GgaINT1006102 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016083 | ANG-1
Description
angiopoietin-1 precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001186376]
Coordinates
chr2:130946459-130962838:-
Coord C1 exon
chr2:130962708-130962838
Coord A exon
chr2:130951259-130962707
Coord C2 exon
chr2:130946459-130951258
Length
11449 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
TTCTTCTTTAATGGTTTCAGGAT
3' ss Score
7.92
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016083:ENSGALT00000025915:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(20.5=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=PD(23.3=92.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]