HsaINT0000865 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000154258 | ABCA9
Description
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 9 [Source:HGNC Symbol;Acc:39]
Coordinates
chr17:67047172-67057136:-
Coord C1 exon
chr17:67057007-67057136
Coord A exon
chr17:67047281-67057006
Coord C2 exon
chr17:67047172-67047280
Length
9726 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTAAGT
5' ss Score
9.35
3' ss Seq
TTTTTTCTGTCTTTTTAAAGGAA
3' ss Score
11.48
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCACAATGAATGTGAAATTAAAAGCATGATGTAGTAGTGACCCAAAAGGAATGTGAATTCTCCTCCAGAACATGCAGAGACCCATGGATGAACTGTGTTTCTAGATTTTTCCTCCAGCTTTCCTGAGA
Seq A exon
GTAAGTTAACCTCTAAAATTGTGGTTATTTTGCATATAGAAATATAACATAAGACTATAAATAGGCATGCCAGACGTTTAGGTAGAAACCATTAAAAGCAGTAAGTTATTAACGAGTCATTTTGACTTTTTAAATCATCTATTTTATTTTGTATGTCTAAATAACCAAATGAAGAACTAAGAATTTAAATTTTTACCCCGTAACTAAAACATTTTTGGACAAATAGCATACATTATCTAATAGGCTATTGAATAAATCAAAAGAAATGTCACGTTATGTTGCTTCTTTACAAGTATGAACTATTTCCAAATTTATTTGAATTACTTACTCTTCTTTGTTTGTTTTTAATTTTACTGCCAGAGGAATTGTAAGCATTGCAGGATGCATAATTTTCTGAGTTTTGAATTGTTTTTAAATGGCTTGAGAATATTTTCATCAAGAAAACTTAAGGAAAGATTTTTATTGATCTTGTTTATTATAGTAACTATTTTAAAATTTTGATCTAATTTGTTGCCCAGTGCAACAAATTAGAAAAATTTGTTCTGTGAATAACAGGAATTTTATCTGACTGGGAAATGATTGGCTTTTTATAACCAATTTATTATTTCTAAATTATACAATTTCCTATTCAGAACAATTTAAGCTAATTAGATGTTTTATATTATTACGGTGGGTAGTATATTTTTTCTCTGATATTTACACTAAGATGTTCAGTGGGGGGAAAAATCAGTCTTAACGCTCAGAGATAAATAACCACATTCATGACAATGAGATTATGTAATTGTTTTTTATTCACAAATATTTTCTGGCACACACATTAATTCACAGAAAGAAAGAACAGTAGTCACGTGGGCACAATATTTAACCCTTTCAGATACTGAGGTTTATCACCGCTTGATTTCTTAGTTGGAAATGTTGCAGTTTGGTTTCAGGCAGGATTTCCAGGCTATCACAGCCTGCTCCGATGGCATGATTATTAGGAGCTCATCTGCATCACTGGTGAATTTCTTTGGTCACTTCTGGACAGTTTTTAAACATAAGTCCATGCCCTTCTTTGTTCTGCTGATGAGGCACGTCATAAAATAAATGTCCAGCAATGTCTTCCTGTCTTGTTCTCAGGCCTCAGGCTCTCGGACTCCTTCCCCCAACCCTGCCCCCATGTTAACTTTCTATTGCTGCTGTAAAAAAAAAAAAAATGACCACAAACTTAATGGTTTAGAACAAAACAGAGTTATCATCTTACAGCTCTGGGGGTTAGAAGTGTGATGTGGTTCTCACTCGGCTAACATCAAGGGGTTGGCTAGGCTGTGTCTCTTTCTGGGGGCTGTAGGGGAGAATCTGTTTTCTTACCCTGTGTAGCTTCTAGAGGTTTCTTGCATTCTTTGGTTCATGGTCTTCCTCCTCCATCTTCAAAGCCGTAGCAGCAGAATGAACCCTTCTTCTACTGCCTCACTCTGATCTTGTCTGCCTCCCTGTTTTACTTTTTAGCACCCTTGTGATTACACTGGGTCTACCCAGATAATCCAGGATGATCTCCCTATTTCAAAGTCAGCTGATTAGCAACCTTAATTCCATCTACTGCCTTAATTCCCCTTTGTCATGTACTGTAACATATTCACAAATTCCAGGATTAGAACGGGACCATTATTCTGCCAATCACATTTCTCTTCAACTATGCCTTGTGATATAGTTTGGCTCTGTCCCCACTCCAATCTCATCTTGAATTATAGTCCCCATAATCCCTATCTGTCATGGGAGGGACGCAGGAGGAGGTAATGGAATTATTGGGGCAGGTCTTTCCTGGGCTGTTCTCATGATAGTATTCAAGTCTCACGAGATCTGATGGTTTTATAAAGGGGAATTCCCCTACCCAAGCTCTCTTGCCTGGCACCATATAAGACGTGACTTTGCTCCTTATTTGCCTTCAGCCATGATTGTGTGGCCTCCCCAGTCATGTAGAACTGTGAGTCAGTTAAACCTCTTTCCTTTATGAATTACTCAGTCTCAGGTATGTCTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGTCTCACACTGTCACCTAGGCTGGAGTGCAGTGGCGGAATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGGTTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGGAGCTGGGATTACGGGCACTCGCCACCACACCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTGGAGATGGGGTTTCACCACGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTTGTGATTCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACGGTACCTGGCCTCAGGTAAGTCTTTATTAGCAGTGTGAGAACAGACTAATACACCTTGCCCTTCAGACTTCAGTAGCAGCACAGTATTCCCTGCAATAGACCATGGATAGGCTCCATCTCTGGTACTACCCCCTTGAGGCTGACTTGAATAAATCGTCTTCCCACTTGAGCTGTCTCTTGAATACCAGAAGGGGTCAGCATATTCATGGCTTTGCTCCTGCCATGAATATGGCAGGATGAACCATGAACCTAGGATCCAGGAGCACCCTCATTAATAAAACCATTGAAGGGGCAATAGCAACCTTATGATTGCCACTCCTGTTCAACATGGCACCAAAAGAGGATACCATTGATGTGAAAACACAGGCCTTATTAGTCAACTGGCCTTGTGCTCCACTATACCAAGACTTGAACTACTACCTTTGAATCATTTCCTGGGTGAGTTTCCCATCCTAGAATGTTGGGTTTGTTAGCTAAGATTAGGTCTTACGTTTTCTTTATCAGTTAAAATAGTTCATGTTCACTAAAGCTCTACAACTTTCAGACCATCGTTGTTATTCTCCCTTATATACGACACCATTATGTAAAATGGTGTCATATTTGCATTTAACCTATGTATATTCTCCTGCGTACTTTAAATCATCTCTAGCTTACTTACAATACCTAATGCAATGTAAATTCTATGTAAATAATTGTTATACTTTATTGTTTCAGGAATAATGACAAGAAAAAAAAAGCTTCTACATGTTCAGTACAAACCTAGCCATCCTTTTTTTCTGAGCATTATCTACCGCCAGTTGGTCGAATCCACAAGTGCAGAACCCACAAATACAAATGGGTGACTATAGTTTTTGAGCTGTGTTAACATGAAAGAGTATAAATAATTACATTGTACCCGCACTACCAAACTGAAACTGTCATATCTGAAGTAAGTTACCTTCATTATGTTGTAGTAGGTCAGTTAATGGCTTTTGGACAGACATATCCTGAATTCTTTGTTTGTTCTCTGCAAACAATTCTATAAAGACTTCCTAAAGCCTATAAAGACTTCCTAAAGCCTAGGCCCATGTTTTAGAAAGTGAAAGTCTGGCTGACTGGTGGATCTGTGTGCAAGCCTAAAGGCCACTCTCTCTCTCTCTCTTTCACTCTTGTAAGCCTAGGCCCTTATGTGGGTTACCCTCAAGGCCAAGGCTGAGCCCATAAGCAGGCAGGCATGGGTGATTGTCTCTCATTGAAAATAGCAGAGCAACATTGGTGCCTACAAATGATTATCCCTATATTGATTTCAATAATACAATGGTAGAATGAGGTATCTGTTTAAGTACCTTCAAGGACAATTTTATGTGATTTGTTTATCTCTATTTGGCTGATTCATTCTCCCTAACTCCACCTCCCACCTATCCACATATGTATAGGAAGGTTATAGCCATCATAGATGTGAAGATTAGTTTGGGTGCTCTTTTCTATCAACAGTAAAAGCGGGCCATCTACTTTGCAAGAATAAAGTTTGTCTATAATACACCAAACCTATTCCTTGACTCAACAGTCCATTCCACAATAATTACATTTTTATGCCCATACCGTCTCCCCAAAATGCATTTTCACACCATTGAACACTAGTTAAAACTATGAGTTCCAAGTCTTCCTACCTCTTGGGATGTTTCATAGGAAAATCTCTATTGACCAAGTGACATAGATCTGGCTTTTATTTCTGTGCCTCTTCATCACCACATATTTAACTATTCCAAAATAGTTATTACCACCATCACTCTACTCTAGTTCCTTCTGCTCATTATCTCTTACACAGTATATCCTATCTAATTAGGCTTCACCTTATGAAGTAGGCTTTTGTAAATATCCCAGGGGATGAAGGACGAGGAGTTGAAAGATACAGAACAAAGATTCAGAATTGTATTTCATTTTCTGCTTCTAGCATCTAGAAGAGATTGTAGAGTGTTGAAATAATTTCTTCCTTAACAGTCTGATAGAATTTCCCAGTGAACCCATTCACTGGGGAACCACCAGTGATGCTTTCTGTTTTGAAGATTATTGATTATTAAATCAGTTTCTTTGACAGATAAAGGTTAATTCAGATTGTTTATTCTTGTGTGAGTTTTGACAGATTGTCTCTTTGAAGGAACTGATTCGTTTCATCTAGGCTATCAAATTTGTAAGCCTAGGGTTGTTCATAATATTCTTTGATTGTCCTCTTAATGTCTATGAGATCTGTAGTGATGCCCCCTCTTTCATTTCTAATATTAGCAACTTGTGTTCTCTCCCTCTTTTTTCTTAGTTAGTCTTGGTAGAGGCCTATTGATTTTATTGATCTCAGAGAACCAGCTTTTGGTTTTACTGATTTTTATCTATTGATTTCCTGTTTTCCGTTTCATTGATTTCTATCATAATTTTTACTATTTCTTTTATTTTGCTTTCTTTGGATTTAATTTGCTTTTCTTTTTCTAATTTCCTAAGGTGTAAGCTTAGATTGTTTGCTTTAGATCTTTCTTCTTTACTAATGTATGCATTGGATGCTGTAAATTTCTCTCTAAGCAAAGCTTTCACTGTATGCCACAAATTTTGATAAGCTGTGTTTTCATTTTTATTTAGTTCAAAATAAGTTTTAATTTGTCATTAGATTTTTTTCTTTGACTTTTATGTTATTTAGAAGTGTGTTTAACCTCCATGTATTTGGGAGATTTTCCA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Seq C2 exon
GAAACAGGTCAAAATGAGCAAGAGACGCATGAGCGTGGGTCAGCAAACATGGGCTCTTCTCTGCAAGAACTGTCTCAAAAAATGGAGAATGAAAAGACAGACCTTGTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154258-ABCA9:NM_080283:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF126982=ABC2_membrane_3=PU(1.3=15.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)