAGTGCAAATAGGATTCTATCTGTTTCACATATGGCTGTTCACATTTGTTTATTTTCTGATGTTTAATGTTTGCAGTCTTGCATAAATGACCTCTTTACAGGCAGTTTATTTGTGTACCTGAATATCCTGACTTGCCAAACACTGCTGTGTTAATCATAATTCATTTATAGAATGTCTCATGTGCTGTCACTGCCTAATGGTCTTAAACATAACAAATACATATGTGTCTTTTTACCTTTTAAGTCATAGTTGCTTTGTTATGTGTGACTCACTGAGGTACTGCTGTGATGATAGAGCTAAACAAACACTGTCATTACTTGAGCAAAACGCCTTTGATTTTGATGAGATTTTGACATGGTTTCAGAATGGAGAGTTTGCTTTTTATTAGGAGGAATGAATACCTTTGTTGAAAGGGAAGATAATGCAGCAGGGCTTCTGTAGTGAGTTATAATAATGGTAAGCAAAATGCAGTCTCTTCTTTGCAGGAAGAACGTTATGTTCCTGTGTTAGATTGGGTGTTTAAGTCTATTCTCACTGGTGGGCTTCAAGGACACAACTGAAGATGATATGGGTTAAAAAAAATCAGATATTTATATTCAGCTGCTCTTGGACTTCTTAACTTGTAGTTTGCTTCAGAGAAACTTGAACTACAAGCTCAGCATGCATAGTTTTAGGCTTCTCTTTACTAAATACCTCAATCTGCAATGTGTTTATTGTTTTAAGAATATATGCACTTCATCCTCTTGCCCATGTTGTTGACGAAGATGTTATGTGAATAGTGCCTGTCCCATTTCCAACTGGGAGTTGAGCCACTGACTGTGATTCTTGGAGTGTGACCATCCAGCCAATTTCTTGTCCGCTGAGTGGTCCATCTGTCAGATCCATGTCCCTTCGTTTTAGGGAAAGGATGTTATGTGGCGCTGGATGCTTTACATGAGTCCTTTTCCTGGTGTCAGTTGCTCTTCTCTTGTCCACCAATGCTGTAACCCTGTTATAGAGGGGGTTACAGCAGATTTGACAGGGGATTTGCCCTTAGTATAGTCATGTAGGCTGCAGCTGTCACCTCCTTGCTTTCTGTGTGCCTTAACATAGTTTCCTGGAGGATCTGCTCCATTAATATGCCAGAAACAAGTGAGATTGACGGGTCTGTAGTTTCCTGACTCCTTTTTTTCCCTTTTAAAAAATGGGGGTTGTGTTTCCCTTTTTCCAGTAGCTGAGAAGTGCACTGGTCTGCCATGACTTCTCAAAGATGAGCAGTAGCTTTGCAACTTCATCTGCAGTTCCTCAGAACCCATGGATGCATCTCAGAGTTCAAGGACTTCCATCCAACTCGGGGACATTCTGTGACTTGTGCTCCTTAAGGTTCCTTGGATGATCTCAAACCTGATCTCCCATGATGGTCAACTCTTCATGCTCCCAGTCTCCCCTGCCTTTACTTTCTGCTACTTGGGAAATGTGGCTAGAGCACTTGCCAGTGAAGGCTGAGGCAAAAAAATAAAGGGGTACTTCAGCCTTCTCCATACCTCTGTTATGCAAGTCTTCTGCTTCCTTCACTTGATTCAGCATACATTTTCACTGATCCTATCCTGTATTATTCTGTATCAGAGAAGCGTGGTGATGCAGTTGAGCATTCATGGTAGTTGTTTTTTGTTCTTGGACGATACAGGGAATCTCAAAACTGCTGAAACAAAAGTAGACTCATTCAAAGCTTTTATTCCTGCTGAATGCCTTTATAAATGCCTGTTTTCATAAATCGGACTAAGATTAATCCATATTTCAGATTACACTGTGACATTTTGTGCCCCATAGGACAGTGAAGTCGCGTGCTTTAAGGGTGGGTAAGAGTATGCAGTGTAGCCAAGTTAAATAATCTTGATTTATTTTATACTTAAAGATAGCTTGTCAGAACAATCCTGACTGTGTCTGACCTGCCAGGAATGTCACACTGCAGAAGGAGTTGTTTTAATCTTTCCCATTTTCTCCAGTTGTTGACATTTAGCTACCAGAAAATGTGTGGTACTGTGATAAATTCTTATGATTATAAACTGTGCTCTTTATGTTTGGGAGTTTTCCTGTGCTTTCTTCTTTGAAGAAAGGTCAGTGCAATGAGCTCAATTAGCAAACAGTTAAAGTAAGTGTTAGTATGTACTGTTGCAACAAACTGCTGACATCCTCATTTTTTTCCCCTTTAAATGCACAGGATGTGGTGCCAACTTCTTTTCCTTTTTTAATTCTGCTGCCACAAATTCTAAATAATAATTCTTTTCTGATTTTTTTCTGCTGTTAGTTTTGTTTCCCACACCCTAAAAAAATATGCAGTGCACACCTCTGGGCAGTGAACCTGCTATTCTTTGTGCTTGAGTATAATTTGTTTTCTTTGTGATTGTCTGAGGGCAGGAGCACGTTCCATGTGTTTGGAGAGATGCTGTGCAATGTAACCTTATAGTTTGGAATCGGTCAGTGTGGTCTGGTAATGAGGTGGGAAACTTTGCTTTACCAGTTCAAATCAAGACCACGATGGTGTGATTAAAGGCTGCCTCTGTCTGATGGCAGGTTGTCTCTCTTGACCTCTCATTAGAGCTGGCTCTGTAGCTTGTGTTCATGGAGGGAACTATTGGTTTTGTCACTGAAAAACAAAAAGTGGAACACTTTTGTTTTCCTCCCTTCTTTTGCTTTCTCATAGAGTGTGTAAAGAAATAGATTTGGCTGTCGGTTTCTCTGAGTAGTAAACTTGGGAAGTAAAACAAATGACCTAGTAAGGCCAACTTTACATAAGTATGCAAGTGTGCATTATTATTTGTTTTTGCAACTGAGAAAAGTCTTTAGAACTCATGCAGAACTTCCTAGGCTGAGAAGAGTCTGGTTGAGGTTGGAGGTGAGGGGGGGAAAAATGGAACCAGTTTGCCCTCCTTGTGTGCCAGAAGAGATCTGCACTGAACTGAGCACTGAGACAAACTGTTCAGAAAACAAATGCTGATGAACGGGCGATGTTCTGTGGCATCACGAAGTGCAAGGTGATTGTGCGCTTTGGAAAGGGTGTTGCAAGTAATTGTAAAGCTGATTAGTAGTTATGGGTTGTTTTCAATGAGCTGAGATTGAGAGACGGGATAAGTTCTGATTCATACACAAAATTGCGTGCTGGGGAAGGAAAATACAAAAGTGAGCCAAAATAAGTTTCTAATGAATATCTAAGGGATGTCAGATTATTTTAATACCTTACAGGCTAAGACTTTTAGGTTCTTTTGGTTGAACTAAGAACTCTAGATGCCCATTCATAAAATACAGGCCTGTAGACACAATCTGCAAGTATTTTCTGTACCAGTTGTTCTGATTTGATAGTATAATTATTTCTAGTCTTTAGAAATAGTGTCTTTGGAGAAATATGGACACTATTGCCTCCTGGGTCATCTGTACTGAAATTTGAAGTAGTAGTTCTTCAGTTCTTCATGGAAAACTGATGCAAGGTATGAAACTGGCAGTTGGGAGAAATGCTTTCTGCTCTCAGTCTTGCTTCATTGTTATTTCTTGTCAATATTTTTTTCTGTTTTCCAGGTATTGGTAGCTAATGTCATATATGCTGTGCCTGTCCTTGATGGTGCTGCCAGTCATACGCAGGGAGGCAAAAGTGCTGTAAACGGTTTTCTGACTTGAAGTGCAGATATAGAGGTCGCAGTTAATGAGTCAGAAGCTTCTGTCAACTTGCAGAAAAGCTTTTGATGCAGTTGAGTTTAGTGTGAAAGGTCTGGCTTGTAGGGACAGCCAGGAGTGAAGTGAGGGTCTTCCCCTGAAAGGGTTGTTAAGCACTGGAATAGGCTCCCCAGGGGAGGTGGTTGTGTCACCATCCCTGGATGTTTAAAAACCATTTGTATGTGGTGCTCAGGGACATGATTTAGCAGAGGGTTGTTAGACTTAGGGTAGTATGGTTAGATCATGGTTGGACTCAATGATCTTTAAGGTCTTTTCC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Seq C2 exon
GCGCAGATGCCGAGCAGGATGCTGCTGTCAAACTTGCCCAAGAACGAGCAGAGATAGTTGCCAAGTATGACAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006706:ENSGALT00000010845:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=0.073
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]