HsaINT0123887 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000109118 | PHF12
Description
PHD finger protein 12 [Source:HGNC Symbol;Acc:20816]
Coordinates
chr17:27254009-27277264:-
Coord C1 exon
chr17:27277083-27277264
Coord A exon
chr17:27254082-27277082
Coord C2 exon
chr17:27254009-27254081
Length
23001 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGG
5' ss Score
9.68
3' ss Seq
CCCTTGTCTGTTCCCCACAGTAA
3' ss Score
9.63
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAATCCAAGCTCTGCTGGCTCCCCCCAAGACGGACGAGGCAGAAAAGCGCAGTCGGAAGCCTGAGAAGGAGCCCCGGAGAAGCGGCAGGGCCACCAACCACGACAGCTGCGATAGCTGCAAGGAAGGTGGAGATCTCCTGTGCTGCGACCACTGCCCGGCTGCCTTCCACCTCCAGTGCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
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Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
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Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)