GgaINT0124066 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004088 | FNBP1
Description
NA
Coordinates
chr17:6309377-6317422:-
Coord C1 exon
chr17:6317240-6317422
Coord A exon
chr17:6309392-6317239
Coord C2 exon
chr17:6309377-6309391
Length
7848 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGT
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TCTCCAATTTTTACATGAAGCTT
3' ss Score
4.45
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTATGTCCCTTTTAACATCCCCCCATCAGCCCCCTCCTCCTCCCCCTGCCTCTGCCTCACCCTCTGCTGTTCCCAACGGCCCCCAGTCTCCCAAGCAGCAAAAGGAACCCCTCTCCCATCGCTTCAACGAGTTCATGACCTCCAAACCCAAAATCCACTGCTTCAGGAGCCTAAAGCGCGGG
Seq A exon
GTAAGTTCTCCTCTGGATACCTCTCTTTCTTTCTTTTCTTCCTTTCTTGCGCTTTTATATTGCACGTTCTGTTATGTAAAGACTTGTTTTGTTTGGTGGATGAGTCCCTTGTGTTTTATCATCACATGCAGACAAATCCAAGGAATCCCAACCTGTAAAGTCATTTGCAGTCAAAAGCCCCACAGTGAAACCACAAAAAGTACAGTTTCTGATAGATGTGGCCCATTCCTTTTTTTTGGAAGGAGGGAGGATTATCCAATGTGTAGAAAGAGCAGCTGAACTAGAAGTACTATTCACAGACAGGTCACAAATCATTAATTTAGCAGCTCTGCATACACCGCTGTTCAGAATTGCAGGTCTTTTTCTGGCATTTCCTATGAAGTCAACAGATTTTTTTTTGGTGCCTGAACTGACTTTCACTTCCCTGTGCTATGGTGCACATGGTTTAAAATTGTATTCTGTGTGCAAAGCTTATGGTCAGACAGACATGCTCTGAAACACAGGTGGGAGGTTTTGAGGGGTTGGGGTTTGGGCCTTTCCTGCCAGCAGCTGGAGCAGAGAGGCTGGAAGCCTGTGGCTGACCATGGGGATCCACCTGGGTGTAGATGGAGATAAATCAGCTCCTTGTGACACAACACCAGCACTGCAAGTTGATCATAGCTTTCTTCTGAAATAAACCTTTCTTTTTTTAAAACAAAGAGAATGTTTTTTTCTTCGTGCAAGCCCATGTGTGGCACAGCTGTGCTCAGAAGCTGCTTGTTTACTGCTGCTTTGGCTCTTAGGTTTGGGTCCTTAAAAGTAGTATTGAAAAATTCACAGGAAGGAGCCACAACTGTGCAGTACCTTACAGCCCACACTAAAAAACACGTTTTAGCTTCGAGGAAGTGTAACTGCTTAAAAAAGCCCAAATTCTGCTCCAGGGACTGCACTGACATTTAGGAATGCGGACTGGAGTTGTTTAACAGTAGAGCTGATTTCAGTGGGGGACTTCAGTGGTTAGTCACAGGGAATTGAAAACACTGCTGTAAACAGTGTTTTCTCTAATCTGGTTACAGGCAGTAAATTTAAAGAAAAGTTCTTTTTTAATGTAGAGCAGTTTTTAGTTCTTTTCTAAGGAACTGCCATTTCATGATGAATTCAGTGTAGGATCCAAAAAAACCCATTTCTGATGCTTTCTACTGGGGATGTGGGTGGTTTCTAAGTTGTCCTAAGGAAGTTTGGTAAATGCCTTCTCTTCTGAGTTGCAGTTTGGTTCACAGCATCTCCTCTTTTAAGCTTTCAAGGGAGGGGGGAATTGCCTTTCCGTCCTGCTTCTGTAGCAGCAGGTGTCTCAGCACTGCTCCTGGCAGCCCTGTTTGTATGGGGTAGCAGTGAGGCACATGGAGAGAAGGGCACTGCTGGAGGTGGGAGCTGACACTGACCTAGTCCTCCAGTAGTGCCATTCACTGAACTGATTATTTAAAATAATGCTGAATATTTCTAGTTCAGTCTAAAAATACCAGCTTATAGTTCCTTGGGCAGTGCGTGAGCTTGTATTTCAAATGTACTAACTCTTATTATTTGGCCTCATAAGCAGTTATGACTTCTAATATTTGCCTGAAAAAATGACATAATATAATGTGCTAACTGTCTGAGAAGTCTAAGCTAAGTCTGAGTCTTACAGATGCTTTGTACTGTGTTACTTTTAGTTGGTTTGTTTGAAAAGTGAAATAATGAGAACAATTTTCTCTGGCTTTCTCTGGAATCCTTCTAATTTCTGCTGACAAGTTCATTAAAAATGCAAAAAGGAAGGCTGTTGCTAAATCTTCATTTGAACCTTTCGCTGTGTTCTCCTTCTTCATTTCCTTCCCCTGTTAGCTACCAGGATGTTTGTATGTAAACAGTTTTGCTGCCTGACTCATCCAGCAGAGTTGGAGGCCACCGTTCAGATCATCGTGGCTTTTTCCAGAGAGATGAATTCAGGCTGCTTAGTTCATCTAGAAGTATGGAGGAGGAGAGGCTGCTAGGAGCTGGCAGCTCATTCTGTCTGCTCTGAGAATGCTGTTGATGTTTCATGGGCCCTTGGTGATTTTTGTTATACACAGCGTCAGACTGAAAGGTCATGGAAGTGCTTAATGATCTTTGAAAACAAAATTCTAACCAGATGCACCCCAATCTCATTTATTTGTCAGATGAAAAACGAGTTATTGTAATTTGTCTGATGTGGCCCTCTTCATATTCAGTCCAGCTGGATAATATTGTTAATTCCGCTTTTACAATATTACACTTGATAAGATTTCCTTTTCTCAGTTCCTCTCCATCTCATTGTCCCTCTGCCAGACCCGAGGACATCTGAATTTTGCTCATGAGCAGTAATGTTGCTAATGCTGCACTGAGATCTTACCAAAGAAATGAGAGAGGAGGAGGTAGGGAGAAGCTGTCAGTGCAGAAGAGTATTTGATCTGTACAGGAACACATTAGCAAAGCAGCTTTTGGGAAGGTCGTGCAGGGAGCCGGCAGAGCAGTACAACATAATGGATGTTTGGCTTTGGACACAATAATTTCATCTGCTCTGAATATTGTCTCTGCACTGCTGGTTTTGTTCAGCCGAACACCTTGCAGTACAGGTGGCCATGGGAGATTTAAAGTACTTAAGTAATTAAGGTTATTTTAGGTTGTTCAAACAATTTGTCAAGAAGAGGGTCCTTTCTTTGATAAACTGAGCCGTTAATGCCTGCAAAGGGTCATGCAACAATTTGTTTATTTCGGAGGAAATGGGATCGTACTCCTTTCTTTCCCTGGTTTAAAGAAGAGGAGCATGGCAAGGAACTACTTAATGTGAACACAACTAATAGATAACAGAAGTGTAATGGGATAAACACAGCAGAACTACACCCTGTATGTAACCAGTCCTTGGAATGTGAGGCAGTGATCCTCATACAATTCCTTCACAAAGTCCTTTTGAGATTGCAATGAGTGTCAGTCTGTTTTAGTGATTTCCTTCCAAGTTCTGCTTTAGCATCTTCTGTTACATTTGGAGAGAGAGATTACAAAGCTGAAGTGGAAAAGGCACTGCTGACTGTTGAGTTGTGTGGGTAACGTTATGTCCTGCACTCAATCTGGCTTTAGTTTTGCTCCCAGTCTAAAAATCCATTGAGTTTTGCTTTCATGGAAGAAAGCAGATATCAGAATGGCAGATGTGAGGTTGATGCTATTGGTTGATGCTATTGGTGCATCAGTGATCACTGCCAGCGTGAAATCCTGGTCTGTTTGAAAGAAAAACAACAGCACTTACGTTGGTGCTGACATTCGTCAGTGTCTGTGGTTTTCTAATCGTGTTCTCATCTTTTCATCAAACTTACTTTCTTCTAACCCCAAAAGCAGAAATGTCCCTTATAAAGAATCATTAAAACCCGTTACAGTGCTTACTGAAGATCGGAGCTGAAAGAGGGAAAGTCTACACAGGGGTTTTTTTAGCACTGTTTCTAATAACTCTTTAAAAGGACAAAATCTAAAAATTAAAAACAAAAACAAAAAACCACAAGTCAGTGCTTAAGATGAGCTCTGTCTCTTTAGGGAAGTAAAATCCAGAAGAGCACAAAAATGAGGAACCACTTACATAAGTCATAATTTCATTTATGCTTGCTCTGCTTTTTCTAATTCCATTTTGAGGATGAAGGAAATGTAGTATTCTGCTCGTTGAAATTAATGTTGTGTTTTTGCTTTATTGCTACACCGACAGTAACATCAGCGCCTTAACTTAAAGAGCAGTACTTTAACTAACCAAATCCAGGGGTAGAACTTACACCCTTGAGCCATTGCGTGCATTGCGCCGATTTGCTCTGTGTCACCATTTGGACACTGGATTGTGGTCAAACAGGAGATGGCTCTGGGAGCAAAGGCACAGATAGTGCTGTCATTGCCCACACAGCTCCATAGGGTCCAGCAGAGGGATTTTTGTGGTTTCCTTTTGAAGTGGAAGTTGTTGACTTCATTACAATGTAACTTCATTTCCGTTGCATCGGTTAACGTTTTCCCTTTCCATCCTGTCTCGCTTCCATGATGCACTGTGCACCTCTCCCTGACACCTGTAGTCCTGCCCAGGGCCCAAGACCTGGTTGTGCTGTGACTGTGCAGAAACACCAACCAAACCACACCAGCTCCCCACCTGCTGTGTTCCCTGCCCAAAGGAGTACTCTGTGCTGTAATGCAAATGTGTGTGTGTGTGCCAAAGCACCCGGGCTTGGGCGGGAGGGGTGGGTAAAGCCAAGGTTGTCCTAGCACAGAGATTTTATCTCACGTGGCATGTCTAAGCTAGCCTTTGAGATATAAGTGTTGTAAAAATGCTGAACTCGATTAATGCTCACAGAGCATCTAGCAAGCTTCCACTTTGCACTTAAAAGCTATTAAATACCGAGCTGTCTTTTGCTGTAGAAGCAGTAAACACGGGTGCTGTGCTGGTCTCCACCGTAACGGATGTGTTTTCTCTTGCTGACTCACCAGCAGACACAGTCTTTGTATTTTCACAAAGAACTCATGAAGAGGACTTTAGGGACACCCACGTGTGCCATTGAGGCTAGGGAATACGTTGTAAGTCCACGTATGGTGTGATCAGCCCATACCGTTGCTGCACAGTCGCTAACCCCACTTACAACGCCCTGAGAGTGTGCTGTGGAGATGTGCTTTGTGAAAAAGAAATGGGAAACTGCAAACTTGGTGAGAGACAAGCTGCAGCTGACTGTTACGTGCAGGAGAGACTCGTCTGCTAGGCCTGGAAATGCTGAAATTCACACTCCTCTTGGAACCGCTGAAGGTGTGCTTGGCTGTAAAATAAATAGAAAACTAAAAATCATATTCTAAATTTGTTAGCTTGTAAGCTGAGCTGCTTTTGCAGCAAATTTCTTCTGCGTAAAAGTGCTCCAGGTGGGTTCCTTGCATTCATTCTAAATTATTTTATGAATGCAGTTTGACCATGGTGAGCCAGCCCTTTGTACATGAGCGGTAGGGGCACATCCCCGGCC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Seq C2 exon
CTTTCTCTCAAGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004088:ENSGALT00000006504:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.689 A=NA C2=0.200
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF122293=PG_binding_4=PU(15.2=24.6)
A:
NA
C2:
PF122293=PG_binding_4=FE(4.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]