RnoINT0017296 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005854 | Angpt1
Description
angiopoietin 1 [Source:RGD Symbol;Acc:628896]
Coordinates
chr7:81342280-81360393:-
Coord C1 exon
chr7:81360263-81360393
Coord A exon
chr7:81342640-81360262
Coord C2 exon
chr7:81342280-81342639
Length
17623 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TCTATTGGCTCATTTTTCAGGTT
3' ss Score
9.23
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGCTTTTCCTCTTGTTCGGCCGAGATGGTGTGTGCAGGGAGCAGTCTCTTCTGGTTCCCAGGTTGTCTGCCTCTCTGAAGGTTTAGCGTCTCCCTCCATGGGATTTGGGTGCAGAGGAACTGTTTATCCGGTCTGTTTCTTTCAGGTTCGGCGGTGTCTCAGGCAGGTGTCCTGCCGCTCCTGGGCCCTCCCCCACGGGAGCCCAGAGGCTTTATACATTTCCTCTTGGCCAGGGAAGTGGGCAGGGGTGAGCAGTGTTGGTGGTCTCTTCTGCTCTGCAGCCTCAGGAGTGCCCACCTGACCAGGCGGTTGGGTCTCTCTCTCACCGGGTCTGGGAGCAGAGAGCTGCTGCGGGCCGGGATCCGCGGGTTGGGGACTTCCGGTAAACACAGAACGTGCCCGGCCTAGAGAAATTCTGCTTCCATGTGTCCCCAAGCTCACCAGGCAGCTTTCTTGCAGCAGAAAATTTGGTCTTACCTTTGGGAGAANNAAATCCCTAGGCTCAGGTTCGCTCGTGGGGTGCTGCCCAGGGGCTCTCTGCAGCGGCAGCAACCAGGAAGACCTGTGCCGCCCCTTCCGGGAGCTTCTGTGCACCAGGGTTCCAGATGGTCTTTGGCTTTTTCCTCTGGCGTCCGAGATGTGTGTGCAGGGAGCAGTCTCTTCTGGTTTCCCAGGCTTGTCTGCCTCTCTGAAGGTTTAGCTCTCCCTCCCACGGGATTTGGGTGCAGAGAACCTGATTTCCATTTTTTAATCCTTGAAGTTGCTCTTCACTTTTAGATCCAGTGCAACGAAATTTTAAGTTAGCGTTTCTGTCCTGGGTTACTAGAGCATAGAAAAGATGAAGGTTTTAGAGTAATGTTCAATGAAGCCCATGTGACCATCCGTTTGCCTTTCTGCCACTGTCCAATCACAGCCTAAAAACCACTTCAGCTACAATGACATTATTTCAATACAAGATCAGTCTATTACCAAGGATAGCATGACATGAATCTGCTCTTATCATATTTACTGTTATATTGTAGTGCTGAATAAATTATTCTGGCATCATAATTTGACCTTCTCAGGCATATACAAGTTACCTATTTGTAATTCTATGACTTGTACCCAAGGATCAACATTAGAAATTCAAGAATTATTTTAAAATGGTAGCCACTGATGCATCTTGCATCAACTCTCTGGTTCAATAAATAACATTATTGGTAGCTTTATACAAAGACTGGAACATCCAAGTTCCCTGCCTGTTTGAGTGTTGAAACATAACTCATAGTCTCCATGTATATTTTGACAAATACATTTTTCCAAAGAAATAAATACAGTCCTAGAACAACCAACAGGGAGATCTTTCAAATGTGTATGTAGAAGAACAACATTGGTGTTCATCTTCCTGTCAGGAAAATTCAAACAAGGAGTAAAAAGAGGAGGACGTGCCTTGGTTGTTGAGAAACCACCAATCTCTGTGTTAGGACCTAAATTTTGCCTCATGACTGAACTCTGTCAGGTTCTTTCATCCGTAATCGCCCTTGGACTTGCTTCTTACTCACTCATAAACACATACATGGGAAGAAATTTTTCTATTTATTGCTTGCAATGGACTAGTCTAAGTAAATGTGTTTTTGTAATAAATGCTACTACCCTATCAAATATCCTTCTGAAGGAACCTGGGTCTTGTAAAGCCATTCACACTGAAAATCTAAGCTGTGGAATTTTGAGAGCTGAGAACTGAAAATCATAGGCATGAATGTCAATAGCTTTCCAAGTCACTGGAGCATGGCCTGGAGCATATATCCTACAGAGCTACTACCCACCACTCTCTGGTCCCCGTCAAATTTTCCCTTAGAAATTTGACCATTTCATTGTCTAATGGCTTTTCCTTTCCTTTTCTGTATAAATCATGTTTGAGCTCACTCCTGCTTGATAGTGTCTCTTTTGAGCAAACGAGAGTCTTTATAATTTGAAAGGAAGAACTTGTGGGATTTGTCATCTGTTAAAAAGTTTCATGGTTGAAGTCCTATCTACTGCTCACTAACAGTCATAAAGGGTTTTCTTGAAGAACTCAATGGAGTTTGAGTTGAAGATACTGGTGCCATGGGCCCCCTCATCTGTTAAGATTAGAACCAAAAGATGAACTTAACTGAAAGCTACTGCTATTGCAGATGAATGCAAAGCAGAACCTTTGACTAGTTTCCTAATCTCATTACTTCTATCAGTCTACCATATATTTATTTAATGAGTACATCTTAGTAAAGGGAATTACTGCTAGAGTAATGAACTGGATAGACTAGAGTTCATGTCAATATAAAAAGAAGTGGTCAGAAAAATAATGCACAAAGAATGCACAAGTTTGAACAATAACAGTTTTATAGATATAATATAAAATATAATAGAATTATAAGGAAGAAGGGAAAAACTTTAGATGGAGCATCCAGGAACCAGTCACTAGAGTGAACTGCTAGAGGGTGGTGCCTTAATCATTATGAGCATTTGCAAGAACTGAAGGGAAAGCTATTTTTTCCACATGGAAAGGTTTACTGAGAGAAGAAGAGTAGAAGAGGAAAGGAGTGAAGTCCGGTCATGAGCACGTGGAAGGAAGTGGGGAGAGGAATGGGGAGAGAAGGGACAAAGGGAAGAAGGCAGGAAGGCAAGAGCAAGAGGCAAGAGAGCTAGAGCAAGAGAAAAGGAGAAAGAGAAGAGAGAGTAAGAGTGAGAAAGCTATTTACTTTCAAGAATTTAATTATGATCTTCCCTCCTAGTTTTCAAAAATCTCAATCTTCCTTCTGGTTCTGCAGGTTTGTTGGTCCATGTAGCAATTATAGTGCTAGTAGAGAAAAACATCATGTTTTTTAGCACATGGGTAGTGATAATTTATATGTTCAGCACTGTTGAGTTGAAAGGGGAACACTATGGCCCGAGGCGGCATCATGTATTCACATGCACAGAAGCGAAGAGCAGACTGTTCTATGGCATCTCACAAGTATGTAGATTTATTCCTATGTTACCAGGAAGCCAGAAGTCCTTCTACCCAGCTTAAATATTGAATAATTTTATGTTTCATTACAACCTTTTTATTACACCAGACCATATATTTCAATATAAATATTGTCACACAGACTTTTCTACTGAAACAACTTCTCAAGTGAACACTAAATAGAATGATTTATCAGCAGAGGCTTATAAGCCAGATGTAGCCCTGCTGGGTGACTGCCATTGAGCTTAGGAAATGTGTTCAGTTTTTGCCCTAAGTTCCTCCAAGTCTAAAGTACAGGACTGTGCAACTTTGTCTGGGGTAGATGGGAGACACTGATGAAGAGATAGAAAACGCTTCCTTAGTCCTTCACGAGACTTTGCTTTGTACTCCCCAGTCCAAAGAGAGTGAGCAGTTTCAGTCCAACTTGTCAGTTTTCACAACTAGTTAGCATCGAGACCAAGCAAGTGCAATATCATTCCATGCATGCTCCTGTTTGCCTAACTTATTGTAACTAAAATACTTGAACAAGAATTCTTCTGA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Seq C2 exon
GTTGGTGGTTTGATGCCTGTGGCCCTTCCAATCTAAACGGAATGTTCTACACTGCGGGGCAAAACCATGGAAAACTGAATGGGATAAAGTGGCACTACTTCAAAGGACCCAGTTACTCCTTACGTTCCACAACCATGATGATCCGGCCCTTGGACTTCTGAAGGCGCTATGCCAGTATTAGAAACCTGAAAAACAATCTGGGGATGTTCCCGAATGAGAAGCTATCTGGAAGCTTCCGAAACAACCAGCATCGTCTCCCTTCCAGCAGCAAGTGGTTACGTGATGTCACCTGTGTTCTTGACCATGGATCTGGAGCCTTCTGGGGTCACAGAGTCTCCACTCGGGTCACTGTGTTTGAGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005854:ENSRNOT00000007979:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(20.5=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=PD(23.3=92.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]