GgaINT1006773 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002040 | ARVCF
Description
armadillo repeat gene deleted in velocardiofacial syndrome [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_989796]
Coordinates
chr15:1089969-1097900:-
Coord C1 exon
chr15:1097717-1097900
Coord A exon
chr15:1090087-1097716
Coord C2 exon
chr15:1089969-1090086
Length
7630 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGG
5' ss Score
10.38
3' ss Seq
TTTTAAATCTCTTGTGTTAGGAA
3' ss Score
7.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GCACTCTGTGGAATTTGTCTTCCTACGAGCCCCTGAAGATGGTCATCATCAACCACGGCCTGCAGACGCTCACCAACGAGGTGATTATACCCCATTCTGGCTGGGAGAGTGAGCCCAACGAGGACTCCAAGCCTCGCGATGCTGAGTGGACAACTGTCTTCAAGAACACTTCTGGCTGCTTACG
Seq A exon
GTAAGGTAGAACTCTGGAGTGTTAATCTGTTGTTCACCATATCCTGTGTGTAGGATTTTCTTTATATTAGTTTTATTTGGAATAAAGTACCGTATATATTCGTTTTTTGCAAAGACATCGGCTTTTAGTGGCCTCAGTAACAGTGCTGGAGGTGCTTTGTCACATGGACCTTAACAGTGGAAGTCTGTCCAGCGAGGTCTGTGTTAAGAGCAGGTGATTGAGCCACGTTTGATTGAGAGGATCTCAGTACTGAGGTGTTTAATGCAGTGGGGAGTGACCCAGGCAGCAGGTTAACCAGCAAGCTGAGTGCAGAATAAGCATCTTCCAATGCAAGCTGTACCATAAGCACTGAAGATCACACGTTCCTTTACCTGTTCTACAGAAATGGTCAGTGTTTCTACACATTTTGAGCGTGTTCTTTGTTTCCCCTGATGGTGGTGTTATTTATTTTAAGTGTGCTTTCAGACAGCTCCCTTTCTCTTCCTGTACTACTGAACATTTCTAATACCTCAGATATTGCCTGGAAAGGAACTTTTTCTGGTTAGAAATTGTATTTGACTTTCTGAGAGCACCTAGAGCCTCATACAGTAGTGCTGGTTGCTGGGGTCTGGAGGAGTCCGTATTTCATATTACATTATAGGCGGTGTTACATAGCTTTCGCAGAACCACTTCCAAGGTCATTTGGCGCTCCTTCTCCAGATGCATGCGAGACATGAGGGTGCTTTAGGAGGAGAAAACAAGTCGAATTGTTTGTGAGGGTGGTGGGGCTCAGTGTGCTCACTGCATCCCAGCGGTGCCAGAGCGCCGCGCTCTGCTGCAGGGCAGCTGTGCAGGTCCGAGAGCCGGGAGCACTGCTGCGCTCACACAGCCTGTTCTGCTTTCTGTGCACGTGTCCACCGTGGTTCTTCGTTTTCTGGAAGCAGTGAAGATTTTAATGGCTGAAAAGTTAAATTCATTTTGGGCTTAATTGCTTCTTCTGCTTAATTAGTTTAATTCTCTTAGATTTTTTTTAATTGTAGGAGGATGGAGTAGAACTTAGTTCCTAAATCGCCTGCTTTCTAGCTTGATTCCTGCTCCAAACTGACCTGCTGTCAACAAATGTTAAATGAATTAATTTGCATAGTAAACAGATGCAGAGTATTCTTTTTTTCCAGGGTACCATCTGTGGTTGCAGCATTTCTTGTCAGTTCTCCAAGCATGCAGAAACTCACATTCACAAGTAGCCTCGAGGTTTTGAGACGTGGCTGTGCATGTGCAAACACAGCCTGCACCCACCTGACTTCCACTCAAACATGCATTCCTCAGGTTGAAGCTGCACATAGCAGCTTGCTCAACATCAGCTGCTGGGAAGAGAAGGGTGACCTGGTGGTTGGGGGAGTAATGGGGACATGAGAAACATGGAGTTAATTGCTGTTCTGACATAACTTCAGCAAGATTAGCTGTATAAATGTTTTTGTGGTCTGATTCTTAGTATTGCTGCTTCTTTCTGATTTGGGTGAAATTCAGACTCCGAAGCACCTGAGTGTGTCAGTCATCTTCACTTTTCCTCCCTCCAATTGAGATTTGCACTTCAGCATTAGTTTCCCATGAGGTTGGTAAATAGCAGTAGGTGGAATCCTGTCAGGTGGTTGGCCCTAGAGATTGTAATGGGGGATGAAAACCTCCAGTAGGCATAACAGGGCTGTTAGTGTTCTGTGGTGTAGGCACTTTAGGGCTGGGATTTCAGCAAAAGAATAGTTTTCAAAGAGATAAAAAAGGAACAGAGATTTGCCTGTGAATCTTCCATTTTTCAGCACAGAAGAAGAGAAGCTTATCTGCCCAACCCAGACTGGAAAAAAACAACCCGAATTCAAAACCCACACCTCGGTACAGAGGAGCAGGCGAAGGCGGTTTCTTAATTAGCTTACTGATACTGTGCAGGATCACAGCATATGGCTGTCCTGGGGCTTATATGCTGAGCAGAGCGTTTAATTCGTGCTAGTAAGGAGCTGTTAGGGTTCCTCCTGACAGTTCCTGATGTTTAGCTTGTAATATAAATAAATTATGCATAGATTTTAGCAGCAGAGACATAACCTACTTACATGCAACCTTAATGCTTTACAATAAAATCTGAAGTATAAATTCAAAGTTGTGCACTTGCTTATTGCCTTCTGTCATTCCTTAGGAATGAGTGTAGGTCCCTTCCCCCTGGGTTGCCAATGGAGGGAACCTACAGAAATGTGTGTTGCTGTGGTGGGCTGAAGAGATGGGAGCAGAGCTCACTGCAGTCCGTGCAGAGGCCATAGTTTGCTTTGGAAGGTATGCAAGCTGTGATCCTTCATTAGATACACGCTACCTCATTTTTGTATTTTTGAGATTCTTTTCACATTGCAGCAAGCATATATGATAAAGCAAGTGGAACCTCTTAGTGTTTCTTCCAAGCAGAGTCTGGAATAATTTGTAAGCTGAGTCGCTGCTGGGTATTGTGGAATTCTCCTGTAGTGCATCTCTGTGGTTTTGCGTTACAGGAGAGCGAGCAAAGGCCCTCCAGTAGGTCATGCTGGAGGTAACCAGTCAGCAGCATTTAACTAAAATACCACTACATGATATCTGGGATGTAGAAAGGCACAAATGACAGAAGATAGGCTACACATCTGTACCCTGTTCAGCTGTTGTCTGAGCCCTTGCTTACTGCAGGGGGTCTTAGAGGCAGCTCTGACGTGATTCTGGGTCATGTCAGCCTTAGACCTGTTGCTCCACACAGATGTTTTCTTGGACAGCAGCTCTCTCTTGTGAAGTCAGTTTTCAAAGCTGGCTTTTGTTAGGTCCTCTTACAGACGTGGGCAGTTGAACAAAGCCAGTCTCTCTGTTCGAGTAGTTGGAAGGGTTTACATGCAAGGCAGTGAGAGCTGCTGCGCTTCTTGTTTGGGTCTGGCTGGTGAGTAGATATTTAAATAGGTATAAATAAATACCCAGTGAGGTCACCTGCCCGGATCTGATGCACAGCTGCTTCTACCAGCATCACCATCAGAACCCCCCCATCTTTTTCTTCTCCTCTCTTTGTTTGGACTTTGTCCTTCTCTTTCTTTACTGTATGCTTTACTGTTTGCTTGATGCCTGGTTCAGCTCACTGCTGCCAAGCTCCATTGTGTTGTATAGGTCTCTGTCAGCAGAGAGGCCTGGATTAGGCTATCTTCATGTCACAGGCAGCTTCTTGCTTTTTCTCTCTTATGTTCGGAACAATGAACTTAATACTGATTCAACTTTTTGGTATTTCATGTGAACTGAAGTATGGAATTCGTTGTACTCCTGCATGAAATGATGGAACGATTTTAAACGGCTCTGTGTTCCCCTTTGGGACGTTCAGTAACTCAGAGTGCGCTCGGATGGAGTGCCCGTTTGCAGCAGCTGTTCCTTATCGATCTCCTTTGGCTGACATCCACATAAAAATTCTTACTCGTGGAGCAAAGCAAAGTGTAGAGGGGTGTCTTTAAAGCAAGGGTTTGGGCTGCCGGAGTAGGTGGAGGTGACAAGTGAAGTATTTAAATGAGACGTGTGGAAACCTTCGTTCTGTTACCAGTGGAAGCAGAGATGTCAGTGCCACGCAGCCGGGGTGAGGTCAGTGCTGGGGGCTTAGCGAGGTGTGTGTGCTGTGCCAGCAAAGTGCTGCTCCTTTACCTGCCAGGGGACGCCCGTGATTTGCACCCCGGGGCAGTGATTTTAGGGAGAGCACGGTGCTGCGATTCACACTGAAATCCTGCGAGTGAAGCACCTTGCATTTGGTTGCTTTTAAATCCTTCCTCATGCAGATAAGTTGGGTGCTGGCTCTGATAGCAGCAGTGGCTCACCTGTCCTGGAGGTGGTGAACGTCAGCTCTGCTCTGCAGATGTAACTGTTATGTTCAGACTTGCGTATCATTAAGAAGACCATTTGGTGCTAATGCTAAACTTATCTAAAGTATGAACAGATTTCTCACACATTTCCCACCATTTTCTATACTCTTTAATGCTGACTGGATTCCTAGGCTGATGTGTTTCTCTGCTGGAAGATATTTGCTTTCATTTAACATTTACTTAGGAGTCCTCTGTTTTATTTTCCCAGGGAAAGCACACATTTAATCATCCTTGCACACCCTCTCTCCCTAGTCCTGCCTACAGGCCGGGCTGCAAGAATGTGAGGAGGAATCGTCGTGTAAAGGTTCTCAAATGTCTGGCTGAGGTGTGCGTTCTCTCCTGCCGTTGCTTTCCATCCTATGCCCCTATAAGTAACACAGGCAGCAACTTCGTGTCTTGTTCCTGGAATTGCTCTTTTGAATGCAGTGTATATATGTATGGCAAACACACAGGGAAGCTTTCTGTTACCCTTTGCAGTGTGATATGAGGAAGATACTGTTCTTGTTTTTAAAATGGCTTTCTCATTTGTTGGACTTGTGGAATGCATTCAAAAGCAGGTCTTGGGGGAAAGCAGGCTTCTCTGAACACGCCAGAGATGAATGTTCCCCCCAGAACTATGAGGGGGTTCATTTCAAAGGCCAGAGAAGTCCATCAGACCATCTGTTCTGAGTCCTTTATCTGGGTGCTTCCTCTGTATTGCAAGGACTGCTGCATGCAGGTTCTGCCCTCCAGCTCTGGTGCAGCAGGAGCCATGTAGTCGGTATGCTGGCAGTTTCAGGCTCTTCCTGCACAGCTCGTGGTCAGCCCCAGCACTGCTGGCTTGTGGCTCTTGTTCTGCATTGTGGATCCAACACCAGCAGCTCTTCTCCAGGGGCTGCCAGGTGACAGCTTATCAGAGCCCACCTTTCCTTGGCACTTAAGGGCATGCTTGTGCGTGTGTCTGCAGTGCAGCTGTTCCCCTGGGAGCTCTTGCTGTGCGCACTCAGAGCAGCAGCAGCAGTGCATGCTGTGAGACAGGAGCTGTTCTCCGTGGGCTCAGCCTCCCTGGGGCCTCTGTTGCCCTGACTGCAGTGGAGGTGAAGGATGTGAGCTGAGCTCTCCGGTGTGTCTGGGTTACAGTGACAGACA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Seq C2 exon
GAATGTAAGTTCAGATGGAGCAGAAGCACGCAGAAGGCTAAGAGAGTGTGATGGCTTGGTGGATGCCCTACTTCACGCCCTACAGTCTGCAGTTGGCAAGAAAGATACGGACAATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002040:ENSGALT00000003170:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.306 A=NA C2=0.010
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF136461=HEAT_2=PD(1.8=3.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]