GgaINT0125231 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008736 | PNPLA7
Description
NA
Coordinates
chr17:2032083-2043464:+
Coord C1 exon
chr17:2032083-2032196
Coord A exon
chr17:2032197-2043403
Coord C2 exon
chr17:2043404-2043464
Length
11207 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
CTCTTGTCTCCCATTGCTAGGTT
3' ss Score
9.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAGAGGCACTAACCCATCAGCCTAGAGCCACAACAGTTCATGCCGTCAGAGATTCAGAACTTGCCAAACTCCCAGAGGGAGCCCTGACATCTATCAAACGCAAATTCCCCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGTGACTAGGCTTATTCACTTGCTGGGCGAGAAGATCCTTGGCAGCCTTCAGCAGGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008736:ENSGALT00000014216:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.079 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002724=cNMP_binding=FE(40.7=100)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]