HsaINT0000412 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000154263 | ABCA10
Description
ATP binding cassette subfamily A member 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30]
Coordinates
chr17:69201500-69214851:-
Coord C1 exon
chr17:69214704-69214851
Coord A exon
chr17:69201669-69214703
Coord C2 exon
chr17:69201500-69201668
Length
13035 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
ATTGTATCTTAATTAATTAGATA
3' ss Score
3.88
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATAAAGATGGCCATGGGGATTCTCCATTATTTTTCCTTAAGTCCTCATTTTGGTCCAAACATCAAAATACTCATCATGAAATCTTTGAGAATGAAATAAATCCTGAGCATTCCTCTGATGATTCTTTTGAACCGGTGTCTCCAGAATTCCATGGAAAAGAAGCCATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154263:ENST00000269081:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.207
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126982=ABC2_membrane_3=PD(13.0=84.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development