GgaINT0125233 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008736 | PNPLA7
Description
NA
Coordinates
chr17:2045611-2053668:+
Coord C1 exon
chr17:2045611-2045769
Coord A exon
chr17:2045770-2053604
Coord C2 exon
chr17:2053605-2053668
Length
7835 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGA
5' ss Score
8.91
3' ss Seq
GAACCACTCTGTTCTTTCAGGTC
3' ss Score
10.46
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCAATAGGCCATCCTTTTGGATTGCACAGCCCAAGCAGCAAATGGGATGCCGGAAATCCTGCCAGCAATCTCTCCACAATAGCAATTATGCCGGTGTCTGAAGAGGTGCCACTCACTGCTTTCACTCTGGAGCTCAAGCATGCTCTTAGTGCTGTGG
Seq A exon
GTAAGAAGTGTTTATGTGTTACTGCATCATGGGAAATAAATGCCTCTTATCTTTTCAGAGAAGTATAGCCAGGTACCTGTCAATCAGTGGTGGATTCATGCTGCATTTCGGAGGGGTAGCCACATAGCAGTGCTCCAGATGAGATCTTCTAATCTTTCTGCTTCTGACTCACTCTCCTTCTATCCTTATCATGTTTTCTTAACATATAGTGGAAAGTACTGTGGCCTCGATTACTCAGAAAGATTATCTGATTTATGTGACCTGTTGCACTCCTAAGACTGCAGGTACTTCAGCAGATGAGTGCCCGCACTGTCCTGCTCCCACAGTGCCTGAGAGTTCAATTTTTTTCTCTCTTAAGTGTGAGCCTCTTCCAGACTTTCTTAGCTGTACAGCTTGATCCCACGAAGGATTTCTCATACAATTTTCTGTTGTTAGCTAAGTTGTAAGTGGCAAACGTAAGACTGGATAGAGAGAAGGCTTGCACAGGAGATCCATCCAGGTTGGCACTGGAATTCTGAACAGTCCTAAATCGTGCCTTCCTACACTGGCTTACTTTTTGTTGCCAGCTTGTCTGTCTTGTGCTCACAAAACCATGTATTCAGTTCTCAATTGATTCATTAATTCCTGTATCAATTGCTGAAGTTGGCTGTGCAAGCTCCAGTTGCTCACACCTAATTCACAATTCAGTTCATGCTTCACTACAGTTTGATATTTCCTGAACATCCATTTTTCATCCTTATATGCTATCATAGATCTCAAGTAAATCTCCTGTAGTTCTTTGAATTGGACCTCTGCTGTCGCACAGCTTAATATTTTGAAAAGTACAGGTTACATGATGCTTGATCTATAACCACTTAGATTTATTTAATGGTTATTTCCTTTCTTGGCCTTAAGGGTATCTGGCACTTAGGGGAGTTGGCACCTACTATTCTGTTTTAAAACATAGGTGAGCAGGCAAAGGGAAATGTGGTTGGTGTTTGAGCTCCTTCACCTTTAGAGATATAAATTTGCATGCGTTTATTGCGTTGCAGTGAGCACTAATTTGTGGCTGTTTGAAGATTCCTTTTATTCTGGGGAGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTTGTAACAAAGCACAGATTTCAGCCATAGCTATATTGCTAATGGGTACTTACAATGGATTGTTGCCAGCTTGTTTTGATGGGCGACAGCACTGGGAGCCTGTAAATAAAACAAACCGAGATTAAGTATTTAAAGGACTATTCAGAATAAAAATAACCCTTCTAGTTGAAAGCAACCAGAACTTAACAAATGGGGGGTTTTGTTTTGATCACTCGGCCTTTTCTTGTGCACCCTTCATTTTTATTTTCTGCATCTAAACTGACGTCTGTGTAGTACTTGGCAGCTATAGATAGTATACAACCTTGGCATCTGAAGTTCTTGCCAAGATGGAGCAGACGGCTGCAGTGGGAAGAGGAAAGTGTTGTGTGAAAACACAGCTAGCCATATGGTCCAAAACACAGCTGGTAGACCAAGCTCTCTAGCCTCGATAGCCCCTCTTCGTCAGGTCAGCCTGGTGTTTATTCAGCCCACAGCTCTTTGAATCAGTGGTTAACCTTCTGCCAATGGTTTGTTGTGTGTTTGTATACTGTATAGCTCTGAGGGTCTTTTTTTTTTAATGCAGGCTGTATTCTATTCTTTTTATTTTTATTTTTTAGCAGCGTTTTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTCCTGATGCTTTTGTGCTTTCTGCTGAGGCTGTAGGTTGTTTGAGTGTTCTGTACTGATGCGTGACAAATGGTCTGAGCACGTGAAGTCAGTGCTGTGAAGCAAAATCTCAGTGTACTTTTGGGTTTTCTTGGTAGAGTTGGAACTGTCCGTTTTACACGAGAGGAACTCAGACACACTGTGTGGAGAGATTTGGATTAGGTCCGCAGTGAACAGCTATTGTATGGGAACTCAGTGTCTTTGTGAGTGCTTACCTGCCTCTGACTTTCATAGTGGTGAATTACCACTTGGGTCTGAGCTGTGAGCTATGATTAGATGTTAAACTTAATTATGAAATGAGGGGTGTTATTTAAGCCTTCTCAAGCACATTAACTGAAGATCTTTCTCTTTGGAATGTCAGCTTGAGTGAATATATGTTCCTAGTTCTGAAAATTAGAGGTTTCTCTGTGTAAGCTTGCTGCTTTTCATCAGCACTTGTTGCTTATTCTCGTTTTCTCTTGGAAGGAACTTGTTGGTAAGCTGTAAATTGAGATGTTTAAGGCTTGGTTCTTGTTGTTTCATTGATCTGGTCTTGAAATATGTTCCAGAGCAACACAGAGTAGCCTTGGTGTGTAGGAACTTGTATGGGGCTAAAGCAGCTGGTTTTCAGTTTTCTACTGCAACTTAATATATTTTTTATAAAATTCCTTTGTCTTCCCATAATATTAATTTAGATGGATATTGTAGCAATGCCCTTACTGCAGGTTAGAGAAAAGAGAACAGAAATTAGAATAAATGCAGTAATTCTGAAATGACTGCCAGAACCATAATGAGCTATCACTGCAGGAGATGGTAACTTGTGGGGGAAGTCTGCCCTTGCTGCAGGCTGACCTTCATCCTGGGGTGAGTGGTCTGTCTGTAGGTTGGGTTGTAACAAAACCTGCAAGATGAGATTAGGGGATGCTTTTCTTTCCTTGGGACTGACATTAGAAGGCTGTTTCCAGTGCTGTGAGTTGGAGCTTGTTGCAGCAAAACCTGTTTAATGGTTTTGAGTTTTTATTTATTTTATGACTACTTTCATCTTATTAGAGGAGTGTGATAGTAATAACAAAGAGAGTATCTCAGTCTGGGAGAATCGATGTTAGTAACAGCATGAGTTAATCTATATTGTCCACAAGAACGGAAAAGTGAAGTAGAAATTAATTCACTGATAATAAGGCTTATTACATTATTCACAAACAGTTGGGTTTATAGGTTTGTTACTTGAATCTATTATGTTGATTTAGTATTTAAATTTGTAGTGGAACCAAGTGATGTCCTGTCCAGGCTGGGCTCGGTTGGTCTTTTGACTATAGGCATTGCTTTATTTTTGTAGTATTTTGAGGCAGACAGTAAAATAAGCTTATCTCTTTGGTTGGGGTCTGTGTTCTCCCTGCTGACCCCATCAACTGGCAAAACAGGGGTGAAGCAGTTACTTGGTACCTGATTGGCAATAAGTCAACGTGAACCCATCTTCATCTTGAGAAAGTTACGATTGTAAAACGTGATCATAGTATCATAGAATGGCTTAGATTGGAAGGGACCTTAAAAATCAATGAGCTCCAACCCCCGCTGTGGGCAGGGAATGATCTGAGCACTGAGGAGAGGGCTGAGGACTCCTGCAGAGAGTGGCAGACCAGGGGCTGCTCGCTGCTTCCTCACTGTTTGCTTTCATGCTGCAGTGTCAGAGCCCTTTCTCTGAACCTCGGTCTCTGGGTCTCCTGAGAAAGAGAATGCAGAATATAATACCTGCAGAGAGCTGGGATAGAATTTTCCACTTCAGAACTAGAGTGAATTAAAAGTGAGCAAGTTCTTTGTTTTGTCTCTTTGCTGTGCAGTTGCAAGTTGGATCAACCACGCCAGTGAATTCTGGTCAGTGTCCTTTGGTTTTCTTTGATTTCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAGATTTTTGTAGAGCAGAGAGCAGCTCTTGTCAGAAAAGCTCTTCTAGAACATTTGGTTTTGAAAAAATGGATTTGCCTAGCTATTTTTTATCTGTAACTGAGAGCAGTTATGTGATACCACATAACTGCTGTGCAAATGGCTGTGCAAATTCTGGCTTTTAGTGGGAGCCCTCTGATGGTATGAAAGTTTCAGACTGAAGTAGAGAGGAAGGTTTCAAATCCAGCATATGCTTCTCTCCTCTTGCTTCTAGCCCTTAACTAAGCTTACTTTCAGTTCCTAATTATGTATAATGCATTGGAAATCTCACTGAAATACCTTTACTAATAATTTATTGGACCTTTTAGTGCATTATTCTACCAGAATGTCCCTTCTTTATGCACAAATTAGATTTAAAGGTTAAGTATCTAATGTGTTGAGATGAATGTGGTGCCTGGAACCAGCGCAGGATGGTACTCTTTGCTGGGCAAAGTCTTCTGACACTGAGACATCAACCTCCTTTTTCAGGTCTTTGTCTTTGGCACGCAGTTTTGTAGACTCTTCTTAGGTGCAATAGATGTTCTGATTTGATGAAGTGAAGGCAAGTAAGTTTGCTGTTTGTGTGTGGCTCTTGGCAGTGTCTTTCTGTACCAGTGTTTTTATTCAGATTGGGGTGGATTTGCAGCCATGCCTAAGCATCAGCAATCACTTCCTTCATATGTTTCCCTATTTCAGTACTTCATATTTGATTCAACTGAGGTGTGTGATTTCAAGATTATATTAGATACAGAACTAGGGCATCTGAGTTGCCACTTTTTCATATCTTGGGAAGTGCTGCTGTATAGAAAGCATTATGAAAGTGAGTACCACATTTATCTTTAGAAAGAAGGTAAGAGGTTTGCGTCTCTTGCGTAACGCTTGTCTTCTTACTGGGCCACAGTATGAGACTGGAAGCCTTGCTGAAGTGCTATCCCAGGCTTGCCATTCTTAAAAGATGCAATGAGCCAGACCTCTGATATTTGCCAGTGCTTTGTTCTTCTCGCTTCTCTTTCACAGACTTGTAGTTCTGTCCTGAAAACAGATGACTTTGGAGTACCAATTTAGATGCTCTGTGAGGTTTCTCAGTGAATCATGATCATCTGTGCCTGGGGGTGAGACTGCTGCCATGCTGTGTTTTCTCACCTGAAGCACAGAAGAGCCAGGATTCAGACGCCCAATGAGTATGCTGAAAGATAAGTCTCTTGGGAACTCTTAAAAGTTGCCACCTCTGGCTTGGAAATTCATGAGCTGTAAATTGCTGGAGGCTTGGAGAATGGCATTAAGCTTTACCTGCTCTAATAATCATG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Seq C2 exon
GTCCTGCCTTGCTGCTCACAAGTGATAACATCAAACAGCGGCTGGGTTCTGCTGCACTGGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008736:ENSGALT00000014216:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.033 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]