GgaINT0132390 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004029 | PHF12
Description
NA
Coordinates
chr19:5861087-5873365:-
Coord C1 exon
chr19:5873177-5873365
Coord A exon
chr19:5861160-5873176
Coord C2 exon
chr19:5861087-5861159
Length
12017 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGG
5' ss Score
9.68
3' ss Seq
GCTTTGTGTTTCTCTTGCAGCAA
3' ss Score
11.43
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCGCAGCAAATCCAGGCCCTGCTGGCTCCCCCTAAGAGCGAAGATGGGGAGAAGAGGAGCAGGAGGCCTGAGAAGGAGCCCAGGAGAAGTGGCAGGGCCACTAACCACGACAGCTGCGATAGCTGCAAGGAAGGAGGGGACCTGCTGTGCTGCGATCACTGCCCCGCCGCTTTCCACCTCCAGTGCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CAACCCTCCGCTCAGCGAGGAAATGCTGCCTCCAGGGGAGTGGATGTGTCACCGCTGCACCGTGCGCCGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004029:ENSGALT00000006417:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.547 A=NA C2=0.080
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0062824=PHD=PU(52.1=39.1)
A:
NA
C2:
PF0062824=PHD=PD(45.8=88.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]