MmuINT0172065 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000039046 | Usp6nl
Description
USP6 N-terminal like [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2138893]
Coordinates
chr2:6257414-6312168:+
Coord C1 exon
chr2:6257414-6257505
Coord A exon
chr2:6257506-6312100
Coord C2 exon
chr2:6312101-6312168
Length
54595 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGAGTAAGT
5' ss Score
8.82
3' ss Seq
TAAATGTGATCTCTCCACAGATT
3' ss Score
9.82
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTCCGACCAGGATGTAGCACTCAAACTTGCTCAAGAACGAGCTGAAATAGTTGCTAAATATGACAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000039046-Usp6nl:NM_001080548:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: