GgaINT1024735 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010697 | SEMA4D
Description
sema domain, immunoglobulin domain (Ig), transmembrane domain (TM) and short cytoplasmic domain, (semaphorin) 4D [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10732]
Coordinates
chrZ:43448664-43457896:-
Coord C1 exon
chrZ:43457690-43457896
Coord A exon
chrZ:43448868-43457689
Coord C2 exon
chrZ:43448664-43448867
Length
8822 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
GTTGACTGACATTTCTACAGGTC
3' ss Score
6.93
Exon sequences
Seq C1 exon
CCTCATCTCCTATACCTTTCCCTCCTTCTGGTACTTCCTTTTTGTCTTGTGTGGGATGTGGTCCACCTCCTTCACCCACCAGTATCGAGCCTGATGTTTGGTCTAGCACAGACCCTCTAAAGGTCGTGTTGTTGCAACCTTTCCTAAATGACCAGGCACAGCATGTTAGTGCTCGAGGACCCTTCCACCTCTTCTGCCAAGCCACAG
Seq A exon
GTAAGTTAGAGGAGCCCTGCGTGAACTAGCATTTTCTTCACTAAACGGTTGGATATGTGGCCATGTACTGTATATGTTCTTTTTTGATGCTTAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAGACTTTTGGGGGATGTATTGTGAACATGCTTTTGCTGCGAATTGAGCACTGCAAACACTGTCCTGCAAAATTCTCTCACTTAGCAGCCTACTTAAGTATGCGAAGTCACTTGACTTCATTAGGCTCATTTGGAGCTGAATGATGCACTTGCATGTGTGTGGATGTGTAGTAGGTAAATATCTTCATTGTTAGGATGTATGCAATTAAAAAAAATACTGTTCTGTTGGATTTGAATTTTGCTCTTATTTTGGTCAGTTATTTCTTACTATTTCAGATGATTAAGTATGTACAGTAATGATAATTTCCATTTTATGACACATATTGTCTGTGATCTATGAGAACAAGTCAAAGCTAATTTTTTCTGTAGAAATTAAACATTTGTCTTTCAGCTTTTGTTTGGACAGCAGTTGCCTGGTTAAGTGAGATTTAATCAATCTAGACAGGTCTTAAAATGGAACTTCTGTCCTTTAAAAAAATAGAGGTTAATTTTAAAGTAGGATTGTTTTCTACTGGTGTGTCTGTGATTTTTAAATGTTACATGGAATCAGATCAAAATGCAGCCATCTTCATTAAAGCAGGTCTTACCAAGGACATGACTTGTATTTTCATGGCTAGAAAAAACAGCTGTGGGGTCCGAGTGGGTAGCAGTAATTTTTTCACTGCTGCTGGTGACACTGAAACCTGCTACTGTCCACCATGAAAAAAAAAATATAGAACAATGGTGTAAATAATGCAGAAGATTTAAGCAATTTGGTAACTAGGCAAGCACTGCAGTGTGTGGGACAGGGGAGGAGCAGTGAGCTGGTGATGTGCACACCTGCACTGAATTCAGGTGTGGTGGAGCCTGGCTAGTTTGGTAGTTGGTTCTGTTTCAAGCTTCGCTAACACAGGCACCACCACTGCCCAGTGCAGTATATCTTTGGGCTTGTCATAGGCAAGCAATATCCTACAGTGTCCTAAGTGTGCTGAGCAACTGTTTGAGCGCCTTTGCAGATGACCAGTGTGCAACATTGTGTTATTGTTGTGTTTCTGCCCTGCAGATAGATCCTGTCCACTCCATGCTGTCCAGAGGCCTGACTCCTTCCCTTAGCTGTTAGAAGCTTTCCTTACCTGTTCTGTAGCTTTTTGCTCTCATTCAAATAACCTTCATATGTGAAGATAACAAGTTCTGCAAAATTGGCGTTCTTCTTTAAAGAAGTCATCTTTCTGCACTGGCACTGAGGTGGGTGCTGATGCACACCTACAGACTGCAGCTGTGCCCTGTAGTGCTGCCTGTACAGGCAGTGCAGGAGACCTTCCCACCTTATGGGGGGAAGGTGCATCACTCACAAGTCAATGTCACAACAGCTTCATAGAAAGTTTTTTTCTCTTCAGCAACACTTGGAATTGCACAGGAAGATGTGCAGGGGAAGGGCTGGGGGAAGGTTAATGGGAAGACTGCTGCAGACCAAGCTTAACCTCAGGGAGTGCTCCTGCAGTGTGAGTGCAGCATGGACCCACACATGGCCATGTAGTGGGCCCAAGCTGTGCCAAGTGCCTGGCACTGGCTGTAGGCCAGTCCCCTAAAGCAAGCAAGCTATCCTCCACTGTTCCACTGTAATGGACTTTGAGATTTAACGGTGAGGCTTTGCTGGAACAGTGGCCCTGACTTTGATCCAAGTGGTTCTTGTTGACCCATGCTGGGTTTGTCTTTACCTTCATATGGGTTGCTGTGCCAGCACGTTGCTGAGGGCTCTGTGTCTCACCCTAAAGACCAGCTTCTCTGGTGTGCTGCTGCTGGCTGGCTGACTGCAGGTCAGTGTCAGCATATGTGGCTGCCAGAGGCTGTTAAGTGCCACATACGGGATGGTAGCATTTATTCCGGTGATTCCTGTTCTGAGTGTGAAAATTCATTATCTGAAGCCATCTTAGTAGAGTAAAACCTTTCTTTCAGACAGATCTGCAGCATGCCACATTCTTTGTTATTTAAACTGCACATAGGAGATAACTTCAAAAGTTAAGATTGCTCTTCTAAGTGTTCTGTTAATGCCTTAAAAGGTATTATAACTTTTAAGGTTAGTGAATCAATTGTATACTGCCTAAAAGTCAAAGACCCTGGAAGTATGTAATCTTGATACAGTGGATTGCAGTGCCCATGCAGGAATACCTGCAGTGTTGGGGTTGAAAGGGACTCAGAGCCTGCCCAGTTCCAACCTCCTGCCACGGGCTGCTCAGCACCCCATCCAAACTGGGGCATTTCCAGGGATGGGGCACCCATAGCTTCTCTGGGCAGCCTGTGCCAGTGCCTCACTGCCCTCTGAGTGAAAAGTTTCCCCCTAATATGTAATCTGTCTCCCCTCTTTCGGGTGCAGCTGTTTCCCTTGCCCTGTCACTGCTACTCTTTGGTAGTCCCTCCCACCCTTCCAGGCCCTGTAAGGCCACGCTTCCCTTGCTGGCTGTTGACAGTTCTGGTTCCAGACATGAAGCATTGCAGCCCTCCAGTGGCTCCTCCTCAGTGACATCTGCAAGCCAACTGAAATTAGTGACAGTAGGTTCCATGATGTGGATGCACCATTTTTTAAATTCTGGCATCAACAGCAGATTTTACATTGCATAGAAATGTTCCTGTTTCCTTTTATATGTGAAATCTGTGGCTAAACTGAGAAACACAGTGAGCAACAAGGTGCAGTTGGAGAACCTCTTCTTATTTGACTTTTGGGAATTTTATCAATGCTTAGAATGTAAGAGAAATTGAAATATTTTTCCCCATGAGGAAGTCATTCTAGTTAGAATGGATAATTGTGGTATGGCCAGTAATTTTTACTGTTCTGATGTGCTTAAAGATTAAAACATCTCAAACCACATTCGTGTTGTAGCCTGTCATGTACTGTGAAACACCTGTGCGTGCCCTACCAGAACAGCTCTGAGCTCCCTGGTGCATTCATTGCCAGGTTGTACCATCTGCACCATATGTCAGCAAAGCACTGAGAAAATTAAGTAGGTTGATACTCCTCAAACACCTGCAGTTGCACTGTTGGAAGCTTCCAGTTAACATCTGTGCTGTCTGAATGAGCTGTTCTTTGTCAGGTCTGCTGGGGCCAAGGACAGCAGCTGTCCCTGCAGGTATGGGTAAGAGCCCGGCACAGGAGAACTTGTGGGAGATGGCACTGGTGCAGGCCTTTGTGTGCAACTCCCACCTGCATGTAATGTGTGTGACTGCTGGGAGGCTTCAGCAGCACAGATAAAAGGTGTACTGCTTCTGTGATATGTCTAATGCTGTATGTAACAGAAAGTGTGATGGCTGATGAGATGGGAGCTGATTTGCAGCTGTTGCTTTGTTTTTAACCCTTGGCAGCAATGGGTGCCCATCTCACCCCTTATCTCTGTCACTACTGGGTCTGTCCACTGACAGCTGAGCAGAGGCTGTAGTTTCTATGCTCTGGAGAGGAGACTGAGAAGGCATTCTACTATCAGAAGTATTTTTGTTCTCTAATTATTCTTCCACATTATTTTACAAGATAATGTCATAGCTTTAAGATGGGGGACAGAGTGTGCATGACAGGGAAAACAGGCACACTCAGGCTGAAGGTGCAACAATTCTTTGGTGCCAGACCCCTCTTCCAGTTTTTCGCATTTCACTTAATTACTCCCAAGTGGCAATTACCTGGGTTCCAAGCACACAGCTGTGATCTGGCTCCGCAAAGAGCACAGCTGAGAGTGCTGGGGAGCAGGGACAGCTGTATTGCAGCTCTGTTCTACCCATAGGTGAGAGGCCATGTTCCATCCAAGTAGTGCAGCTGTGCCTGTGCTGTGCACAGAATGGTGTGGCCTCAGGTCTGGCTGTGTCAGCCAGTAGCACTGTTGCACCAATGCCAGCTAACAAACAAATGAGCTTTGTTTCAGAACAAACTGTTGGCTGTTTGAGGTTAAATTCTTTGTTGGCAATTGTTGTCATACTATTTTCACTGTTTTCTAGAATAGTGATGGATTGACCATAATTTCTAACCCAGCTAACTGAAGTACAAACACAGAAGGCCCAACAGACACACTGGTTTCAGAGTGGTACAGAGATCCCAATCACAGTTCAGTGACCCTCCCCCTGCAGCTCCACCACTAACCCCACTGGGTGCTGTGCTGCTCTCAGCACTAACAGACGATGCCTCCTGACCCTGCTCATGCCTCGTGGGGCTGCAGCTGTTTGGTGCTTCAGGACACAATTACCTTTCCTGTGCTTTCATCTCTGAAGATAATCTTTATGCGCTCATGTTACAGTGTCTTTTAAAACTTAATCCCTGCTCTGAACAAGAGCTTCCTGTGGTATGCTGAAAATCCGGGTGATCGGTTCATAGCGTTCAGCACAAACGTGAGCTGCAAGCTAGATACTGACTGTTAAACCCAGAATCTACTTTTTTTGTTTGCTTGTTTGTTTTTTTAATATCAGGTGATGTTTGGAAAAGTTTTGGGAAACCAGCAAGCTAGCAGTTGAAGAAAGACATCCCATGTCTGTAGATGGTCACTGTAGTGATGCTACTCTTATATCACAGCTGTGCATGACAAGCTCCTACTGCCCCGCCAAGCAGTCCCTGCAGGCACCTGCCAGCCTGCACGCACTGTGCTGTTACCAGCAGAGCGCTGGGTCATGCTGGCAGCACCTGCTCTGCTGCACGAGGCTCAGCTCTCCCCAGCTGGAAAGGTTTCTCCCATCTCCCCATCTATAAGGGAGGTGCAGTTCTACTGTTACCCCTCACTGGCAGTAGCTGTTGGGCCAGCCGTTCTGAGCAGCCCTGCAGTGTTCCAGACCCAAGGGGCAACTCTGCAGGGCTCAGCACTGCCAGTAGGACCTGGCCTGGTCCCAGCTCCCTCCCACTCCCCAGTTTATGTGATCAGCTCCACGTAATCTGTAATCAAC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Seq C2 exon
GTCCAGATGACTCCCATTTTGTCTGGAAGAAGAATGGACAGGAAATGAAGGCATGCATCACTGAGCAGGCTCACAGGCTGTTTGATGGCAGAGTGCATGTCTTAAGTTGGGTGAAAGATTCAGTATCAGGAAACACAAAATATAAATGTTCATTCATCTCAAGGATTGGGAACACAACATCAGAAGTGCTCATCAAAGTGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010697:ENSGALT00000037939:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.071 A=NA C2=0.014
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138951=Ig_2=PU(26.4=34.3)
A:
NA
C2:
PF138951=Ig_2=PD(72.5=95.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]