MmuINT0123197 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000036833 | Pnpla7
Description
patatin-like phospholipase domain containing 7 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2385325]
Coordinates
chr2:25029507-25038900:+
Coord C1 exon
chr2:25029507-25029656
Coord A exon
chr2:25029657-25038836
Coord C2 exon
chr2:25038837-25038900
Length
9180 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTAAGC
5' ss Score
9.86
3' ss Seq
AAATAGGTGGTTGTTTTCAGGTC
3' ss Score
4.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCACCAGCTTGGATTTAACACAGCAAGCAGCAAATGGGACTTGGGGAACCCGCCTGGCAATCTGTCCACAGTGGCAGCACTGCCTGCTTCTGAGGATGTGCCCCTAACCGCCTTTGCTCTGGAGCTCCAACATGCCCTCAGTGCCATCG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCCTGTCCTGCTGCTGACCAGTGACAACATCAAACAACGCCTGGGTTCCGCTGCTCTAGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000036833:ENSMUST00000045295:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.039 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types