GgaINT1020512 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005318 | OVCH2
Description
ovochymase 2 (gene/pseudogene) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29970]
Coordinates
chr5:6872849-6880050:-
Coord C1 exon
chr5:6880032-6880050
Coord A exon
chr5:6872959-6880031
Coord C2 exon
chr5:6872849-6872958
Length
7073 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
TTCCTGTTTTTACCCCCCAGATC
3' ss Score
11.14
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAGCTTGCAAGCCAAAG
Seq A exon
GTAAGAGCAGCTAAAGCTGGTAAGGGAGAAAGGTGGGATAGTTGTTTTGTTGATTTGTTTTATACCAGTGGCAGAGAAGAGGTTAGATGTCTTCTTTTTGCAAATGAAGAGCTATTGCACCTGTTAATTATCAGCGTGTGCCTCCTTTATAGGATTAGCTATATAATAAAAATTATAATGCAGTCATAAAACAGATATGCTAAATGCTGTTCTTAAGCTCTTATGCTCTGAAGTTGTATTTCATGTTAAAATGCTAAAGCCGTCATAGAAATACTTAATCAGAATGAATGTTCAGACCTTGTAAATCCATGTGCCCAGTTTCAGGCCCAAATGTGAGGGAAGCAGTGAACAAAGTGAGAGTTGATACATGCATAGCTGAGTATTCCTACAAGATGTTGAATTCACATTCACATGTATTACTTTTATCGAGAGAACGCAAAGGAACAAATTATAAATCTCAAGTCTTGTATATACATATAAACATCTTTAGGAGGCTTAAATAATTATACTGGAAAGCATTCTATGTCATTAGTTGTGCTAAGAGTATAAATTGTATTTTTAGAGAAAAGAAAAAGCCTGTCACCTAATCTACAAAGCCTGTTCGGATATTTTTTTCTGCTAAATCACCCTAAATGGCACTAGCATCATTTCAGCTGTCCTCCTCAAAGCATTGTATGGTATAAAAGTGTGCTCGTTAACAGCTGTTTTGCAATAGGAGCTGTGTGAAGGTTCATCTTTATGCATGCAGTCACAGCAGTGGATTGTGGTAAGACTGAGGGGGGGATGGGTGGACTTGATTGTTGTATCTGTGCAAAGCAGTGCAGACCAGCTAAGGGAGCTGGTGGGAATGGAGGGCCTGTTTCTCTAGCGTTGACCATATATCTCATATTATTGACATGCCTGCTGAGTGAGGAGTACAACCATCTGCCCTTTGTCTTGATAATGACTAACTAGTACAAAGCCTCATGAGCTCACGTTTATTGCATTTCAGACTATATTTTCCTGGATGTGATGAGGGTGAGGAGGGGCTAAATATAGATCCTGGAGATCTGCAGGACAAAACCAGTAATAGCTGGTATGTTAGCTCAGCATAAGGCAGTACAATTGTGTGAAATGAATGCCTTGGTGTTCCTGTGTTTGTTTTATTTATGTTTATATTGAGGAGCTCCCACTGCGCTTGGGCTGTTTTATTAGCAACAAAACATTCCTGAGGGGATGCCATAGGTTTGGGAGCTAAGCAACTAGGATACTCCAACTCTCACTGAGTTGTTTAGTATGTATGGCAATCTTTGAGATATTGCAAGTTCTGCAACTGCATGCAGTAAACTAAGCCCAGTCTTGTTCCCTTTCCCTTCTCTTTTCCTTTCCCAGTTAATCAATTATGCTGTTCGTATAATGCTGGATCCTATCTAAAGAAAGCTTGGGCCTCTATCTTAATACATTGTGCCTTTTTTAGCCCACACTACTACTACATTTGTTGACATTGCTCGTTTACTTTGGAAGATAAAGCCTTCTTACTAATAGTGGTTTAGCTTCTAAGCAAAAATCTATTTCACAGTATTATCCACTGCAGATACAAATAACTGAGCCTATGTCTATGATACTTGTGTACTGCTGAGTTCTAAGAGCAGGAAAAACACAGCTATTGTGAAAAGCAGGAAAATGCTAGCAGGTATGGTTTCCTTTGGTTCTTGGTTTTCAATTGCTTTTGTCTAGTACAATAACTATTCTGCTTTGCTCTACCTAATGAAGAAGAGCTTAATGCATTTCCCTTCCAAAGCTGCACTCTATCTTTGCGTGGGAAATGCTTATATCCAGAGACCAAATGACCTGGGGGAAAAAGTCTTGGGGGATTTCTGTGGGCTTTTATTCTGCTGAGCACTCTTTTGAAAGTATTTGATATTGTACAGTTTGTTTTGTGCCCTGACAGATCGGCTTAAGAATTTAGGAGAGTGTAATAAAAGTAAAGTAAAAACACTATTTAAAGCTAACCTTTCTTGTTTTACTGCTCCCTCTGAGTTCTTGCTTTAGTTAATTAGAAGCAATAAAGCTTAACTAAATGTCTCTCTGTAAGGCAAGAACACTGTCCCTTTCAGTTGTGCTGAAGGCTGTAATGGGCACACAGTGGTAGTGTGGGAGGATATGCTTAAAGCACAAAGTCTTAGAACGTAGTCTGCATCGGAGGGAAGCTGATATATCAGATCAAGTAATATTTGGGAGGGTAAGGAGTGGGTGTAAGTAGTGCAGCTATCCTCTTTGTGCTATGGAGATATGGAATGACTGTACCTTTTAATTTCTGTTATGCTGCTAAAAAATTGTTATGATGCTTTGTTCTTTCAAGGATGTTCACACCTTAAGAAATTAGGGCTTTGTAATTCCCAGAGTTTGGTAGTTGATATTTAAATATTACTGGACGTTTAGCTATCCAGAACCAGATAAGAAGTCATAACAAAACCCAGTTTCCTGGTTGGTTTGGGTATTTTAAATTGTAAGTGGAGAGAGCAATGGAAAAGGATGGGCTTATCTATCTAGTGCATGCATTCATTCTTCATTGCGTTCGTACAAGCGTTTAATTTCTGAGTAACAGCTTTGATCAAGAAACCAGTCCTGCTATAAAAGGAAATGCAGGTACACAAATAAAGATTAATATTTAGCTCTCCACACAGCTTGACCAGATCTGGGACTCACAAACAGAAGACCAGCAACAAATGCTTTCATTGGAGACTGGTACAGCTGCCCTTTTGGTAGCAGCCTGAACTTGTGTTAAAGCAGCCAAGAACCTACAAGGAGAATGGAATGCATCTTAATTTTTGGATCACTTGTGAAGTATTTGTTTTGCATTTCCAACAGTTACTGTTTGTCATTGGTGTAGTAGCAATCAATCATTAGCACTGTTTTTATTGATAAATGGACATTCACTAAGTTCAGAATAGTCTTAGGTGAAAACTTTTTGTCTCTGGCCATTTTTGGAGTTTTAATTTGCTTAATTTTCAGTCAAAATTTGGCTTCCCACAAATGTCCTAACAACTGAAAAACCATGGGTATGAATCTTTCTGGAAAATTAATTGATAGCATTATGGGCATTTTGTAGCAAAATTTTAGTTTGCTGATGTTTTTAACAGTGTTTGCCAAACCTTGCTATTATCATAAACCCTAATAAATAGCCTGACTAGGAGCTATTTTTTTTTGTATCAAGCAAGAGGTCAAATTAATTTATCAAATGAGTTTTGCCGGTCATAAAGGACACAAATCCCAACCACAGAAACTGAAAGTAACGAGACAGAATGGCATAGTACTCCCAAGACGAGACTGTATTTGTAGAGGGGAAAATGTGTTTGTGAGTACCTGAATTAGTTAATGTTTTAATTCTGGGAGTAGAGGATGTATGGAAAAGCTGGTCTCTGAAATAAGATGAAGGCTTAGTCTGAAACAAGCAAACATAAAGTTAACCATTCTCAGTGTGTGTGTGTTTATGTGTGATTTGTTTGTAAATATATTAAAATTGAATGATCTTTTTTAATTATTCTTCTCAGGGTCTTTTGTATGCGTGTTAAATGCCTCTTGTTTTACGGAAATGCTAGGCAGTAATGGGATTATGAGAGTTAAACTGCATTTTCTTGTTACATCGGAGTGAGACGTAATCTGTATCAAGTAATTGGAATTACAGTAGATCTAAATTAGTGTAAAATAAATTCGCTTGAAAATTGAAATTAATGTTAAACTATCAAAACTTAAATACATCTAATCCCTATTAAAAGTAAATTAAAACTAAATCTACTCTCAGTAGATTTCTACTTCCCAGGAACTACTGGATTCATAAATGTATTATATGAAAGCATTTATAAAGTGTAATATTTAATCAGTTGCATTTTTCTAAGATGCAAAATTATTAATTTTATTGAATAAGTAGGTTTTCTAGTTTTCTAGCAGTGGCCTTGCAACAAGTTCAGAAGATCAGCGAAACTTAAAAGCACATTTTTCAATCTGGTCGTGTCAGTGGTCCACTAACCTTAACTGAAAGGGCAAAAGCGGGTCCTTAAGTTATTCAATTATGAGGGCCCCTCTGAAACTAATGCCTCCTATTTTATTGTGTTGGCCTATGATATCAGAGGTGGATGCTGGTGGTATGGCAATAGAGGGTGAGCCTTCGCGCCAGTATTCTGTTACGTGTTGCTGTGTGACAGATGGCAGCAGAGGACACTGGCAAAATGGCATCTGACATGGAAGTGTGATGAAGCAAAGGTGTAGAACTAATTCCTCCATGTAGAAAAAATGTCACCTATTGACATTCATCAACAGTTAGTCAATATTTGTAGAGACCAACTAGTGGATGTGAGCACAGTGATGATGATAATGGGTGTCCTCCAGAGGTACAGATTTTTACAAGTGTGGCATGCAGGTTTGCCTTCATTGCTGGCAAAAATGCATAGCTAACGGTGGTGACTGTTGAAAAAGGGTGTTTTGTAGATGAATTTGCTCTATCAAATAGTGTTATTGTGCTCTTTGTTGTAATTTCCATGGAAATAAAAAGGGGGCGTTATTTTTGGAAAAACCTATGTGCAAAGATATGGGATGCTAACAGGATGAGGCCAGCTCTACACTGCGATTTGGAGCAGGCGGGTGGATGGGGATTGTCGTAAGACTTGACCTTTGCCTTTGTTTCAGGAGTGATGCTGGCAGTGCTGCTTGCCAAAGCTGTGAGTTTTAGGAGCAACAGAAGCAAGCCAGTGAGAGAAATAGGTAAATCATTGTTGCCTCTGTCTGTGCATACTGTATGAAGATAGCTTCAGAGGGAGGAAGGTTAAAAAAAAATAAAATGTGTAGTTAGACAAGAAAGCCTGTATTCCTGTTTTGTCATCCCAGACAAGAGACAGGTTGTACAGAACATGCCATTCTGTGCTGCTTCTTCCTGATCTCGTGGGCTGCTGCACAGTAAGTGTTGCCTCTCTGCCATAAATGTGAAATGAAGTCATTGTTTCTGCGTTTGCCAGTGCAGATGT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Seq C2 exon
ATCCTAAGTGCGGGCAGAAAGTTCATGAGACAAAACCATGGAGTTACTTCAACCTTTTCACTCGGATTGTTGGAGGGAACCAGGTGAAACAAGGCTCACATCCATGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005318:ENSGALT00000008522:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.108
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=PU(5.7=37.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]