HsaINT0007974 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000154188 | ANGPT1
Description
angiopoietin 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:484]
Coordinates
chr8:108261710-108276579:-
Coord C1 exon
chr8:108276449-108276579
Coord A exon
chr8:108264244-108276448
Coord C2 exon
chr8:108261710-108264243
Length
12205 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
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11.08
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GATGGTGGTTTGATGCTTGTGGCCCCTCCAATCTAAATGGAATGTTCTATACTGCGGGACAAAACCATGGAAAACTGAATGGGATAAAGTGGCACTACTTCAAAGGGCCCAGTTACTCCTTACGTTCCACAACTATGATGATTCGACCTTTAGATTTTTGAAAGCGCAATGTCAGAAGCGATTATGAAAGCAACAAAGAAATCCGGAGAAGCTGCCAGGTGAGAAACTGTTTGAAAACTTCAGAAGCAAACAATATTGTCTCCCTTCCAGCAATAAGTGGTAGTTATGTGAAGTCACCAAGGTTCTTGACCGTGAATCTGGAGCCGTTTGAGTTCACAAGAGTCTCTACTTGGGGTGACAGTGCTCACGTGGCTCGACTATAGAAAACTCCACTGACTGTCGGGCTTTAAAAAGGGAAGAAACTGCTGAGCTTGCTGTGCTTCAAACTACTACTGGACCTTATTTTGGAACTATGGTAGCCAGATGATAAATATGGTTAATTTCATGTAAAACAGAAAAAAAGAGTGAAAAAGAGAATATACATGAAGAATAGAAACAAGCCTGCCATAATCCTTTGGAAAAGATGTATTATACCAGTGAAAAGGTGTTATATCTATGCAAACCTACTAACAAATTATACTGTTGCACAATTTTGATAAAAATTTAGAACAGCATTGTCCTCTGAGTTGGTTAAATGTTAATGGATTTCAGAAGCCTAATTCCAGTATCATACTTACTAGTTGATTTCTGCTTACCCATCTTCAAATGAAAATTCCATTTTTGTAAGCCATAATGAACTGTAGTACATGGACAATAAGTGTGTGGTAGAAACAAACTCCATTACTCTGATTTTTGATACAGTTTTCAGAAAAAGAAATGAACATAATCAAGTAAGGATGTATGTGGTGAAAACTTACCACCCCCATACTATGGTTTTCATTTACTCTAAAAACTGATTGAATGATATATAAATATATTTATAGCCTGAGTAAAGTTAAAAGAATGTAAAATATATCATCAAGTTCTTAAAATAATATACATGCATTTAATATTTCCTTTGATATTATACAGGAAAGCAATATTTTGGAGTATGTTAAGTTGAAGTAAAAGCAAGTACTCTGGAGCAGTTCATTTTACAGTATCTACTTGCATGTGTATACATACATGTAACTTCATTATTTTAAAAATATTTTTAGAACTCCAATACTCACCCTGTTATGTCTTGCTAATTTAAATTTTGCTAATTAACTGAAACATGCTTACCAGATTCACACTGTTCCAGTGTCTATAAAAGAAACACTTTGAAGTCTATAAAAAATAAAATAATTATAAATATCATTGTACATAGCATGTTTATATCTGCAAAAAACCTAATAGCTAATTAATCTGGAATATGCAACATTGTCCTTAATTGATGCAAATAACACAAATGCTCAAAGAAATCTACTATATCCCTTAATGAAATACATCATTCTTCATATATTTCTCCTTCAGTCCATTCCCTTAGGCAATTTTTAATTTTTAAAAATTATTATCAGGGGAGAAAAATTGGCAAAACTATTATATGTAAGGGAAATATATACAAAAAGAAAATTAATCATAGTCACCTGACTAAGAAATTCTGACTGCTAGTTGCCATAAATAACTCAATGGAAATATTCCTATGGGATAATGTATTTTAAGTGAATTTTTGGGGTGCTTGAAGTTACTGCATTATTTTATCAAGAAGTCTTCTCTGCCTGTAAGTGTCCAAGGTTATGACAGTAAACAGTTTTTATTAAAACATGAGTCACTATGGGATGAGAAAATTGAAATAAAGCTACTGGGCCTCCTCTCATAAAAGAGACAGTTGTTGGCAAGGTAGCAATACCAGTTTCAAACTTGGTGACTTGATCCACTATGCCTTAATGGTTTCCTCCATTTGAGAAAATAAAGCTATTCACATTGTTAAGAAAAATACTTTTTAAAGTTTACCATCAAGTCTTTTTTATATTTATGTGTCTGTATTCTACCCCTTTTTGCCTTACAAGTGATATTTGCAGGTATTATACCATTTTTCTATTCTTGGTGGCTTCTTCATAGCAGGTAAGCCTCTCCTTCTAAAAACTTCTCAACTGTTTTCATTTAAGGGAAAGAAAATGAGTATTTTGTCCTTTTGTGTTCCTACAGACACTTTCTTAAACCAGTTTTTGGATAAAGAATACTATTTCCAAACTCATATTACAAAAACAAAATAAAATAATAAAAAAAGAAAGCATGATATTTACTGTTTTGTTGTCTGGGTTTGAGAAATGAAATATTGTTTCCAATTATTTATAATAAATCAGTATAAAATGTTTTATGATTGTTATGTGTATTATGTAATACGTACATGTTTATGGCAATTTAACATGTGTATTCTTTTAATTGTTTCAGAATAGGATAATTAGGTATTCGAATTTTGTCTTTAAAATTCATGTGGTTTCTATGCAAAGTTCTTCATATCATCACAACATTATTTGATTTAAATAAAATTGAAAGTAATATTTGTGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154188-ANGPT1:NM_001146:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(20.5=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=PD(23.3=92.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)