GgaINT1018712 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004624 | MYO5A
Description
unconventional myosin-Va [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_990631]
Coordinates
chr10:8257319-8263904:+
Coord C1 exon
chr10:8257319-8257499
Coord A exon
chr10:8257500-8263759
Coord C2 exon
chr10:8263760-8263904
Length
6260 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTCTTT
5' ss Score
-15.65
3' ss Seq
GTTTCTTTGTCTTTGTGTAGGTA
3' ss Score
9.75
Exon sequences
Seq C1 exon
GACCTAGAATATTGCCTCGACCCCAAGACTAAGGAACTCCCCCCCTTGCGAAACCCTGACATCCTTGTTGGTGAAAATGACCTCACTGCGCTCAGTTATCTCCATGAACCTGCTGTGCTACACAACCTCAAAGTTCGATTTATAGACTCTAAACTCATTTATACCTATTGTGGCAAGTACT
Seq A exon
GTCTTTTTATCCTGTAATCTTCACAGAGACTGCAGCAGACAGAAAAAGTTTATTATTGATATTTGTACTTTTAACTTAATGGTAGGGTAGGTTGGGCTGTTCTGGTGAAAGTCCCTGTGTTTGTGGTCAGTAAGTGCATCAAGTAGGCTTGAAATTATTAAGGCTCAAAAAAGTTGACTTCACTTGATGTTCCTCTAGCTTCCCAGTGGGCTGTTTATGAAATTTGTATTCAACAATTTTAGCCATGGGATTCCTTGCTGACTGTTGTTCCCCTTAGGCATGCATAGGTAGGCATTGGCTGGAGGAGAGCTTCACATGCTGCAGATGTAGGAGGTTAGCCTTGCTGCTGGATGGATTTATTGCTTCCTGCCTTTGATTGCCTGCATCTGTATTGAGCTGCTGTATCTTTGTGCTGGAGATACCCCTTTATTTTTCTTCTTGTTTTTTTTCCAGTCAGTAGAACTATGAGAGTGCATCTGTAACTGTGTGTGAGCCAGTGCTTGTCCATTCACAATCATGAACAATGTGAATTTTAAAAATACCTTTTAGCTCACAGTAGACGTTACCTAAAGTTGTAATTGCCTGTAATATTTTCATACAGCCAAACTGGGGAAGTTACTTTAACAAACACTTCATTGTAGGTAGAAAATTGTAGCTGAGTTGTCTGTTTTAAGGACACACTGAGAGACAGTTTAGGCTTGATGCTCTTGGGCTTGTGTGCACGTGTTTCTTTTAAATGTCAGTTTTTAATCAGAATACATTTTTAACTTTTTAATGTAACCTTTCATTATAAACAGTCTGTTAACTTTTCAAGTATTTCTTTAGTTTGCCTATGTTTTGGACATTGTGCTAGTGCATAAGGAACAGTTCAAGTCATTAGGGTTTTGTTGCTGTCGTTTGTTGGTTGGGTGTTTTGTTTGTTTTTTTTACATTTAGGTCTGAAAACATAATATGATGATGTTATTCCTGGAAATCAAATACTAAAAATTTCCTTCTTGTGATTGTCTGATTAAAACAAAGACACATTCTTCCTGTACATGTAGTCCAATTACTACCTGTGTATTTACCAGAGCTCAATTTATGCCAGCAGAAAACATGCCCAGTGATTTCTTTTTAAATACACAGTTTAACTTTGTTTCTAATCAAGTGTTTGTAGGACAGCTCCAGTTCTTGTTACTGCATGCCAGAGGTTATTGAGCCCTCTCCATGTTACCATACATTAGACTTGCTATTTATGATTTCACTGTGCTTTGCACTATTTGCAAACTGTGGAGTAGGCTTTCACAAGGCTGCAGATGTCGTGTTGCAGGATGGCCCTTGACAGACAGCAGCAAATCATGGTTGCTGGTATCTGAAATAGAAATTTCTATTTTGCATTATAAGGCCTTGTCTTGTCCTGGTCTGCAGGTGGAATTTTTCATGTGTTAGACTTCCCTGTTCTGGACATTCTTACAGCTCCACCATGGTGAGGGATGTGGGGAAGAAGGCCAGAGGCATGTTAGGCACTTGGTGATGGCCAGAGCACAAGCATTAGTGTTGAGCCACGTTTTGCACACACCAGCAGTTCCTAACCTGTGGGAGCCCAGCAGAGTGCATGTGTTCCCAGTCCTGCTCTGAGCAATGTCCGGGCCATGGGGGCCTGAATTTGACTTTGCCTTTCTCTGCTTGCAGACCTTCATTCCCATTGGTATGGGAGATGCATACTTACATCTCATCCTGTCACACAGTTAGAGTGTGACCACAGGCACCGGATGGTTTATGTTAGAAGGGACCTCTGAAAGTGTTCCAGGAAGCTCCCTTCTTACAAACAGATCTGACGAGATCAGGTTGCTCAGGGCTTTGACCAAAGAAACCACAGCCATTCTGGGCAGCCCCTTCTAAGGGTTTGTGTTTTAATCGCCAGACTTCTCAGCTCCCCCATCTTGGATATAGCCCACATTCCTGTCCCTAATGCCCCCATGGCAAAGCTCCTGATGGAGGAGTGTTCAGTGAAAGGGCTTTTGTGTAACCGGAGTTGTACGACCCAACCTTGTAAATAGTTTCCAGTTTATGAGTGTGGTGTCTGCAAGTACAGCCATGCCTGTCCTGTGAGACAGTCTGCTGGGTTTGTATTTTGTTTGCTTGTAAACATGGATTATGTTTAGTGTTCTGCGAGAGGCTTTCTAAAGGAGTGTGTTGTCTGCTGGTTTTGTTTTGCTATTTGAGAAGTTGTTTTTATGTTTGTCCTAGTGCTGCTTTAGTTGTGGGTTTGGCTGATGTTACACAGTTTCTTCTAGGACCAGAAGGCTTTTAGCAGCTTGTGGAATTCATTGATTCGGGATTGCTGAGCTTGATCAGCCCTTCTGCTTCCCAATACTAAGTGATGCTTTGTGAAATGCATGGTGGGTGAATTAGACATACGTGGACTGTGCACTGTGGCAATTTCAGCTGGTCACAGTGCAGGTGAGTGAGTTCTTACACCTGCTGGGGGACCGAAGAGTACAGTGTGCTGTGCATTTGTTGTCTTGGGTGGTTCTTCTTTTCTTAGCATAATAGGTTGAACGGATATTAAATTCTTTACAATTTCAATTTGAGGGAACCCAGACTTTTAAACAGAAGAACTCCTGAGTTCTTAACTTCCAGGCAGCCCATCACCAGAAATCCAGAGCTGATTTATTGTTTTGTTTTGCTGTTGAGAATATGAAATGAAGAGTTCATGGCGGAAGCTGAAGGGTTATAAGGAAAAACATATGGATAACCTGCTATGACTGTGATCAAAACTCAGTAAATATTCCTGATTAGTTCAGATGTATAAATACTGCCTGTTATGAAGGACAGCAAACTTGAACAAGTTAATAAAGTGTTTGCATTAATATTCACAGATGGGTGAATACATTCAAAATGAAAGAATTGGCCACATTTACTTTGGACGTATGTAAGAATGGCAAAAAGTAACAAAAAGTAATGAAATTTCATGTAACTGCAGGAATGAAAGCTCACACAATGTGGGAAGGGCCATGATAGCTCTTATAAAAACAGCAATTCCATTCAGTGCAGGTAAAAATAAGTTATATATGAATTATTCAGAATTATTATCCTGGGAGGTAGACTGGTTTAAAAGTTCCCATAGAAAGCATATAATTCCTGCCTTGCTTGTTTTGGTTATTTCCAGATGGCAGTAACTTGTTGATTTTGCAAGCCACTACTGCAATTAAGTGCTTTAATGTGTTGGAGACTTGTCATGGGGCTGCAGTTTTGAATTCAAGGGTTCATTTTTGCCAGTGCAGGCAGAAGCAGGAGGGAATTGTCTGAAGTGTTGCATGGCTTTTTTGATGTCTGTTTGAATACATGTGCAAGCTTGAGAGGCTTTAGGAGCCCATCCGTCACAGCCTCAGTGCCAAAGGCTGTTGGCAGCTGGCCTGTTGGCGTGGGGCAGGCTGGGTTGTCTAACACATGTCTCTTTCTCCATGGCAAGTCATGGAGTCATAGGCTCATAGAAGCATTTGAGTTGGAAGGGAGCATTAAAGATCACCTAGCCTTCCTGCCCTACAATCAACAGTCCCACAAGGACTCCTCAGTTGCCACTGTGCTATGCACGCTTTGGTAATAAGCAGCACTGCACAGAAGTGCTGACAAACATCAGCTGTGTGGTGTGAGTGTCAGGACAAGTGCTGGTGAATTAGCAGACCTGGCTAATTAGCTGAGTGAGGCACATGCGTCCGCTCCCGTGGGAGCCCTGCTGCAGGGAGCCTCATCCGGCCCTCAGCGCCAGAGCGAAACCTGCAGTTCCTGCTGCTGCAGAGCCAGCTTAGTGGCTTGGACTGAGCGCAGGTAAAATGCGGTTGGTCCTCATCGCTGTGCCTGGCAGTAGCTCGTTATTGGTGAAATCAGTCGTTACGTGCCTTATGTTCAGTGCTGAAGCAGGCCTGTGAATCCCAAGGCCGTGTGGCTCCACATGTGCCAATGAGGTATGCTGAGAAGAAAGGATTAAGTGTTCCTGTGTGCAGGCAGATTCCTATGGACCATCAGGGTCTGGAGGTGCTTCGCAGCTGTTTATACTGCAGAATATCCCAGCATTCTTGCTGACAGCATCACCAGGGCCCTGGAACACCACCACTTCCCAGTTTTTGCCCTTACAGCCATCATTTGTAGCCTCTCTGATGTCCCAGACTGAGCTCACCTGACTTAGATTTGCAGCCTGTCCTGATCCTCCACACACACTGCCGTCTTTGTGCTGCGGACACGTTAGGGATGTTAAATCAGCCTGTGGCAGTCCAGGCTGCAGCTGCTCATTTTTGGTGGCTGCCTGCTGCTCTCCTGCCCCAGCCTGACTCCATGAGGCCCAGGGATGTGGCTGGTTGTACCAGGGGCAGCTCTGAGCACCTTGGGCTGCTCACAGGCCCTGCTCCGGCCCCCAGCTCTGACTGCTGCTGCTGACTTGCACCCGCACCTGCTGACTCCCAGTGTAGGTGATGGGCACTGCAGTGTCTGCCAGCACCAGGCTCCTGTATTCCTGCACCCCTTTTATTTTTTGGCTCGTCATAACAGAGTTGCACTTGGCACACATTTTTAGAGCAACTTTTAACTTGAGTTACTGAGTCATTTGGGTGAAGTCATTTGGTGGAAAAACACTGGCAGGGGTTGGATAGGCGTGCCCAGACGTGTCACTGGCGTTATATTTGAGGAAATAAATCAAGGTTTCTCCGGTCTCTTTCTGAAAAGTGTTCTATCATTGTTTAATGCTTTTGCTACGGTTGGTGCTTGATTTATAAATACATGACAGCATTTAAAAGCGGGATGGTACTCCCAGCAGCAGAGGCAGATTACAGATGCTTTTGCTTCCCTTCTCCCAGCTCTGCATGGAAAGTTCCTGAGATAGAAATCACAGCACTGATGTGCACGGAGCAGAGGGCTGGGAGCCCTGAGGAGCTGTGCACCTGTGTGACTTTCTGGGTAAATTTAGAAATGCGCTGAATGCTGCAGAAATGCTTTCAGCACAGATACTGAGGAGTATGTTGTCC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Seq C2 exon
GTATCGTCTTAGTGGCCATAAACCCTTATGAACAGCTGCCTATCTATGGCGAAGATATCATCAATGCGTACAGTGGCCAAAATATGGGGGATATGGATCCACATATCTTTGCAGTGGCAGAAGAGGCATACAAGCAGATGGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004624:ENSGALT00000039066:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.016 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=PU(5.3=59.0)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(7.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]