RnoINT0114530 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008190 | Pnpla7
Description
patatin-like phospholipase domain containing 7 [Source:RGD Symbol;Acc:708466]
Coordinates
chr3:2237347-2247697:+
Coord C1 exon
chr3:2237347-2237496
Coord A exon
chr3:2237497-2247633
Coord C2 exon
chr3:2247634-2247697
Length
10137 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGC
5' ss Score
8.72
3' ss Seq
AAATGGATGGTTGTTTTCAGGTC
3' ss Score
6.23
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCACCAGCTTGGATTTAACACAGCAAGCAGCAAATGGGACTTGGGAAACCCCCCTGGCAACTTGTCCACGGTGGCAGCAATGCCTGTCTCTGAAGATGTGCCCCTAACTGCCTTTGCCCTGGAGCTCCAGCATGCCCTCAGTGCCATTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCCTGTCCTGCTGCTGACCAGTGACAACATCAAACAACGCCTTGGTTCTGCTGCTCTAGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008190:ENSRNOT00000011633:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.098 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]