Special

RnoINT0110332 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
PHD finger protein 12 [Source:RGD Symbol;Acc:1305731]
Coordinates
chr10:64837362-64861035:-
Coord C1 exon
chr10:64860854-64861035
Coord A exon
chr10:64837435-64860853
Coord C2 exon
chr10:64837362-64837434
Length
23419 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGG
5' ss Score
9.68
3' ss Seq
CCCTTGTCTTTTCCCCACAGTAA
3' ss Score
10.89
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAATCCAGGCTCTGCTGGCTCCCCCCAAGACGGACGAGGCAGAAAAGCGGAGTCGGAAGCCGGAGAAGGAGTCCCGGAGAAGCGGCAGGGCCACCAACCACGACAGCTGCGATAGCTGCAAGGAAGGTGGAGATCTCTTGTGCTGTGATCACTGCCCTGCCGCCTTCCATCTCCAGTGCTG
Seq A exon
GTAAGGGCTGGGGACCCCTTTGGAGCTCCTTGGCAGACCCTACTGGGCACATTCCATCACCAGGCCTGTAGAAATAACGGGAGCTTGCAGCCGCTAGCCGACTCTGTAGTCGTTGATGCGAGCGCCACTGCGCCCCTGGTATTTGCCGGGATCCGGCCAATTTGCGGGAAGGAGCAGCAGCATGTCTTGACCCTGGGATGGGGGTTGGGAGAAGTGAGGTGAGCCCCATCTGAGATTGGTTGTAGATTGGGAGCCGGGACTGAGCGGCTGAGTGCGGCCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGACGGGGGAGGAAGGGGAGGAGCTCCAGGTTCAGTGCCGCTTGGCGGCCGCGCGCGCCCGCCGCCCTCAGGGCTGCTGCCTGGCTGGGCTCTCCTTAGGGTTAGTGTGCGGAACCCTCGGCCACCCAGTTTACCCTAGTCCTGACTCAGGCGAGCGGGTGCTTTCGACGGTGCAGGAAATCATGAATGGTGTCTCTCGAGTCCACTTCTCTGCCTCTGTGTTTACAATATGGCGACCTGCCTTTAAATTATATTTTTATTCTCAGCGCCATTTTGGCTGCATATATGATTTGCAAATGTCTCCGGGAGAACGGTGGAGGTAGCCCGTGAGCCCTTTCTGCAGAAGCTCCTTGAGGACCAGGGCTAGGCTCTTGCAGGCTTGATCCCTTTCTCTGCAGCTTGCCCCCTGTTGCCACTCCGGTGCTGCCTCCCTCCTCCCCCTTCCCTCCTCCCTCCCTGCTCTGCTGCTGCCTCTTAGGAAATCGGGCTGGGTTAGACAATTAAAATTGCCCTTGGGCGCCGATTTCTCTTCTCTGCTCTGGATCAACGAGCCCTTTGCTCAAAATTCTTTGCTGCTGGGGCAGGATTGTGTTAGGATTGTGTTTGGTGGCTCCGGAAAGGCTGTTTTAAGGAACTGAGAGCAGGAAAGCTGTGCGCTCTCCCACCCTAACTGAAGGGGGGGCTGGGTTGATCACCCGCTGTGCTGCTTGCTTGATCCTTCTCAGCCGCTCTGCCCAGAGCACTCCAGCAAGAGTTTAAACTGTCTTCTGCCAGAAGACCACTTTGCTGCCCTGCACACAAATCCCACATCTATACTTCGAACACAGAGAGCCTCTTTTTCTGATCAGCAACAGCAGACCTGAGGCTAGTGCTTAGGAGAAGAGGGCTCCCGGGGTCGGGGTGGGGGCTGTTTGTTCCCATTTTGATGGGGAAGGACGGGGTCCTGTCCTTTGTTTTGTGCCGCTCTTTTTAGTTCCTTGTTTTTAAAAAAGTGTATAAGGGCCACTTCCACCTACATTCTGAAATCTCCTGGTTTGTGGAATAGTGCCTGCTGTATTTGTACTAATTGCAGGTTTTATTAGACAGATGACTGATACTGGGCAAATTAGGACTGTGGTCAGAAGTTATGTGGGACATTCCCATTACTGACTCCAAGACACCTTTGCCTATAAAGGCACCCCACCTTGGCTTGTAATGTTCCAGAGACAAAAATTACTATCCTGGAGGAAGCTTTGCTACGGGCCTTTAATGTTTTATTATGAAGTGAGTGGTGCCAGCAGTGAGGGCCTGTAGGTTTTGTTGTTAACCTTTACTTCCTCTAAAGTGTAATCACCTGGAGAAATCCCTCTGGTCCAGTATCTTTTGCTGTTCTTTTCTGTTTGAGATATGTGAGGGTTAAGATGGCCTCACTCTGTAGCCCCGCTTGGCCTTGAGCTCACAATCATCCTCCTGCTTCAGCCTCCAAAGTGTACCTTGTTCTTCCTTCCTGTTCTTGAGCACAGGAGAGATTTGTGCTTGAGTCTGTTGCTTACTTTTGTTGTACTTATTTGATATATTACTAGGACTTTTAAATTTGTTCTCTTCCTTTTTCTTTTTCTGTAATTTTTGAGACAATCTTGCTGTGAAGCCCTGTTTGACTTGACATTGTATTTTCTATAGAGCCCAGGATGACTTCTAACCTGTGCCAGTCATTCTTGCCTGGGTCTCCTGAATGCTGGGATAACAGGTGTGCACCACCATGTCCAGCTATGTATATATGTATAGTTTTTTTTTTTTAATTTTAAGCATTGGCTAATATTACCTCTAGGGTGAAGTGGTTGTTAGTTAAGATTAGTGACTCCTGTTAAGTGAACATTTGATAAACTGTTATCTTTTTTAAAAGTCTCAATAATGTTGAAATTATTAAAAGTCTGAAGCATCTTAAGAGCATTTGGTACACAATCATGAGGAACAGAGTTTGGATTTCAGTACCCACACAGCAACCTGGGTTGCCCGACATATCCATTATCTCCAGCTTGGGCAGGGAGCAGAGGCAGGATTATTGGCACTTAACTAGCTTCTAACCTTGTTGAGATCTGGTCAGTCCAGGTCATAGCTTAGCTGAGAAAACACCCAGGATTAGGGAGAAACCCTGCCTCTCTAAGGCAGAGAGTAATGGGAGGACACACGTACTCACACACATGGATACATAGTTTACTTTTGTTTGTGGGGTGACGTGGAGCACAAGTGGAAGTCAGAACAGGAGTGGGCTTTCTCCACTGTGGTGGTTCCTAGGGATTGGGCTCAGGATGTCAGGCTGTCCTGTTTGGTAGTAAGTACCTTTACCTCCTGAGCCATCTTACTCCTAAAATAAATAAACCTTTATATTAAAACACATCAACAAAAATCAAACTGAGGCATGGAGAAAGTGGGTTATCTTTGTCTAAGGCTGGGCTTTTTAACTCTAAAGCTGAACCATGAGCCTTCTAATAGATGAGGGTAGAGCTTGTCAAGACTGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTTTATGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCACCAGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCTCCTAATCACTGAGCCATCTCTCCAGCCTGCTTGTCAAGCTTTAACTATGGTTTTTGCTCTAGCTGGAAGGAGAGTGAGGGAAGGGTGTCTGTCTGGTTGTTGGTGAGATTGAGGCTTGCTCACACTAAGCATGTCACTGACTGTTTCCCTGCTTTTTCCTGAGACCATGAGTGGTAATCAGAGACTGGAGAACAGTAGTTACTGAGGTAGGATTTGTTTACTTCATCAGTTCTCCCCGAAGGTGTCAGTACTGAATGTACCATTGGCTTAGCTGAATTAGTCTCTAAGTCACAAAGCATTCTAAGTTTGGTGAAAGGGCAGGAAGCCATCTTTTAAATGAGAATCCCCTAGATGCTTTCATTTTATAAGTGAGGATTTCCCCCACTTTTCTGTATTTTAAGCCACAGTCTCTCCAGCAAAATTGAAATACTAATTCAGCCAGGGTTGTGTGGTCAAGCAGTTAATATGTGAGAGATCTTGATTCCTGGGTGTGTTTTCAATAGTTTCCTGTTCTTGCTTCCTTGTGTGGGGTAAGGTTAAGTGCAGCTGTGTCCTTCCTTTAGAACTTGCTGAGATACATTACTGAGATATGTGTAGTAATCACACTGTCCCTTATGCACAGAGTGTATGAGAATGAGGGAAGCTCTGTAAGACAACTGGGTATATGTTTGTTGCCTGTAATCCCAGCCTTCTAAAGGGAGAGGCTAGAACAGTGAAATTCCAAGCTTGCTTGGTCTGTGTGAAAAAAACACAACCAACCAAACAAAAGGCCCCTTGTCTGGATTTTTGCCATTCTGCTTTGTGGTAATCAGTATATATCAGAATGTCCCTGAAGTGGCTCTCTGGGTGGGATGGTACTGGGAATTGAACCTTGGTAGGGCCTGGGTAATCTGCCTCAGTTTCCCAACTAGACAAGATTATAAGCCTGAAATACCAAGCCTAGACAGAAGTGGTTACTAGGCAAACTAGTCTTGGGCTTAAGACACAACACTAAACCAACCATTCCATTTCCTTACTGGAGGAAAGGACTGCTCACGTCTTGCTTTTGTCCTGCCTTTTCTCTCAGGGATCAGTGTACTGTGGAAAATCATTCTGGTTATGGTCTTTCTGGGTTTTCGGTTATTATTCTCTGTGTTAGGAAATGAGTTGTGAGGTATCATAACCTCAGCAGGTTATGATAGTAGGTTACTAAGCCTGGCCCTGATGAACTGGAAGGCTTTCAAGTGTTTGCTGGTGACCCTGACCCTTGTCATCACAGTGTTGTATAAGGTTTCTCTACATAGATTGATCTATAGAAATCTGTTAAAAAGTAGGATAACTGGGTTGGAAGAGATGGCTCAGGAGATATGAGTACTGGCTGCTTTTCCAGAGGACCAGAGTTCAATTCTCAGCAACCATATGGTGGCTCACAACCATCTATAACTAGTTTTAGGAGATCGGATGCCCTCTTCTAGCTTCTGTGGGCACCAAGAACACATATAGGCATGCGTAGTACATATAGGCAAAGCGCACATGAAATATAATTTGTTTCATTTTTTTGAGATAGGGTTTCTCTAAGCAACCTTAGGCTGTTCTGGAACTCACTCTGTAGGTCACACTGGCCTTGAGCTCAGAGATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGTGGGGATTAAAGGCGAGTACCACCAATGCCTGGCTTAATTTTTAATCTTAAAAAAAAAAATGTAGGCTAACTGGTAGAGCTCTAGTTGTTTATCCATCTTCTGTTTGAGTTGGGAAGGATTGTTGTCACTGATGAGTGACTTCCACAGAGGAAGAGTAATGAGGTGACTAGAAAGTGGCTGGTTTCTCTCAACTTTTCATGGAATTTTGCTCTAAGCAGACAACCAAAATGGTCTGATTGAGAAGTGCATCCACCTTGGCAGATCTCAGCGTGGTCCCTTCCTGTCAGACAGATTTCTGTAGCATTTGCCTCCGAGTGTTATATTTGGAATTGTTGGCCGGCTTTCCTCTCTCTGGTGTTGGCAGCAAGATCCAAAATGAGGTTTTCGAAGAATAAGAGTGAAAAGG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Seq C2 exon
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Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009566:ENSRNOT00000056234:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.574 A=NA C2=0.080
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0062824=PHD=PU(52.1=41.0)
A:
NA
C2:
PF0062824=PHD=PD(45.8=88.0)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]