BtaINT0017826 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000014051 | ANGPT1
Description
angiopoietin-1 precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001070265]
Coordinates
chr14:59423311-59436333:+
Coord C1 exon
chr14:59423311-59423441
Coord A exon
chr14:59423442-59436172
Coord C2 exon
chr14:59436173-59436333
Length
12731 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
ATTATTAACTAATTTTTCAGGCT
3' ss Score
6.22
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGGTGGTTTGATGCCTGTGGCCCATCCAATCTAAATGGAATGTTTTATACAGCGGGACAGAACCATGGAAAACTGAATGGAATAAAATGGCATTATTTCAAAGGGCCCAGTTACTCCTTACGTTCCACAACTATGATGATTCGACCTTTGGACTTTTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000014051:ENSBTAT00000018675:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(20.5=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=PD(23.3=92.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development